以江澤民同誌為核心的黨的第三代中央領導集體和以胡錦濤同誌為總書記的新一屆中央領導集體都反複強調，必須堅定不移地堅持和完善民族區域自治製度。
黨的十三屆四中全會以來，我們在完善民族區域自治製度的理論和實踐取得了顯著的成果。
第一，開創了我國民族區域自治的新局麵。黨的第三代中央領導集體以來，黨始終把堅持和完善民族區域自治製度當作處理我國民族問題的首要任務來抓，並根據形勢的發展變化適時製定了一係列切實可行的方針政策，使民族區域自治進入了一個新的曆史時期，為促進國家主權統一和各民族共同繁榮進步產生了深遠的影響。如，為貫徹落實民族區域自治製度給予民族自治地方以財政經濟和社會發展政策方麵的支持；把國家的集中統一與少數民族聚居地區的區域自治有機結合起來，把政治因素與經濟因素有機結合起來，是完全適應我國國情的解決民族問題的基本製度；堅持各民族平等、團結、互助的原則，堅持實行民族區域自治製度，在建設社會主義事業中促進各民族共同繁榮；把民族區域自治製度作為社會主義民主政治建設的一個重要組成部分來思考其重要價值。
第二，依法推進民族區域自治製度的完善。《民族區域自治法》的頒布實行，標誌著國家以基本法的形式把民族區域自治政策和民族區域自治製度固定下來並進而進入更加穩定紮實的依法自治階段。九屆全國人大第二十次會議表決通過了修改後的《民族區域自治法》，增加了事關自治地方社會經濟發展方麵的規定，明確規定了上級國家機關對自治地方的職責，補充了經濟發達地區對口支援民族自治地方的條文。《民族區域自治法》頒行後，同實施民族區域自治法配套的法規體係和監督機製也逐漸建立並健全，本世紀初基本形成了一整套比較完備的社會主義民族法規體係和監督機製。
第三，從中華民族和世界範圍內來思考完善民族區域自治製度。中國的民族問題，一方麵受到國際大環境的影響而出現了許多新的因素；另一方麵國內各民族本身的發展也進入了一個新的曆史階段。中華民族的振興有賴於各民族的共同發展和共同繁榮，也有賴於我們積極汲取世界各民族國家處理民族問題的有益經驗。
第四，建立和諧的民族關係是促進民族區域自治的社會基礎。在2005年中央民族工作會議上，胡錦濤同誌提出了“我國各民族平等、團結、互助、和諧的社會主義民族關係不斷鞏固”的思想，這是新一代中央領導集體對社會主義民族關係的新概括和新總結，具有重大的理論意義和現實意義。民族地區社會和諧的標誌就是民族團結，堅持和完善黨的民族區域自治製度，發揮各族人民真正當家做主的積極性。
第五，重視提高民族區域自治能力。民族區域自治製度的完善有賴於民族地區自治能力的不斷提高，大力培養選拔使用少數民族幹部，是堅持和完善民族區域自治製度的關鍵所在。為此，各級自治機關逐步擴大了少數民族幹部的數量，增加了自治機關及其所屬工作部門幹部中少數民族幹部的比例，采取多種有效措施，提高少數民族幹部的政治素質和業務素質，充分信任，放手使用。
3.推進和落實“一國兩製”，維護國家主權的獨立和完整
“一國兩製”是中國現代民族國家主權建構的創舉，黨的第三代中央領導集體以來，我國堅持推進和落實“一國兩製”方針，維護國家主權的獨立與完整，在理論上進行了一係列的創新。
第一，針對兩岸關係的新情況、新特點，堅持原則的堅定性和策略的靈活性，提出改善和發展兩岸關係的“八項主張”。“八項主張”既體現了鄧小平“和平統一，一國兩製”的思想精髓，又具有理論新意，即兩岸盡早政治協商是結束敵對、解決分歧、實現和平統一的前提；可以吸收兩岸黨派、社會團體和民間有代表性的人士參加協商，以民間協商推動政治談判；政治談判可以分步驟分階段進行；相互尊重、平等協商，決不允許外國勢力插手、幹涉。