東林黨人眼見得魏忠賢青雲直上，異常擔憂。他們密切注視著客、魏的動向。在客氏的去留問題上東林黨人進行了力爭，遭到由校的痛斥。元年十月，賜給客氏香火田20頃。神宗山陵工成，亦表彰魏忠賢之功。東林派言官皆上書反對，但由校根本不聽，反而怒責東林黨人，而那些東林黨的反對者則受到縱容和支持。
到了天啟二年底，大臣中有人倒向了魏忠賢，一個是禮部尚書顧秉謙，一個是南京禮部侍郎魏廣微。到天啟三年，太監明目張膽地跑到工部堂上索要冬衣，多方挑剔、挑起事端，工部尚書鍾羽正被退離職。魏忠賢令禦史郭鞏上書攻周宗建、劉一憬、鄒元標、楊漣、周朝瑞等人保舉熊廷弼鎮守遼東是黨邪誤國。東林黨人群起相救，皆受嚴責。許多人因此罰俸。魏忠賢借皇上之命封他和客氏的子侄世襲錦衣廠衛官職，又不顧廷臣反對接連增加內操軍士2萬多人，由此，魏忠賢掌握了宮內外所有禁衛大權。
在內宮，客、魏二人對光宗的嬪妃和由校的嬪妃都可以任意生殺。
光宗的趙選侍素與客氏不和，魏忠賢矯旨賜其死。趙氏將光宗曆年所賜之物羅列於庭，再拜上吊。
由校的裕妃張氏懷孕，過期未生，客氏在由校麵前說她是妖精，將其關閉在一個死胡同內，不給吃、不給喝，偶爾天下大雨，張氏趴在地下喝屋簷下滴下的雨水，終被折磨而死。
馮貴人嚐勸朱由校罷內操，客魏大怒，將其賜死。
成妃李氏一向為由校所喜，她曾借機會在由校麵前為馮貴人辯解，被客氏知道後矯旨革其封號，絕其飲食。李氏鑒張氏之死，預先在各個牆角、壁縫間藏有食物，故關閉數日後得以不死，客、魏將其斥為宮人。
另外，胡貴人對客魏專權有恨，嚐與人言。魏忠賢借由校出門祭天的機會，派人將胡貴人殺害，向由校報稱是暴疾而亡。好在由校愛忘事，過去就忘。從來沒把他的這些嬪妃放在心上，少上幾個他也不知道。
天啟四年（公元1624年），魏忠賢不但在文官中間招納了羽翼，武臣方麵亦安排了心腹之人。錦衣衛都督田爾耕、北鎮撫司理刑許顯純皆是魏忠賢的死黨。東林黨人的奏書隻要彈劾魏忠賢必定受到痛斥。相反，反東林黨者都逐漸開始羅列東林黨罪狀，發起反攻。
東林黨人與魏忠賢的決戰終於在天啟四年（公元1624年）六月爆發了。時任明朝都察院左都禦史楊漣再次披掛上陣，書奏魏忠賢犯有24大罪行。
楊漣此書一出，的確把魏忠賢嚇住了。書中所指，件件是事實，倘皇上雷霆一怒，後果不堪設想。魏忠賢惴惴不安，晚上找到由校，跪在他麵前痛哭流涕，說外庭有人想整他，給他羅織了許多罪狀，全是無中生有。他假裝提出辭去東廠職務以全屍骨。
由校未讀奏書，不知所以然。客氏又從旁邊替魏忠賢評功擺好。
朱由校隻知道魏忠賢萬事順從，竭盡全力帶他玩，對外庭事務根本不了解，因此也就說不出什麼，也不願意讀那份奏章，他不允許他辭東廠之職，而對楊漣則大加申斥，說他“撲風捉影，門戶之見，大膽妄言”。
楊漣被責，激怒滿朝官員的憤怒。楊漣次日又寫一書，準備麵奏皇上，魏忠賢則阻遏由校不禦朝三日，第四日才出禦皇極門。魏忠賢早作了準備，錦衣衛士布滿朝堂，儀仗隊員倍於往時，殺氣騰騰，一片森嚴。魏忠賢口傳聖旨，今日隻聽取內閣奏報，其餘諸臣不許奏事。
此舉更加劇了東林黨人的憤怒。繼楊漣而上書者風起雲湧。或單書，或合書，短短兩天，不下百餘書。但是，魏忠賢控製了由校，已穩操勝券。所有奏書，不管言詞多麼激切、多麼尖銳，皆如泥牛入海，杳無聲息。
魏忠賢順利地渡過了這一難關，他明白了東林黨人別看聲勢浩大、氣勢洶洶，其實沒有什麼了不起，很容易對付。
東林黨勢頭過去了，魏忠賢該反過來收拾東林黨了。此次風頭過後，被東林黨人攻擊的官員都希望魏忠賢給東林黨一點顏色看。魏廣微拿了一本《縉紳便覽》，用墨筆將他認為是邪人的官員一一圈點，重則二圈，輕則一圈。像葉向高、韓燝、何如寵、錢謙益、趙南星、高攀龍、楊漣、左光鬥、李應升等六七十人皆被三圈。他將這本《縉紳便覽》交給魏忠賢，讓他依次罷逐。有人則向魏忠賢獻計，恢複“廷杖”之刑，用來威震群僚。
天啟四年（公元1624年）十月、十一月兩個月，魏忠賢假傳聖旨，陸續將東林黨人吏部尚書趙南星、左都禦史高攀龍、吏部侍郎陳於庭、右都禦史楊漣、左金都禦史左光鬥以及魏大中、喬克升、馮從吾、袁化中、房可壯等數十人罷斥。朝屬幾乎為之一空。內閣中顧秉廉做了首輔，東林的天下徹底失掉。