第三代中央領導集體牢記鄧小平的“政治交代”，一刻也沒有停止過抓黨的建設。1989年8月，中央發出《關於加強黨的建設的通知》；12月，江澤民在黨建研究班發表了《為把黨建設成為更加堅強的工人階級先鋒隊而鬥爭的講話》；1990年，中央作出《關於加強黨同人民群眾聯係的決定》；1992年，黨的十四大提出了用鄧小平建設有中國特色的社會主義理論武裝全黨的戰略任務；1994年，黨的十四屆四中全會作出《關於加強黨的建設幾個重大問題的決定》；1997年，黨的十五大鄭重地向全黨提出“建設一個什麼樣的黨，怎樣建設黨”的戰略性課題；2001年，十五屆六中全會作出《中共中央關於加強和改進黨的作風建設的決定》。而“三個代表”重要思想的提出，正是十餘年來黨的建設實踐經驗的總結，是在此基礎上對“建設一個什麼樣的黨，怎樣建設黨”這個大課題的破解。
回答的出發點是：“黨的領導和黨的建設，曆來是同黨的曆史任務，同黨為實現這些任務而確立的理論和路線聯係在一起的。”回答的首要問題，就是回答什麼是“立黨之本，執政之基、力量之源”。“三個代表”重要思想對黨的性質、宗旨、任務作了一個新的理論概括。這個思想的核心是保持黨的先進性，將加強和改進黨的建設，保持黨的先進性，鞏固執政黨的地位，統一於黨領導人民進行改革開放和社會主義現代化建設的全過程。因此，它是加強黨的建設的偉大綱領，也是先鋒隊保持先進性的綱領。“把‘三個代表’的要求貫徹落實到黨的全部工作中去”，執政黨地位麵臨新考驗的難點找準了；“執政黨應該是一個什麼樣的黨，執政黨的黨員應該怎樣才合格”在這裏得到了明確的回答。所以，黨隻要堅持了“三個代表”，就無愧於先鋒隊身份，就能保持先進性。在這方麵理論上的創新主要有：
（一）從“一個先鋒隊”到“兩個先鋒隊”的發展
“中國共產黨是中國工人階級的先鋒隊組織，是中國社會主義的領導核心，是中國各族人民利益的忠實代表。”黨章中的這一規定是一個關係到黨的性質的重大問題。從十二大到十五大，黨章一直是這樣規定的。“工人階級的先鋒隊”，反映了黨的階級屬性，是階級屬性的規定；“中國社會主義的領導核心”，規定了中國工人階級及其先鋒隊的執政黨地位；“是中國各族人民利益的忠實代表”，是它的歸屬。生產力是一切社會發展的最終決定力量，而工人階級的特點和優點的第一個方麵，就是與先進的生產力相聯係，在現代化建設中，它總是走在科技革命的前列。因此，它當之無愧地成了我們國家的領導階級。今天，我國工人階級隊伍不斷擴大，由建國初期的800萬人，發展到3億5千萬人。工人階級不僅人數在增加，而且整體素質也大大提高了，又有在長期的革命鬥爭和建設實踐中積累起來的豐富的經驗，政治上更加成熟，特別能吃苦、特別能戰鬥，不愧是我們國家的領導階級。因此，工人階級是黨的階級基礎，它的先進性是黨的力量源泉。
十六大修改後的黨章改為：中國共產黨是中國工人階級的先鋒隊，同時是中國人民和中華民族的先鋒隊。增加了“中國人民和中華民族的先鋒隊”，即人們通常所說的從“一個先鋒隊”增加為“兩個先鋒隊”。這一重大的理論發展也是經曆了一個過程的，在黨內甚至引起過激烈的爭論。江澤民《在慶祝中國共產黨成立八十周年的大會上的講話》中曾作過這樣的表述：“看一個政黨是否先進，是不是工人階級先鋒隊，主要應看它的理論和綱領是不是馬克思主義的，是不是代表社會發展的正確方向，是不是代表最廣大人民的根本利益。”這就明確回答了先進性的首要問題，化解了在此之前人們在這個問題上的重重疑慮，如增加“中國人民和中華民族”為先鋒隊，黨是否會改變階級性質、是否會失去先進性、是否會成為“全民黨”，等等。這個表述實際上是黨成立80年來的經驗總結。中國共產黨成立以後，在目標、綱領中就寫進了自己的兩大曆史任務：民族獨立及國家富強。這其實也就是近代以來中國人民前赴後繼所追求的目標。其主題是為實現中華民族的偉大複興，是代表中國最廣大人民的根本利益。在這個奮鬥過程中，中國共產黨在實踐中早就成了中華民族和中國人民的先鋒隊。
從“一個先鋒隊”增加為“兩個先鋒隊”，是對黨成立80多年來的經驗總結。中國共產黨執政以前，為民族獨立的人民利益赴湯蹈火、衝鋒陷陣；執政以後為國家富強的人民利益建設中國特色社會主義。所以，我們要實現中華民族的偉大複興，是全民族的複興，不僅僅是工人階級與共產黨的複興，是代表中國最廣大人民的根本利益。
從與“三個代表”重要思想的聯係來看，要代表最廣大人民的根本利益，也必然地提出了如何“代表”的問題。在1935年瓦窯堡會議上，毛澤東就提出了“兩個先鋒隊”的問題，毛澤東說：“為什麼要把工農共和國改變為人民共和國呢？我們的政府不但是代表工農的，而且是代表民族的——我們黨的第六次全國代表大會所規定的十大政綱，不但代表了工農的利益，也代表了民族的利益……人民共和國去掉帝國主義的壓迫，使中國自由獨立，去掉地主的壓迫，使中國離開半封建製度，這些事情就不但使工農得了利益，也使其他人民得了利益……人民共和國是代表反帝國主義反封建勢力的各階層人民利益的。”所以，黨沒有任何私利，它始終關注的是工人階級、中國人民和中華民族的利益。如何代表呢？做先鋒隊才能代表，二者並不矛盾。鄧小平曾經說過：“我們黨提出的各項重大任務，沒有一項不是依靠廣大人民的艱苦努力來完成的。”這說明工人階級利益和最廣大人民的根本利益是完全一致的。從一個先鋒隊到兩個先鋒隊，在黨章中除了工人階級先鋒隊又加上了中國人民和中華民族的先鋒隊，表明了在黨的性質問題認識上的發展，同時又是緊密結合當代中國的實際的，是一種與時俱進的結果。