1948年11月4日，審判長韋伯對25名甲級戰犯宣讀了最終判決。長達1 231頁的判決書詳細列舉了各戰犯的罪狀，韋伯宣讀了8天。11月12日，韋伯宣判：所有日本被告，有罪！
遠東軍事法庭於1946年5月3日至1948年11月12日對日本軍國主義戰犯進行了國際審判，因法庭設在東京，故稱“東京審判”。
這次審判曆時共2年零7個月，開庭818次，受理證據4 300餘件，先後有419人出庭作證，有779人書麵作證，判決書長達1 231頁。當時除了印度法官帕爾為這些戰犯辯護之外，其他國家的法官均讚成根據國際法規和確鑿的事實，嚴厲追究日本戰犯的罪責。
1945年8月15日，日本宣布無條件投降。1946年1月19日，同盟國授權駐日盟軍最高統帥麥克阿瑟正式頒布了《特別通告》和《遠東國際軍事法庭憲章》，懲處日本戰犯的序幕正式拉開。
1946年2月，同盟國任命澳大利亞的 W. F. 韋伯為首席法官，美國律師約瑟夫·季南為首席檢察官，由中國、美國、蘇聯、英國、澳大利亞、加拿大、法國、荷蘭、新西蘭、菲律賓和印度等11國的法官組成了遠東軍事法庭。
法庭建立了，首批起訴受審的日本戰犯的人數到底確定為多少呢？要知道，當時在押的日本甲級戰犯有100多名，總不能把這100多名戰犯都包括在一個案件中去起訴受審吧？經過偵訊、錄取口供和對法庭檔案室裏堆積的大量日本政府檔案，以及盟國各方送來的許多文件的挖掘和整理，遠東軍事法庭以紐倫堡受審的人數（22人）為標準，最終確定首批受審的日本戰犯為28人。
那麼，被告們的犯罪年代又應該從什麼時候算起，又到什麼時候為止呢？對於後一個問題，法官們都無異議，一致認為日本宣布投降的1945年為最終時間，但對於前一個問題，大家意見不同，爭論得很厲害。有人認為應起於1941年12月7日日軍偷襲美國的珍珠港；有人主張日軍在盧溝橋發動全麵侵華戰爭的1937年7月7日應被認為是犯罪日期的起點；有人指出1931年9月18日日軍侵占沈陽時中日戰爭便已開始；還有人主張是1928年4月，日軍在皇姑屯炸死張作霖，由此侵占全中國的企圖便已顯露無遺，而中日實際敵對狀態在那時便已發生。最後，法庭經過鄭重考慮和辯論之後，決定日本戰犯們的犯罪時間應從1928年（“皇姑屯事件”）算起至1945年（日本投降）為止，總共約17年。
這些日本戰犯在戰爭中犯下累累罪行，給被侵略國家帶來難以彌補的傷痛，可以說是惡貫滿盈，但這些人卻在戰後千方百計地試圖逃過審判。
1945年9月10日，軍事法庭首先公布了第一批應逮捕的38名戰犯嫌疑人名單。9月11日，當美國憲兵奉命逮捕東條英機時，東條英機自知罪大惡極，意圖自殺，他讓私人醫生用筆在自己的心髒部位畫了一個酒杯大小的圓圈，用當年希特勒贈送給他的自動手槍自殺，但他自殺未遂，最終沒有逃過遠東軍事法庭的審判。但日軍總參謀總長杉山元、前東條內閣厚生大臣小泉親彥、近衛內閣文部省大臣喬田邦彥、天皇侍衛長本莊繁等相繼自殺，以此逃脫了法庭對他們的審判。
首席檢察官約瑟夫·季南對戰犯們宣讀了長達42頁的起訴書，在總計55條罪狀中，第27項罪狀是對中國實行的侵略罪。
由於在東京審判中法庭采用的是英美訴訟程序，因此對中國法官來說，要給戰犯們定罪，最困難的一件事就是取證。如果沒有充分的證據、證人和證言，這些雙手沾滿中國人鮮血的罪犯就有可能得不到應有的懲罰。為此，中國法官及代表團人員千方百計搜尋材料，廢寢忘食，日夜奮戰，查閱日本內閣、軍部和外務省有關材料，其中包括禦前會議、五相會議、關東軍報告、汪偽政府和“滿洲國”檔案，等等。
證人中，最引起眾人矚目的當屬清朝的末代皇帝溥儀。為了證明日本的侵華行為，1946年8月10日，溥儀在蘇聯軍方的陪同下出庭作證，他身穿一套藍色西裝，戴一條褐色領帶，一出場就引起了全場關注。溥儀神情激動，在庭上控訴了日本人毒死他的妻子譚玉玲、板垣征四郎派人脅迫他在東北成立偽滿洲國、土肥原賢二挾持他離開天津到偽滿洲國當皇帝等罪行。溥儀的證言轟動了法庭，也轟動了整個東京，引起了世界各國媒體的關注，日本《中日新聞》稱這是東京審判中一個劃時代的日子。