1950年7月，夏鼐來到北京，加盟中國科學院考古研究所（簡稱中科院考古所）。此前，他曾多次表示不想當官，隻想搞業務。但他顯然無力主宰自己的命運。新任考古所副所長梁思永在信中寫道：“考古所之發展，大部須依靠兄之努力，有此名義，可有若幹便利，兄絕不可謙遜，更萬不可言辭。”197月29日星期六，中科院考古所副所長夏鼐出差南京，重訪雞鳴寺路中研院故地。現已是中科院辦事處。他找到謝振林，會晤舊識張玨哲、趙九章、吳磊伯、傅承義、呂炯等。然後偕謝君踏上史語所舊址。人去樓空，物是人非，造物弄人！前史語所代理所長夏鼐寫道：
門上招牌已經卸下，放在貯藏室中。匾陰跋語末段雲：“三十五年除治蕪穢，修葺戶壁，一新屋宇，其年十月研究所自南溪複員，三十六年三月上此匾，集開成石經字，用祈永無播遷。”讀罷不禁感慨係之，想不到三十七年即又播遷，孤踞海外，將來不知又作何歸宿。所址現改歸地質所及氣象所借用，惟四樓及活動屋二幢仍貯藏史語所公私物件。剩餘出版品頗多，中西文日報合訂本、日文書籍等亦數千冊。所中牆壁已多剝落，照相房為兩所借用，後麵庫房改為工場，從前堆置陶片箱之席棚，現僅剩陶片兩大堆，皆安陽出土物也。餘私人所存之物，僅剩書箱及網籃，另有二皮箱（一係零星雜物如台燈等，一係十餘年來所保存了私人信劄及留歐所購明信片等）已經遺失，其中一箱為十餘年來友人來信，失之殊為可惜。
夏鼐領命考古所副所長時，梁思永表示：“所中一切事情都由我與鄭先生管好了，我隻希望你帶一班小夥計們在外麵多跑跑。”履職僅一周，夏鼐就率隊前往河南輝縣。那次考古發掘，首次在安陽以外發現了早於殷墟的商代遺跡。次年春，他又風塵仆仆前往河南中、西部地區進行調查發掘，證實了澠池縣仰韶村遺址不僅有仰韶文化遺存，而且有龍山文化遺存，確認鄭州二裏岡是一處早於安陽殷墟的重要商代遺址。1951年10月，夏鼐馬不停蹄，又趕到長沙。正當他俯下身子，潛心田野工作之時，又接到所裏催促他返京的電文。
1951年10月，毛澤東在全國政協一屆三次會議上提出，首先要在知識分子中間進行思想改造。1951年11月30日，□□中央發出《關於在學校中進行思想改造和組織清理工作的指示》，開始了第一場暴風驟雨。原中研院的舊人首當其衝，尤其是人文與社會科學的研究者。
陶孟和被中央人民政府任命為中科院副院長。建院之初，根據分工，副院長陶孟和分管社會、曆史、考古和語言四個研究所，兼任聯絡局局長。在他的建議下，他長期主持的原中研院社會所於1952年由南京遷北京。但不久社會學即被視為偽科學遭到批判，該學科後被取締。後來，院領導調整分工，陶孟和分管編輯出版及圖書館工作。他在院長郭沫若的領導下，未必心情舒暢。時在中科院工作的趙儷生在《籬槿堂自敘》中寫道：