年幼的康熙心急如焚，特召四輔臣賜座詢問，企圖親自調停。不料，鼇拜根本不把康熙放在眼裏，他厲聲咆哮，以至攘臂伸拳，堅奏三人應置重典。索尼、遏必隆附和，唯蘇克薩哈忿忿獨坐，不發一語。三人還是被處絞刑。
蘇納海、朱昌柞、王登聯成為為民請命的英雄，被直隸百姓奉為地方名宦。康熙受到了極大的刺激和傷害。
更嚴重的是，四輔臣協商一致、得到皇帝準許方可行事的原則已被打破。自此鼇拜益愈專橫跋扈，在朝廷內外廣植黨羽、欲使“文武各官，盡出伊門”，事事淩駕於其他輔臣之上。部臣辦事“稍有拂意”，動輒叱喝辱罵，隨意治罪。甚至在康熙麵前“目起立”，“張以老拳”，“施威震眾”。
康熙帝遺詔鼇拜的存在，嚴重地威脅著康熙的統治地位。康熙六年（公元1667年）康熙親政後，取消了輔政大臣的輔政權，鼇拜的權力受到限製。因此，康熙同鼇拜的矛盾日漸激化。他看到朝廷大多諸臣，連同侍衛都是鼇拜安插的，無法依靠，就悄悄組織一支忠於他的衛隊。他明裏以“布庫戲”為名，選取一批年少力壯者進宮，陪他玩“角力”遊戲。其中，有索尼次子索額圖被召到聖祖身邊，任一等侍衛，實際擔任了這批人的首領。為麻痹鼇拜，聖祖故意當著他的麵，同這些少年滾打在一起，表示他無意於政事，隻顧玩耍。有時，鼇拜還暗中監視，看不出破綻，漸漸地也就放鬆了警惕。
康熙八年（公元1669年），鼇拜經常借口有病不入朝。一次康熙前去探病，進入臥室後，康熙的禦前侍衛和托見鼇拜神色失常，便迅速地先至鼇拜的臥榻前，揭席發現殺人凶器，鼇拜情緒十分緊張。康熙則神情如常，並從容不迫地笑著說：“刀不離身，乃滿洲故俗，不足異也。”從而穩住鼇拜，使其不疑。康熙回朝後，以下棋為名召索額圖入宮，商討平鼇拜的措施。
計劃製定後，估計鼇拜入朝之日，康熙事先召集羽林士卒（皇帝衛隊），對他們說：你們常在我的身邊，猶如我的手足，但是你們是聽我的命令，還是聽鼇拜的命令？眾人齊聲高呼：聽從皇帝的命令！接著康熙曆數鼇拜罪狀，並布置擒捉鼇拜之法。不久，當鼇拜入朝時，康熙突然命令，善於“布庫”的年少侍衛將鼇拜捉住，立即下獄監禁，後來他病死在獄中。
康熙公布了鼇拜的罪狀，同時，對鼇拜集團的成員，依罪情輕重給予不同的懲處。其死黨，如工部尚書濟世等人皆被處死，其餘有的被革職並籍沒家產，有的降級使用。對過去受鼇拜打擊陷害的官吏，也分別給予平反，宣布原戶部尚書蘇納海、總督朱昌祚、巡撫王登聯等人冤死，給予昭雪，並追賜官爵，令其子弟任官。被鼇拜借故革職、降級的官吏，經過核查給予複職，有的還得到提升。
康熙南巡圖為了清除鼇拜的惡劣影響，強化封建統一政權，康熙下達了一係列命令，限製各級官吏擴大奴隸製的罪惡活動，重申禁止圈占民間土地，嚴禁各級官吏行賄作弊，結黨營私。康熙為了解民情，還下令各部、院大臣、科道大臣大膽進言，言之者無罪。
其時的康熙年僅16歲。
2.康熙是被雍正毒死的嗎
康熙六十一年（公元1722年）十月二十一日，玄燁去南苑行圍，時值天寒地凍，他已近七十高齡，體弱多病，於十一月初七“偶感風寒”，當日回到暢春園，傳旨“整日出透汗，自初十至十五靜養齋戒”，但這次患病，來勢較猛。隨著病情加重，於康熙六十一年十一月十三日晚去世。對於這位皇帝的駕崩，在當時就引起了人們的關注。這倒不是人們感懷康熙帝的恩威，而是從雍正帝胤禛的突然即位，皇十四子胤禵在政治舞台上的興衰與年、隆之獄的曆史現象，對康熙帝的死因提出了疑問，其回響一直波及於今。總體來說，主要有兩種意見：一是自然病死，二是被皇四子胤禛謀害致死。
清代皇帝朝服清代原無預立儲位之製，奉行“有德者即登大位”。康熙十四年十二月十三日，玄燁首開其例，冊立胤礽為皇太子，後在四十七年九月以“賦性奢侈”、“暴虐淫亂”、“語言顛倒，竟類狂易之疾”為由廢黜。四十八年三月，又以“雖被鎮魘，已漸痊可”為托詞，複立為皇太子。最後在五十年十月，終以“狂疾益增，暴戾僭越，迷惑轉甚”的借口，再將胤礽廢黜禁錮。實際上，康熙帝兩次廢立太子，主要是由於太子和諸皇子為了鞏固與爭奪儲位，結黨營私，鉤心鬥角之勢日益嚴重。但廢儲之後，諸皇子的覬覦之心仍未消弭。誰來繼承大清的皇位，康熙帝為此傷透了腦筋，但遲遲未正式公布人選。
所以，康熙帝死於這種背景之下，很自然會招致人們的議論。
有人指出：康熙帝去世和胤禛嗣位“是一場以武力為後盾，精心策劃，巧妙安排的宮廷政變”，是“隆科多在藥品或是食物中投放了致命性的毒藥”害死了康熙帝。
在康熙六十一年十一月十二日這天晚上，在嚴密控製暢春園並得到玄燁某些內侍協助下，隆科多在進給康熙的藥品或食物中投放了毒藥。藥性發作後，康熙雖未立即死亡，但已處於嚴重昏迷狀態。隆科多於是一方麵嚴密封鎖這一消息，另一方麵又矯詔將皇子們急召到暢春園，然後才告知玄燁“病危”，隨之他們也就參加對玄燁的照料和搶救，實際上是處於被變相軟禁的狀態。所以玄燁“病危”一事，皇親國戚及滿漢文武大臣當天並不知情。這樣做是為麻痹胤禩、胤禵集團其他成員以及被廢太子胤礽的親信，防止他們因此而有所警覺，進行反擊準備。