在古代，衛藏勢力對遠離拉薩的康巴地區，始終鞭長莫及。常年在耶巴山洞修行的拉隆？白季多吉，據說受命於吉祥天母，一日在拉薩大昭寺前偷偷取出藏在長袖中的微型弓箭，一箭射中朗達瑪的前額。正在細看長慶唐蕃會盟碑的朗達瑪兩手拔箭，倒地身亡。白季多吉則“不敢稍事停留，即逃赴康地矣”（《西藏王統記》語）。
為免遭屠戮，朗達瑪滅佛時期的衛藏佛教僧人大都逃之夭夭，或逃往印度，或逃往康區。逃往印度的大都作鳥獸散，於藏傳佛教無甚作為了，而逃往康區的，卻像撒種一樣，把佛教思想播撒到康區民間。叫人奇怪的是，藏傳佛教被本教置之死地而後生的原因，恰恰是上層社會的佛教僧人被迫融入本教基礎深厚的康區民間。
順便羅嗦一句，這些僧人在衛藏勢力之外普及佛教的同時，也把他們以前養尊處優時的飲茶習慣，傳給了康區民間，從此以後，藏民族的虔誠念經以及拚命喝茶，才成了藏區兩道蔚為大觀的人文景觀，才有了倚仗於茶馬古道的以馬易茶。
藏區的本土本教起源於西部的阿裏地區。本教信仰萬物有靈，且盛行屠殺牲畜或人的宗教祭祀，這被學者稱之為血祭；其溝通神與人的主祭巫師，被稱為“本”，這是本教名稱的來曆。除祭祀之外，“本”的日常事務是替人占卜念咒，禳災祈福。
阿裏日土縣境內的日土岩畫，大都涉及本教。其中的任姆棟一組一號岩畫，就畫的是一個場麵宏大的殺牲獻祭儀式。早期本教最突出的特點之一，就是用鮮血和肉體向超自然力量顯示敬畏、感恩和祈求的願望，以此表達教徒的虔誠信念。本教經典《色爾義》中就有這樣一個說法：為挽救患病的王子，必須用他的屬民當替身舉行人祭。
據說以前有個名叫赤香的王子得了不治之症，國王心急如焚。一個本教巫師建議國王殺了那個平日陪王子玩耍的男孩赤謝，叫那男孩替王子去死。那男孩的父母是國王的奴隸，對國王惟命是從。經國王同意，巫師叫來一個名叫噶哈達的叫花子操刀剖膛，取出內髒；巫師本人則細心剁碎屍首，將屍塊一一拋入空中。沒想到血祭剛結束，王子就斷氣死了。國王和巫師都覺得沒臉見人，先後自殺謝世。那個操刀手亦遭赤謝父母的無情追殺，最終也被剖膛掏淨內髒。
可能失敗的人祭比成功的人祭次數多，所以本教到公元十一世紀以後，就不拿活人當替身了，但人祭時碎屍拋肉的方式，至今保留在藏區隨處可見的天葬儀軌中。藏區藏民對失去靈魂的屍首，比一個不信神佛的解剖醫生還冷靜。西方旅行家聞之無不驚愕的主要有這兩件事，一是將少女腿骨製成骨號，二是將父母頭顱當作碗盞。其實有些情形是以訛傳訛，並非親眼目睹。
一二四四年，羅馬教皇英諾森四世派使者前往蒙古高原，接受這個使命而冒險旅行的柏朗嘉賓，當時已六十多歲了。據這位聖方濟各會修士稱，旅途中他曾一度進入吐蕃地域。在給教皇的報告中他曾這樣寫道：“吐蕃人具有一種神奇的，或者更應該說是可憎的習慣，這就是吞噬他們的父母。”
不過另一位聖方各會修士魯布魯克，講起這種駭人傳聞要溫和得多。他是一二五二年受法國路易九世國王指派前往古蒙古的。他說：“（吐蕃人）用其父母的頭顱製造漂亮的喝飲料的缽或杯子，這樣便會使他們在享受的時候又能回憶起其父母來。”
數百年後，無論是人祭也好，“吞噬父母”也好，這些駭人傳聞早就雲消霧散了，但本教拿活人當替身的人祭儀軌，卻至今保留在藏傳佛教的寺廟舞蹈“羌姆”中。通俗地講，羌姆就是跳神，但藏區的羌姆比內地的跳神更為複雜，更為係統，其神學內涵亦更為豐富。寺廟組織僧人跳羌姆時，常用糌粑和酥油捏成一個被叫作“靈嘎”的人形鬼俑，是酥油本色的叫白靈嘎，塗了顏色的叫紅靈嘎。青麵獠牙的黑帽僧上場後，小心從木盒中挑出靈嘎，接著劍刺斧砍，剁碎後將碎塊拋向人群。這時候，跳羌姆的黑帽僧與看羌姆的藏民觀眾，一同“把敵人當作食物吃下去”。
藏區本教是藏民族進入父係氏族社會之後的一種原始宗教，其起源年代於今漶漫難辨。我們隻知道遠古時期的本教巫師由父子、叔侄相傳承。據本教經典記載，出生於公元前一〇七五年的第二代藏王穆墀讚普，在整個藏區建造了三十七座本教道場，其中的“協來加嘎”，就是坐落在康區丁青縣覺恩鄉的孜珠寺。
三千餘年後，孜珠寺不但沒有淹沒於藏傳佛教的滾滾洪流中，像其他本教古寺一樣消失得無蹤無影，相反成了全藏區的本教中心；中流砥柱，別樹一幟。本書作者之一的格勒，早在一九八一年曾騎馬前往孜珠寺，尋找本教祖師賢若米本的口授經典《十萬農金》。雖然這部經典紙張粗糙，破損不堪，可它是鎮寺之寶。每逢該寺舉行重要祭祀活動，才把它拿出來供信徒虔誠敬拜。閉門將孜珠寺的《十萬農金》讀了三個月，格勒寫出《論藏族本教的神》、《論藏族本教的巫術及其活動》和《藏族本教曆史發展初探》這三篇本教論文，發表後引起國內外不少藏學家的濃厚興趣。
本教在康區的殘存，經久不滅，其主要原因是衛藏的“法”到不了康區，所以本教在康區受到的排擠，不及衛藏地區嚴重；其次是，康區的高山深穀不但容納了千變萬化的自然景色，而且兼容並蓄了各不相同的人文景觀。僅就宗教而言，不但本土本教在康區有一席之地，而且基督教、伊斯蘭教亦處處立天主堂、清真寺，這在衛藏地區極為罕見。
朗達瑪滅佛後，有位著名印度僧人班智達？彌底，應古格王國邀請前往阿裏地區翻譯佛經。不巧他的尼泊爾譯員波洛克不幸去世，所以譯經工作難以為繼。其後彌底曾瀟灑雲遊吐蕃各地，但最終卻流落於後藏地區的達那，給一戶有錢人家放羊，以此討吃討住。後來有個名叫索南堅讚的康巴僧人，用黃金從那戶人家把彌底贖出，並邀請他到康區金沙江畔的丹隴塘講經傳法。這時的彌底，不但自己會講藏語，而且用藏文寫了一本流傳至今的著名藏文語法專著《語言門論》。由是，丹隴塘信徒雲集，日漸成了康區的佛學中心。
藏傳佛教的嘎舉教派，就是在此之後於康區蓬勃興起的。噶舉教派各支派主要創始人，如噶瑪噶舉的都鬆欽巴、帕竹噶舉的帕木竹巴、止貢噶舉的仁欽貝，均為康巴僧人。嘎舉教派偏重密宗，同時將本教神祗及本教儀軌，充分融合於佛教密宗，予世代崇信本教的康區民間以巨大親和力，從而順利完成佛教本土化的傳教使命。
密宗通常用隱語或咒語口傳身授，無師不修，秘不外傳，故其神秘氣息尤為濃重。修密宗者，一定要拜一位高僧大德當自己的修行指導，並尊其為與佛“同受敬拜”的金剛上師；這與本教巫師由父子、叔侄相傳承的古老傳統，不無相似之處。被上師接納後，修行弟子方可接受“灌頂”，選擇“本尊”。
灌頂是驅散煩惱，洗淨身心，於淨器中注入智力的一種密宗儀軌。因教派不同，因上師不同，也因弟子秉性不同，也因修行階段不同，故灌頂方式千奇百怪，不勝枚舉。其中最著名的是摩頂灌頂、放光灌頂、甘露灌頂、智印灌頂、法器灌頂、種子灌頂等，而最普通的則是寶瓶灌頂。行寶瓶灌頂儀軌時，上師手持寶瓶觀想虛空中飛來神龍，吐水入瓶象征四海來水，然後往弟子頭上倒水，使弟子身心清淨無垢，與佛感應，合為一體。形式上這似與基督教的洗禮及伊斯蘭教的淨身相仿，但其宗教含義完全不同，基督教的洗禮是，入教前洗淨過去的罪惡；伊斯蘭教的淨身是，做禮拜或讀經書前，表示鄭重其事的一項例行儀式；而佛教密宗的灌頂，主要是修行者與其上師達成師徒間的傳承“合約”。
本尊是修行者所崇奉觀想的一位或數位佛或菩薩。本尊有靜、猛兩類，靜者有觀世音、蓮花生等，猛者有金剛橛、馬頭明王等，可靜猛合修的有白度母、黃白文殊等，上師通常依修行弟子的秉性，替他確定適合於他的本尊佛或本尊菩薩。
修行者接受灌頂以及選擇本尊，必須麵對“曼陀羅”舉行。曼陀羅（Mandala）是梵語“圓圈”的意思。在佛教看來，宇宙結構的中心部位是一座居住著諸多神佛的須彌山，其邊緣是一個巨大無比的車輪一樣的圓圈。曼陀羅是用建築、雕塑或繪畫，象征性表現這種結構的立體模型或平麵圖案，亦有人稱之為壇城。藏區第一座三寶俱全的佛教寺廟桑耶寺，其屋舍布局就是一座規模宏大的金剛壇城。
當然修行者平日亦可麵對曼陀羅觀想神佛世界。其最高境界是，將曼陀羅幻化於心，使自己也成為曼陀羅，即所謂的身壇城或內壇城是也，進而使自我的“小壇城”，與神佛的“大壇城”合二為一。印度的一種普通植物也叫曼陀羅。這種植物葉子很大，花色好看，但其莢果有刺，種子有毒。植物曼陀羅與密宗曼陀羅似有某種象征關係。我們知道藏傳佛教有顯宗密宗之別，也知道顯宗安全密宗危險，把密宗看成藏傳佛教中有毒的植物曼陀羅，可能並非毫無道理。
密宗修行的核心，是把自己想象成自己崇奉的那位本尊。典型的“入我法”是這樣要求修行者的：先將自己的心，想象為一朵盛開的蓮花，然後將本尊擱在蓮花上，起初本尊隻有拇指大小，但逐漸變大，修行者若感覺到本尊與自己已融為一體，二者不二不異了，那麼他就是本尊了，而本尊也就是他了。另一種“我入法”，則是通過想象將本尊從虛空中移過來，擱到自己頭上，然後使本尊的氣脈與自己的氣脈彼此相通，合二為一，達到同樣目的。
佛寶、法寶、僧寶三位一體是藏傳佛教的重要特點，而身密、口密、意密三位一體，則是佛教密宗的重要特點。身密指的是人體動作，口密指的是口頭咒語，意密指的是密宗意念。在密宗看來，各種佛，各種菩薩，都有各不相同的身密、口密和意密，修行者如果將自己的身、口、意三業，與其本尊的身、口、意三密相對相應，漸至與本尊無別，便可自身成佛。
對修行者來說，身密主要是手結密印，簡稱手印。手印是用手指和手掌組成各不相同的手型，表示各不相同的佛或菩薩，以及各不相同的器具、行為和意念。因為佛和菩薩數不勝數，其化身則更多更雜，所以密宗手印也多得要命，最常見的就有數千種。比如同時翹起兩個拇指是表示燈，同時按下中指和無名指則表示恐嚇，伸出除拇指而外的其他四指是表示蓮花……單看這些密宗手印，就能領略到藏傳佛教的巨大想象魅力。
口密主要是口誦真言。密宗認為，真言是佛或菩薩所說的密語，誦念真言可呼喚本尊，親近神佛；就其世俗功用而言，亦可禳災祈福，甚至克敵降魔。真言有長有短，長者有數千字之多，短者隻有一個字。最重要的真言是“唵、啊、吽”，最常見的真言是“唵、嘛、呢、叭、咪、吽”；後者被稱為六字真言。多數外地遊客來藏區旅遊，會帶回去兩句簡單藏語，一是“紮西德勒”，二是“唵、嘛、呢、叭、咪、吽”。