鬥法是這樣開始的：“（本教的）東迥徒欽騎在鼓上深入河裏，又飛上天空；蓮花生大師等太陽升起後，將他的外衣掛在光線上……”其結果，自然是赤鬆德讚自印度請來的蓮花生，贏了這場鬥法。
但是，藏區的本佛之爭並未就此結束。藏傳佛教的第一位藏族密宗大師毗盧遮那，就沒蓮花生這麼幸運。毗盧遮那是著名的“七覺士”之一。藏王赤鬆德讚曾派他去印度留學，印度人對他頗有好感，稱他不但異常聰明，而且語言能力強，當然更重要的是虔誠信佛，於是給他取了一個印度名字，意指陽光普照，而他的藏族本名巴果，則鮮為人知了。
毗盧遮那學成後回西藏桑耶寺潛心譯經傳法。雖然他溫文爾雅，足不出戶，但依舊被本教勢力視為眼中釘。對印度佛教恨之入骨的蔡邦王後，曾誘騙毗盧遮那入王宮密室，欲以女色令其破戒。幸虧毗盧遮那機靈，借口關房門自王後懷中掙脫出去，一溜煙跑了。
跑出王宮後，毗盧遮那趕緊回寺內收拾經卷衣缽，連夜逃往邊地康區，躲過了王宮衛隊的快馬追捕。當時毗盧遮那隻身一人橫穿橫斷山，落腳於康巴東部的嘉絨山區隱居修持。但更倒黴的是，嘉絨王也將他視為異類，把他扔到裏麵盡是青蛙的地牢裏。見青蛙的毒素未能毒死毗盧遮那，又將虱子臭蟲放進去咬他。在肉體上與精神上，毗盧遮那替藏傳佛教承受了人類所能承受的極限痛苦。嘉絨王最終被這位傳教大師的堅強意誌，而不是他所信奉的佛學教義所感動，允許他在嘉絨地區建造佛寺，收徒傳教。因此，毗盧遮那被後人譽為“點燃東方（指康區）佛教明燈的聖人”。嘉絨地區的卓克基峽穀中，有一座名叫“毗盧雜普”的幽靜石洞。據說這洞內有毗盧遮那當年修行時的麵壁身影及腳印，朝拜者至今絡繹不絕。
康區地域遼闊且地形複雜，在古代，曆來是西藏逃亡者理想的藏身之地。偌大一個橫斷山，逃亡者一旦逃進去，就像繡花針落入海底一樣無從搜尋。公元八四二年，在拉薩東北部的耶巴山洞中修行的拉隆？白季多吉，就是一箭射死滅佛的末代吐蕃讚普朗達瑪，途中將黑衣黑馬換成白衣白馬，先逃往康區德格，再逃至安多循化的。
藏傳佛教在康區的衍生衍變，亦因其地域遼闊，文化複雜，有異於較為保守的衛藏地區。藏區有這樣一種說法：衛藏人精明，安多人忠厚，康巴人勇敢。康巴人不僅在世俗生活上有諸多勇敢表現，在佛教改革中亦敢為人先。藏傳佛教的活佛轉世製度，是其有別於漢地佛教及日本佛教的重要標誌之一，亦是世界宗教史上獨一無二的奇異文化現象，而這個製度的創立者，就是極富創意的康巴人都鬆欽巴。他本人亦被尊為噶瑪噶舉教派黑帽係第一代活佛，開活佛轉世之先河。
藏傳佛教的噶舉教派創始人，是生於一〇一二年的瑪爾巴？卻吉洛哲。瑪爾巴生前靠做生意及種田過日子，從未剃度為僧，但對印度佛教的熱情與研究，比僧人有過之而無不及。他第一次去印度求學，是變賣了分給他的那份家產，籌得十八兩金子以便獻給印度密教大師那若巴而成行。瑪爾巴一生去過三趟印度，累計在印度學佛的時間長達二十一年。
據說瑪爾巴密法功力深厚，曾將他在印度求得的一種名叫奪舍法的特異功法，演示給他的弟子們看。一隻死掉的母鴿突然活起來了，小鴿子都圍著它們的母親欣喜不已，而作法將自己的靈魂逼入鴿屍的瑪爾巴，這時卻臉色煞白，像死掉一樣。據說瑪爾巴的奪舍法是傳給他的長子塔瑪多德的，可惜塔瑪多德在一次賽馬時，從馬背上摔下來不幸身亡，奪舍法就此失傳。
瑪爾巴傳給他的著名弟子米拉日巴的，是密教的瑜伽拙火定法。為回答米拉日巴對拙火定的某些疑問，瑪爾巴尋遍他在印度求學時記下的所有手稿，但沒能找到答案。於是不顧年事已高，第三次翻越喜馬拉雅山赴印度，專程替米拉日巴尋求有關拙火定的解答。盡管他的老師那若巴已經去世，但他們還是在東印度的一個地方，不可思議地見了麵。那若巴在幻象中解答了瑪爾巴的，其實是米拉日巴的疑問，故瑪爾巴未虛此行。
就實有其人的曆史人物而言，米拉日巴在藏傳佛教中的顯赫聲名，大約僅次於蓮花生。他到三十八歲才有幸拜見瑪爾巴大師，雖然瑪爾巴允許他留下來，但拒絕給他傳授任何教義教法，隻叫他獨自一人建一所九層碉樓，且屢建屢拆。這情形與希臘神話中的科斯林國王西緒福斯推石頭相仿；西緒福斯犯了欺騙死神之罪受罰，不得不每日在地獄裏將一塊巨石往山上推，可每次推到山頂，這巨石就咕嚕咕嚕滾下去，西緒福斯又不得不下山重新往上推，周而複始，永無終止。
米拉日巴幸運的是，他建碉樓建了拆，拆了建，僅折騰六年時間。在他幾近絕望之際，他的師母，瑪爾巴的妻子達梅瑪，懇求其丈夫免除對米拉日巴的懲罰，瑪爾巴這才軟下心來，開始教米拉日巴拙火定法。
瑪爾巴對米拉日巴的懲罰，並非單純考驗他的念佛意誌，而是為了徹底摒除本教文化對他的深刻影響。早年米拉日巴被他母親送入本教寺院學誅法咒術，學成後用本教法術將私吞他父親財產的伯父全家，甚而全村人及全村的牛和羊殘忍殺死。事後米拉日巴追悔莫及，發誓終身學佛，與人為善。
米拉日巴學得拙火定法後，前往後藏及岡底斯地區入雪山深處修持遊方，即使天寒地凍，也隻穿一件布衣過冬。米拉日巴是噶舉教派的嫡係傳人。他於公元一一三五年八十五歲圓寂。他的大弟子傑岡波巴接受了他的全部教義。
傑岡波巴的父親是醫生。他本人也精通醫術，經常給人家看病。三十二歲結婚的傑岡波巴有一個兒子和一個女兒，他的這對兒女得瘟疫時他未能妙手回春。接著他妻子也染病死去，臨死前要他終身致力佛學佛法。雖然他一生中用於治療精神痛苦的時間，遠比治療肉體病痛的時間要多得多，但人們依舊稱他達波拉傑；藏語“拉傑”指醫生。
達波拉傑有四個主要弟子，他們分別開創了噶舉教派的四大支派，即噶瑪噶舉、帕竹噶舉、拔絨噶舉和蔡巴噶舉。噶瑪噶舉的創始人，就是達波拉傑的著名弟子，出生於康區的都鬆欽巴。這位康巴僧人十六歲受沙彌戒，十九歲赴衛藏地區修習佛教，三十三歲拜達波拉傑為師尊佛修持。三年後，又於多處僻靜之地閉關自修。一一五七年，都鬆欽巴在康巴地區的類烏齊境內建噶瑪寺，又於一一八九年在衛藏地區的拉薩附近建楚布寺，一一九三年在該寺圓寂，終年八十三歲。
臨終前，都鬆欽巴對他的弟子講明他將轉世人間，要他們留心尋訪認定。數十年後，也出生於康區的噶瑪拔希，被都鬆欽巴的再傳弟子邦紮巴認定為都鬆欽巴的轉世傳人，替他授沙彌戒。一二五三年，忽必烈大帝路過康巴嘉絨地區時召見噶瑪拔希，並要噶瑪拔希做他的隨軍“牧師”，但被噶瑪拔希婉言拒絕。在此之後，噶瑪拔希雲遊古蒙古地區傳教說法，古蒙古蒙哥大汗賜他一頂金邊黑帽。但不幸的是，噶瑪拔希後來被卷入忽必烈與阿裏孛哥倆兄弟的汗位之爭。忽必烈疑心噶瑪拔希曾暗中支持他的弟弟阿裏孛哥，故擊敗阿裏孛哥後，將噶瑪拔希送到監獄裏受酷刑折磨。據說蒙古人拿火燒他，拿刀砍他，拿毒喂他，拿釘子釘他的頭，把他從高空拋到水裏不一而足，隻因他功力深厚，才活到忽必烈放他的那一天。
忽必烈放他的原因，據藏籍史書《紅史》記載，是因為古蒙古的“東北方向出現吉祥天母的天兵四萬四千人，降下大風、雷電和冰雹，且瘟疫流行，行刑者頓時死亡……所有王臣俱生悔懼，祈請噶瑪拔希原諒。”可惜無論是漢籍史書《元史》，還是古波斯史學家拉施特所著的《史集》，都沒有講到這件事，故其真實原因難以追究。
一二八三年噶瑪拔希圓寂於楚布寺。臨走前他將法位托付給他的弟子鄔堅巴，並留下遺囑道：“從遠方拉堆方向，必出一繼承黑帽法統的人，在他未出現之前，你是佛的代理。”說完這話，便將蒙哥大汗恩賜的那頂金邊黑帽，戴在鄔堅巴頭上，旋而閉目圓寂。自此以後，噶瑪噶舉黑帽轉世係的各代活佛，均頭戴那頂黑帽舉行坐床典禮。
也出生於康區的赤烈多傑，是生於一九八五年的噶瑪噶舉黑帽係第十七代活佛。其坐床前，是由楚布寺活佛尋訪小組，嚴格按十六世活佛日必多傑生前遺囑中所示的方位及特征，在昌都縣拉多鄉巴果山區找到，後經中國佛教協會西藏分會審核，中國佛教協會認定，國務院宗教局批準的。
源於大乘學說的藏傳佛教，向來奉“三佛之說”為其立足之本。何謂“三佛”？一是法身佛，二是報身佛，三是應身佛。具體而言，法身佛是人人皆有的成佛內因，報身佛是修行所得的佛果之身，應身佛是隨機顯現的菩薩或佛。
藏傳佛教最具吸引力的一點，即人人皆可成佛。而藏傳佛教的密宗教法，則著力於指導佛教信徒學“即身成佛”之術，認為隻要修行得法，當前這一輩就能念佛成佛。成了佛，或去阿彌陀佛那兒，永世享受極樂淨土的寧靜與安詳；亦可化身於人間，普渡眾生，操勞辛苦。
由康巴僧人都鬆欽巴發起的，另一位康巴僧人噶瑪拔希確立的活佛轉世製度，是藏傳佛教“三佛”理論的具體實踐。即身成佛的人，或者本來就是佛的化身的人，逝世後又轉世來人間念佛行善，就佛學而言是順理成章的。另從現實角度看，這一製度在藏區的普遍實行，也有效避免了各地寺院在權力更替時可能產生的諸多人事紛爭。
據我們了解，藏區活佛的認定，通常有這樣兩條慣例：一是要到遠離寺院的偏僻地區去找轉世靈童，二是該轉世靈童應與他的前任活佛，及其寺院頭麵人物無任何人際瓜葛。
八百年來，整個藏區先後產生數千個各自獨立的活佛轉世係統。活佛在藏語中被稱為“朱古”，即指化身。藏區最著名的活佛，自然是出自格魯教派的達賴世係和班禪世係。一世達賴根敦朱巴，是格魯教派創始人宗喀巴的最後一位弟子。一四七四年，根敦朱巴在紮什倫布寺圓寂。這時候，不但噶瑪噶舉教派的噶瑪寺有轉世活佛，達隆噶舉教派的達隆寺和類烏齊寺，也都有活佛轉世相承，因此，格魯教派的劄什倫布寺，也決定開啟自己的活佛轉世係統，一是追認根敦朱巴為一世達賴，二是認定其父母是普通農民的根敦嘉措，為根敦朱巴的轉世靈童。
一五七六年，古蒙古地區的俺答汗邀請三世達賴索南嘉措去青海仰華寺與他見麵。見麵後，尊索南嘉措為“聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛”。“聖識一切”是“遍知一切”的意思；“瓦齊爾達喇”是梵文“金剛持”的意思；“達賴”是蒙古語大海的意思；“喇嘛”是藏語“上師”的意思。 因此，根敦朱巴和根敦嘉措的達賴尊號，是後人追加給他們的。
一六四一年，五世達賴羅桑嘉措，借蒙古厄魯特部固始汗之力，推翻了僅統治西藏二十四年的噶瑪政權，建立起聽命於達賴喇嘛的噶丹頗章政權。自宗喀巴時代起，拉薩大昭寺每年正月舉行一次默朗木大會，其間有僧人辯經等佛事活動，亦有平民騎馬射箭等遊藝節目，曆時二十餘日，各寺院化緣多多。為突出節日氣氛，五世達賴喇嘛規定，默朗木大會期間的拉薩市政管理權，降格給哲蚌寺鐵棒喇嘛執掌。
這情形與巴西狂歡節相仿。在巴西裏約熱內盧，市長總是在每年狂歡節的第一個晚上，將象征市政大權的一把巨形鑰匙，交給一個體態肥胖的摩莫王（Rei Momo），由他在狂歡節期間行使市長權力。巴西沒有鐵棒喇嘛，所以這個代市長通常從普通市民中挑選，可能是警察，可能是醫生，也可能是乞丐，隻要身量龐大就行。
一七九一年，清朝乾隆皇帝令嘉勇公福康安，率一萬七千餘名清軍官兵遠赴西藏，擊退頻頻來犯的廓爾喀人。清軍勢如破竹，致使廓爾喀國王很快就致書福康安認罪乞和。福康安是在攻抵廓爾喀首府加德滿都，才接受廓爾喀國王的投降的。撤離西藏前，福康安與達賴喇嘛、班禪喇嘛，以及數名嘎廈噶倫，共同議定了多達二十九條的《欽定章程》。
這個《欽定章程》的第一條，就是嚴格規定活佛轉世的認定程序，防止有人從中徇私舞弊。章程規定，必須將寫有候選轉世靈童名字的多個簽牌，放到大清皇帝賜予的一個金瓶裏，抽到誰是誰。如果隻有一個候選靈童，就將一個沒寫名字的簽牌放進去；若沒寫名字的被抽到，那就不能認定這個靈童，而要另外去找。靈童的正式確認，也須由藏地著名活佛和清代駐藏大臣在大昭寺釋迦牟尼佛像前一同首肯。這就是“金瓶掣簽”製度的來曆。著名的“金奔巴瓶”，就是乾隆皇帝於乾隆五十七年（公元一七九二年）為定奪十一世達賴轉世活佛而特製的。
曆史上有四位達賴活佛出自康巴地區的甘孜州。一是出生於理塘的七世達賴噶桑嘉措，二是出生於鄧柯的九世達賴隆朵嘉措，三是也出生於理塘的十世達賴楚臣嘉措，四是出生於打箭爐（即康定）的十一世達賴凱珠嘉措。理塘一地出了兩位達賴活佛，因此有人說，理塘是既出活佛，又出強盜的地方。
舊西藏時代，格魯派的達賴活佛集政府、宗教及軍隊大權於一身，且格魯派的班禪活佛的宗教地位，也曆來與達賴活佛旗鼓相當，故格魯派在藏地，尤其是衛藏地區的發達，自然不言而喻。格魯派僧人通常穿黃衣戴黃帽，故俗稱黃教。噶舉派僧人修法時通常穿白袍，寺廟圍牆也喜歡塗成白顏色，故俗稱白教。白教的紅帽係活佛，也是康巴僧人創建的。一三三三年，出生於康區甘孜州的劄巴僧格在拉薩附近建乃囊寺名聲大振，當時的元代皇帝封他為灌頂大師，並賜他一頂紅色僧帽，圓寂後他被弟子追認為噶瑪噶舉紅帽係一世活佛。