氣象研究所所長竺可楨曾親自在南京北極閣主持營建氣象學研究基地，培養了一支精幹的研究隊伍，積極參與國際學術交流，著力推進國家氣象事業建設。繼地質學和生物學之後，氣象學成為迅速實現本土化和體製化的代表性學科。竺可楨自1935年起擔任中研院評議會的評議員，1948年當選院士。除了任職中研院，還兼任浙江大學校長。去留之間，他的選擇當然與學校和誌業連在一起。1949年1月8日的《申報》曾報道過一篇記者對他的訪談：
我於是動問他對於萬一應變的方案，他說：“我們沒有因著時局緊張停過課。我們定一月中旬起大考，考後放寒假三星期，功課不及格的須補考，大概要兩星期。則優良學生可獲三星期的休息，功課不及格的學生僅有一星期的休息，學校根本不打算搬，□□沒有指示，搬學校不是件易事。”
史語所整體遷台，也有一批人選擇留下，其中不乏傅斯年的親朋故舊。
傅樂煥是傅斯年一手栽培的侄子。自1932年考進北大就常隨侍伯父左右。北大期間，他寫出《宋遼交聘史研究》《論今存宋人使遼的幾種記載》《宋遼高粱河戰爭記疑》《宋朝對外失敗的原因》等論文。內舉不避親，1936年傅樂煥考進史語所，從1939年的助理員到1943年升為副研究員，也為伯父爭足了麵子。1942年以前，傅樂煥的主要精力在修訂大學撰寫的長達十萬餘字的論文而成《宋遼聘使表稿》，糾正了前賢及日本學者許多錯誤，“對了解遼的疆域和地理極有參考價值”。傅樂煥學術眼光開闊，文章論證細密，是史語所標榜新史料、新學術的範例，榮獲了中研院“楊銓學術獎”。1947年，在伯父的資助下，他赴英國倫敦大學亞非學院進修。以往給伯父的信，他隻談學問、家事和所務，從不涉及政治。1948年4月3日他在給傅斯年的信中說：“昨間接聞人言，我叔近在美常作演講，協助政府。在美部分左傾學生，頗為失望。今日政府之頹局，全他們自己造成，不值得為之過分分神也。”1949年10月28日，傅樂煥給已去台的妹妹傅樂涓寫信：“……如能找到事先做著，如有宿舍，應即遷往，不應再多累大叔。”從信上看，他已下了中斷與伯父思想情感上聯係的決心。
弟子鄧廣銘回憶：
他（傅斯年）1949年初去台灣，做了台灣大學校長。此後便經常以朱家驊的名義給北大鄭天挺先生打電報，號召北大教授到台灣大學去任教，有時也指名道姓，說要某某人去。記得點過張政烺先生的名，也點過我的名。當時鄭先生問我去不去，我說：“要論和傅先生的師生關係，我應該響應他的號召，到台灣去。不過，傅先生與蔣介石關係密切，所以跟他去，我與蔣介石沒有什麼關係，不願跟他到那孤島上去。”