儒教發展的第二個階段為漢代的“獨尊儒術”，依靠專製，儒教開始與政治結合。這個情景類似“米蘭敕令”之後羅馬帝國對基督教全麵接受，但這並非意味著整個歐洲都接受基督教，那還要等待幾百年。同樣，一直到宋朝，儒教亦未必如人們所想象的那樣始終統治著中國，如秦朝滅儒，漢朝黃老之術一直與儒術爭寵，唐宋期間佛、道抗儒，儒教的真正頂峰期很可能是近1000年內的事情，而且很可能正是由宋開始。
儒教發展的第三階段在宋朝前後，逐漸不能解釋新世界的儒教在1000年後被朱熹（1130—1200年）重新鍍金。程朱理學挽救了走向滅亡的儒教，朱熹與阿奎那是他們各自所處時代的思想先鋒。儒教與基督教大約在此期間同時成為各自文明中的統治性思想。所不同的是，西方社會繼續進行了一些麵向基督教的深入改革：14世紀前後的“文藝複興”，“人”從教會中解放出來；16世紀的新教改革使教民獲得了更大的信仰自由；18世紀的啟蒙運動更是直接破除了宗教迷信的思想，中國在這個時期的思想革命卻付之闕如。
直到20世紀，中國才進入儒教的第四階段，在西方文明的觀照下，受到新思想影響的年輕學者開始“砸爛孔家店”，將中國的落後歸罪於儒教。就傳統思想方麵的改革與解放而言，中國比西方至少落後了500年。
儒教並不足以導致文化麵貌落後，有西方學者將其歸罪為“尊老鄙少，厚古薄今，注重既成權力，忽略革新發明”，這才是中國從技術上落後於西方的主因。特別是朱熹開創的“新儒教”，借助於科舉考試加強了傳播，使社會的僵化程度更深，“形成了一種與外界所有的獨創性和新觀念相反的、顯得有些荒謬可笑的循規守舊”，並因此而影響到整個社會的發展。
進入21世紀，儒學強勁反彈，打著“恢複中華文明”旗號的“複古”“尊孔”成為一波文化新浪潮，“新新儒學”破殼出籠。實際上，基督教在西方不斷地改革中也經曆過數次返潮，尤其在飛速的城市化過程中，由於世風日下，更多人選擇了回歸宗教。
從另外一方麵看，孔子在中國乃至整個東亞的地位更像歐洲先賢亞裏士多德（公元前384—前322年）的地位。亞裏士多德在西方世界的權威在霍布斯（1588—1679年）時代遭到全麵質疑和反思，甚至在“文藝複興”開始時就已有質疑的苗頭。而在中國，孔子在應該受到質疑的年代裏反而受到了更加火熱的追捧。“宋明理學”時期，即便不能說標誌著中國文化走向腐敗，與西方相比也逐漸落後了，因為在此時期西方伴隨著思想解放走向一個新世界，而中國卻隨著遏製人性的理學變得更加腐朽保守起來。不過，文化傳統並非文明發展的決定性因素，更大的因素是地緣地理。儒教遲遲未能被清理，這與中國的特殊地理地緣有著密切關聯，這一切都要在對比歐洲的情形之後，我們才會有清醒的認識。
應該注意的另外一個細節是，儒教的發展不僅有時間上的差異，也有地理上的差異。
儒教的存在大致可以分為四個地理範圍，這是中國地域廣大造成的後果：第一個地理範圍是陝西渭河流域，它是孔子所提倡“克己複禮”的周禮所在地；第二個是孔子誕生地與他曾經生活過的魯國故地；第三個是以豫西“二程故裏”為核心的黃河中遊；最後一個是江南地區。隨著時間的推移，這些不同地區的儒家所推崇的以及自己生發的禮教特征與內涵有著明顯的差異。今天看來，渭河古樸有趣，魯國儒雅有序，中原講“理”，江南則因北人不斷南遷而形成了文化與儒教合二為一的宗法特色。所以，盡管儒家思想有相對的統一性，但實際上不同地域的中國人對儒教的現實感受還是有很大差異的，這是研究儒教時必須加以考慮的問題。這些在時間與地域中形成的儒教的不同特點，幾乎可以與西方不同時期裂變出的東正教、天主教以及新教等作一類比。
“時間與地理構成曆史。”這既是拿破侖的名言，也是黃仁宇的認知，隻有如此立體的曆史才更接近真實。