9月27日，中國人民政治協商會議第一屆全體會議通過《中華人民共和國中央人民政府組織法》，規定在政務院之下設“科學院”，為負責組織全國科學工作的行政部門。11月1日，中國科學院（以下簡稱“中科院”）在北京成立。首任院長郭沫若，副院長陳伯達，另外三位副院長分別是原中研院地質所所長李四光、社會所所長陶孟和、氣象所所長竺可楨。中研院各研究所與北平研究院各研究所以及中國地理研究所等單位，被整合到新成立的中科院下設的地理學、物理學、化學、生物學、哲學、社會學等方麵的十五個研究單位。原中研院的所長分別就任中科院部分研究所的所長，趙九章為地球物理所所長，吳學周任物理化學所所長，周仁任冶金陶瓷所所長，羅宗洛任植物生理所所長，王家楫任水生生物所所長，馮德培任生理生化所所長……
李四光還在英國。1949年12月，一位朋友打電話告訴他，國民黨政府駐英大使已接到密令，要他公開發表聲明拒絕接受職務，否則就要被扣留。李四光當機立斷，隻身離開倫敦來到法國。兩星期之後，夫人許淑彬接到李四光來信，說他已到了瑞士與德國交界的巴塞爾。夫婦二人在巴塞爾買了從意大利開往香港的船票，起程秘密回國。1950年4月中旬蒞臨上海，中科院華東辦事處各研究所人員熱烈歡迎李四光，召開了座談會。當時的情況，地方報紙作了報道：
下午，全體人員舉行簡單的歡迎會，由李亞農主席主持，他說：“我們中國科學院同人，每天都在熱烈盼望李副院長回國。李副院長經過種種困難，尤其是國民黨反動派深恐他回國增加人民的力量，不惜勾結英帝國主義阻撓，但仍阻止不住李副院長投向祖國的熱情。這是值得敬佩的。相信他回國後對國家社會一定會有更大的貢獻。”
李四光副院長報告了旅外觀感後，分析了科學工作者的思想，認為“為學術而學術”、“中學為體、西學為用”等都是過去錯誤的觀點，唯有為全人類謀幸福才是科學家正確的道路，他的演說給大家極大的啟示。
史語所及中博院遷台，留在大陸的一些研究人員，如斷線的風箏。他們與那些滿懷喜悅準備大展宏圖的同事相比，有些隱隱擔心。
1949年10月，新成立的中央人民政府將文博工作歸口文化部。鄭振鐸擔任文化部副部長兼國家文物局局長。他在回中博院舊人王天木的信中，談到對中博院的構想，及對王天木的希望。他寫道：
天木兄：
連得兩長信，我悉一切。關於中央博物館事，我們的意見，都以為應該維持現狀，即使暫時不能大加擴充，也絕對地不會縮小也。陶孟和先生今日南下，已將此意托他向曾小姐（曾昭燏）傳達。我也許不久南下，不過，日期未能確定耳。