在丁汝昌自殺殉國後，張之洞曾建議將駐紮台灣的劉永福調來山東抗日，保衛煙台，但又沒被采納。此時，鑒於連戰連敗，朝廷決定跟日本議和，張之洞提出了“遷都、勤王、借款、購艦”的正確主張，並曆史性地提出了持久戰的正確觀點：“戰即不能勝，豈可盡掃諸軍？彼孤軍遠征，糧彈皆靠海運，分兵守則軍勢弱，不守則接濟斷，彼時一敗即不能支。”當然，這比李鴻章要晚，因為李鴻章在甲午戰前就提出了持久戰戰略。
當張之洞得悉清廷有割台之說，就於2月28日致電朝廷，極力反對割台。並提出保台之法有二：向英國借巨款，以台灣作保，這樣英國必以軍艦保衛台灣；允許英國在台灣開礦一二十年，這樣英國人必然肯保台。當然，英國人是不願招惹日本這塊燙手的山芋的，張之洞的幻想泡湯了。
張之洞一看，求人不如求己，還是得自己人保台。3月29日，張之洞致電唐景崧，一方麵鼓勵禦倭，一方麵建議起用百戰之將劉永福，同時致電劉永福，建議他“忍小任大，和衷共濟，建立奇功”。但5月24日，張之洞從唐景崧來電中得悉台灣建立民主國後，他上奏提出，台灣現在已經改為民主國了，跟大清沒關係了，以後不便再接濟台灣，以免惹怒日本人，使已經議和的中日兩國再動幹戈。
盡管為防引火燒身，張之洞不讚成朝廷再支持已經被割讓的台灣抗日，但他從心底裏還是不願台灣淪入敵手。6月5日，張之洞致電唐景崧，希望他激勵士勇民眾堅守台北府，並鼓勵唐景崧“自率大支親兵，獲餉械，擇便利駐紮，或戰、或攻、或守，相機因應，務取活便，方能得勢”。可是唐景崧辜負了台灣人民的期望，7日乘船退回廈門。最後隻剩劉永福在台灣領導軍民堅持抵抗日軍。劉永福彈藥奇缺，多次向張之洞求援，張之洞雖有餉械，卻不敢接濟。最終台灣全境淪陷。
戰後張之洞上奏說：“我們要知恥，恥不如日本；知懼，懼印度朝鮮覆轍；知變，如果不改變習俗，就不能變法；知道，知西方各國為政之道；知本，孔子之道是本，一切製度以孔子標準來定。”
在兩江總督任上，張之洞創辦了三江師範學堂，這是中國高等師範學堂之鼻祖，現在東南大學的前身。此外張之洞還是中國幼兒園的創始人（第一所幼稚園，選聘了3名日本保姆）。
英國裏提摩太說：“張之洞並不是怯懦的偏心者，即使他不是中國人中最偉大的，也是一個了不起的人。一個國家沒有正直的愛國者和有才幹的政治家是不會前進的，張之洞在中國官吏中是罕見的人才，他不愛財，在這個帝國他很可能成為一個大富翁，但事實上他卻是個窮人，財富進了他的衙門，都用在其事業和公共福利上。”
在教育上，張之洞堅決主張廢科舉，他說：“科舉一日不廢，學堂一日不興。”別人問他：“你是科舉出身還是學堂出身？”張之洞是科舉出身，於是沒話說了。
張之洞反對共和，並惡毒攻擊共和，他說：“如果共和在中國實行，則士人坐吃山空，農民不願種地，商人隻講利益，工人願意物價高，無業貧民願意搶劫，兒子不聽老子的，學生不聽老師的，老婆不聽丈夫的，賤民不聽尊貴的人，弱肉強食，如果共和在中國實行會使中國滅絕人類。”
張之洞大力引進人才，特別是留學生，對於留學生，張之洞一直優禮有加。張之洞熱心向日本學習，經他派往日本留學的學生達數百人。當時風氣雖開，而出洋仍遇到很大阻力。張之洞極力倡導，將自己的數位子孫都送往日本留學。學生出洋張之洞必送行，回國必設宴接風。張之洞送行時必說：“你們到西洋，當努力求學，將來學成歸國，為國家效力，戴紅頂子，做大官，君等共勉。”
張之洞主張中日結盟，他寫信給日本人說：“貴國與我國同文同種，同處亞洲，交往應遠過他國，方能連為一氣，這是東方的頭等大事，鄙人對兩國結盟不甚企盼之至。”
張之洞雖然在對外戰爭時提出過許多愛國主張，但其人缺乏國家觀念，遠沒有同時代李鴻章那樣愛國，一次一個人問張之洞：“如果列強把中國瓜分，您會怎麼辦？”張之洞沉默良久，說：“即便瓜分後還是應該有小朝廷的，我不失為小朝廷的大臣。”