考古學者夏鼐是傅斯年最倚重的人，自1947年即代理史語所所務。1948年3月21日，他在致傅斯年的信中稱：“現下不比李莊，在李莊生活雖苦，尚無刺激，在首都則一切政治黑暗，皆映入目中，亦使人生反感也。”大陸易幟前夕，夏鼐屢屢得到赴台的函電，他的抉擇是：“時局已如此，誰還走死路。”
語言學者丁聲樹的書箱已先運到台灣，但因夫人反對，也就沒有渡海。
1949年12月18日，□□的炮火已威脅到成都機場，蔣介石不得不在匆遽之中搭乘專機離開。同天稍早，朱家驊率國府行政院官員飛離成都抵達台灣，繼續以行政院副院長身份代理中研院院長。
隨“國府”到台的院士隻有九位：淩鴻勳、林可勝、傅斯年、董作賓、李濟、王世傑、吳稚暉、朱家驊、李先聞，另外去了美國的有陳省身、李書華、趙元任、汪敬熙、胡適、吳大猷等十二人，其餘五十多位院士留在大陸。中研院共有五百多人，除了總辦事處、史語所和數學所三個單位共五十餘人以外，其餘各所全都留在大陸。史語所原有四十一位研究人員，也僅二十位去台（另有兩位赴美）。數學所原有研究和行政人員十八位，去台的也僅四位研究人員和一位行政人員，所長薑立夫完成播遷任務後，堅辭所長之職，返回廣州任教職。
二
1949年6月9日，是中央研究院成立二十一周年，留下來迎接新生的一批研究人員在上海籌辦了最後一次紀念會。此時的中研院暫時處於管理的真空狀態。會議因等候軍管會貴賓光臨，推遲至九點以後開始。走進會場的是一身戎裝的中國人民解放軍華東軍區司令員陳毅及其隨從。
會議正式開始，先是竺可楨發言，報告中研院的曆史，述及蔡元培、丁文江，尤其是楊杏佛的篳路藍縷之功。講了大約半個小時，頗有些山高水遠的意味。餘下時間，是陳毅將軍作報告。一個小時後，宣傳部馮定講了貫徹陳毅報告的意見。這些內容，濃縮在竺可楨當天的日記中：“述理論對於革命之重要。謂共產黨之成功，由於知識高於國民黨。述共產黨之虛心采納，謂批評不妨嚴，而希望不能過大。謂□□之要義在於少數服從多數，而多數要尊重少數之意見。其言極為合理。”馮定講，“馬列主義為世界理論最高原則。謂無產階級主觀的意見比資產階級客觀的意見更為客觀，言頗費解”。
6月17日，中研院被軍管會接收。18日中研院聯誼會請□□人士施複亮來講演知識分子的改造。9月16日，氣象學家竺可楨、社會學家陶孟和、物理學家吳有訓等聯名寫信給旅居海外的學者趙元任等，告訴他們上海解放四個月來，“於人民政府領導下，各方麵奮力建設均獲相當進展”。動員他們回國參加“新中國建設”。