天啟四年十二月，宦黨徐大化再次上書彈劾楊漣、左光鬥串通王安，威壓宮禁、黨同伐異、招權納賄，另一宦黨曹欽程更是危言聳聽，說趙南星、周宗建、李應升收受了熊廷弼的賄賂。魏忠賢立即矯旨削了周宗建、李應升的官職，並派錦衣衛逮捕楊漣等人到京聽訊。
魏忠賢的黨羽已定好計謀，誣楊漣、左光鬥、周朝瑞、顧大章、袁化中等東林黨人都受了熊廷弼賄賂。錦衣衛受宦黨指使，先將東林黨人江文言抓來北京投入鎮撫司監獄，交由宦黨許顯純審問，逼他承認經手給東林黨楊漣行賄。
為了讓江文言承認，每次過堂，五刑備嚐，江文言死不誣人。一直折磨了兩個多月，江文言皮開肉綻，一息尚存，許顯純也沒有得到他所需要的口供。
最後，許顯純動用最殘酷的刑罰，一天到晚拷打不休，江文言實在受刑不過，便說：“你們不要打了，口供你們願意怎麼寫就怎麼寫，我承認便是！”於是，許顯純誣楊漣等人受熊廷弼賄賂，江文言經手過付。
文言聽到這裏，大呼一聲“蒼天啊！冤枉啊！以此汙清廉之士，我死不承認！”許顯純冷笑一聲，讓人拿著江文言的手畫了押，便將他打死，上報江文言已經招供。
七月份，楊漣、周朝瑞、左光鬥等人逮到，下到北鎮撫司。楊漣等人入了獄，還不知道犯的是何罪。第一次過堂後，才知道被誣受贓。
左光鬥對楊漣他們說：“他們這是存心要殺我們。他們殺我們有兩個辦法，一是乘我們不服，酷刑斃命，一是暗害於獄中，說我們是急病而亡。如果我們一審即承認，即可以移送法司，到時候再翻供，尚有一線生的希望。”
大家認為確是這樣，所以，第二次過堂，不管誣贓幾萬都承認了。
誰知道承認了許顯純並不將他們移交法司議罪，而是更加殘酷地拷打，立逼吐出贓銀。交不出來，許顯純就三日一堂、五日一堂，壓杠子、夾腦袋、帶枷鎖鐐、烙、刺、夾、棍一齊上，舊創未複，又加新傷。幾天下來，這幾個人連跪的力量都沒有了，過堂時皆帶著桎梏平臥堂下，慘狀目不忍睹。
幾個大臣的家人在京城東奔西走，籌措銀兩贖人，但京城是魏家的天下，誰敢借給他們銀兩。七月正是暑天，楊漣等人無醫無食，屢受重刑，很快就瀕於死亡邊緣。
第一個死去的是楊漣，抬屍的人發現楊漣體無完膚，麵部被打得血肉模糊，爬滿了蛆蟲。屍體上有一個土袋子壓著，兩個耳朵都釘進了鐵釘，顯然是被暗害。
第二個死去的是魏大中，大中家徒四壁，異常貧寒，死後六七天不讓抬出，結果屍體腐爛。其子扶棺歸鄉後亦勺水不進而死。
左光鬥死後，人見其兩腿已被打斷，僅一筋相連，肌肉已爛掉，隻剩下白骨，蛆蟲滿身，麵目不能分辨。
顧大章也是血肉模糊、慘不忍睹。趙南星等人則被或追贓，或削籍，或遠戍。趙南星終於死於戍所。
3.興建生祠：“真皇帝是魏忠賢”
依靠高壓和濫殺的魏忠賢建立起他至高無上的權威，內外大權握於一手。
內廷除宦官王體乾外有李朝欽、王朝輔等30多人為左右死黨。外廷文臣則崔呈秀、田吉、吳淳夫、李夔龍、倪文煥主謀議，號為“五虎”。武臣則因爾耕、許顯純、孫雲鶴、楊惠、崔應元主殘殺，號為“五彪”。吏部尚書周應秋、太仆少卿曹欽程等10人號為“十狗”。其他又有“十孩兒”、“四十孫”等名號。崔呈秀等人門下的義子、義孫又不知凡幾。
自內閣六部以至於四方總督、封疆大吏，遍是忠賢死黨，客、魏兩家的親屬，更是滿門公侯，當時北京城有人雲“真皇帝是魏忠賢”。
明王朝在客魏把持下，賣官鬻爵、濫封濫蔭、貪汙賄賂、獻媚取寵、排斥異己、高壓專製，吏治壞到了極點，明朝政治一塌糊塗。
閹黨對東林黨人采取斬盡殺絕的政策。天啟六年（公元1626年）盡毀天下講學書院，以絕黨根。又仿宋元黨禁之例，立東林黨人碑，將東林黨人永遠禁錮。天啟六年顧秉謙修成《三朝要典》，將東林黨人描述成專權亂政、結黨營私、危害國家的小人，喪失封疆的罪人，宣布永遠禁錮。
魏忠賢嚐到了權力的滋味，他的黨羽們亦從中取得了好處。為了長保榮華富貴，這些人對魏忠賢獻媚取寵，無所不用其極。魏忠賢怦然是太上皇帝，所缺的隻是名義。閹黨分子想盡辦法為他歌功頌德。