我是院長、副院長學習小組組長，曾親眼看見他（郭沫若）拍著桌子訓斥吳有訓和陶孟和。吳有火性，不服，跳起腳來同他吵；陶則安安穩穩地承受這種淩辱，其狀甚慘。於立群當時並不是科學院人員，但也搬了一把椅子坐在郭老背後幫腔，說三道四……
原中科院黨組書記張稼夫回憶：“在科學院工作時期，我們相處得十分融洽，科學院的重大事項，郭老（郭沫若）、李老（李四光）、竺老（竺可楨）、範老（範文瀾）和我都事先交換意見，統一思想，然後再交院務會議通過。”按說陶孟和也是副院長，卻不在“事先交換意見”之列。
史語所留下來的有語言學家丁聲樹、馬學良、周祖謨，考古學家梁思永、夏鼐、郭寶鈞、胡厚宣，曆史學家楊誌玖、逯欽立等。
針對“舊中國的考古發掘”，郭沫若寫了一篇名為《蜥蜴的殘夢》
的批判文章。趙儷生在《籬槿堂自敘》中寫道：
另一場衝突是為了我請他寫的一篇文章，題目是《蜥蜴的殘夢》，文中不點名的罵了董作賓和郭寶鈞，說這樣的人隻好到台灣去“殉葬”。這一下，我們犯難了，董是去了台灣，罵他“殉葬”關係不大，可郭還在考古所任研究員，這樣罵合適嗎？我就問能否改一下？郭沫若很不客氣的說，“你們嫌不好，給我拿回來，別的報刊會要的！”沒有別的辦法，“原樣照登”就是了。
考古所副所長夏鼐在1952年8月2日的日記中，記下思想改造運動中群眾對他提的意見：
（1）政治思想不夠明確，在本所內缺乏思想領導、政治領導，也缺乏主人態度，工作被動，與世無爭，隻做事務性工作；（2）本所在午門展覽，夏所長直接領導布置，費了幾萬斤小米，但為什麼要展覽，為誰展覽，都不夠明確，能不能達到為人民服務的目的，應該詳細檢討，從這上麵即可以看到政治水平及服務的方向；（3）技術觀點很重，對考古學的人沒有團結，對後進的人也不重視培植訓練（最近的考古訓練班，聽說夏所長又要請假回家）；（4）做著所長，常覺得自己是研究員兼所長，無論在院領導的麵前，鄭、梁二所長的麵前，以及群眾麵前，都是束手束腳，不知思想有什麼顧慮，應該好好檢討。
這些意見，應該說是“溫水洗澡”。但他最大的煩惱是無休無止的政治運動，使其難以返回田野進行考古發掘。他在1952年12月31日的“總結”中說，本年“我隻寫了四篇小文章”。他沒想到的，這隻是一個信號……
相對夏鼐，早已棄中研院史語所而投奔齊魯大學，最後落籍複旦大學的胡厚宣，處境卻更為艱難。該校曆史係教授譚其驤在日記中記載：
1952年1月26日，複旦大學“精簡節約及思想改造學習委員會”（簡稱“學委會”）成立，曆史係小組由主任周予同教授任組長，胡厚宣教授任副組長。3月6日，胡厚宣交代：