一個國家的前皇帝居然在軍事審判中出庭作證，這在世界審判史上是前所未有的。這個曾經被日本人封為“康德皇帝”的兒皇帝創造了整個東京審判中曆時最長的作證紀錄，整整8天。溥儀的作證直接證明了日本在中國東北的進駐上是非法的，是一種侵略行為。
將溥儀找來作證人不是件容易的事，而如何證明南京大屠殺這一慘絕人寰的事件並將罪魁禍首鬆井石根繩之以法，則更加是一件困難的事。
當時，日本國內的老百姓，對於日軍殘酷屠殺中國戰俘和平民的行為並不太清楚，甚至大部分人都不相信南京大屠殺。這是因為日本實行嚴酷的戰時新聞管製，並嚴令日軍官兵與家人通訊時不得提起戰爭期間的犯罪和不道德行為。國際上很多國家的人民也不清楚這一事件。因此，經中國法官梅汝璈提議，軍事法庭同意將南京大屠殺作為一個獨立單元進行審理。但南京大屠殺的審判剛開始，麵對法官的質詢，原日本華中派遣軍總司令、南京大屠殺的製造者鬆井石根就極力狡辯、抵賴、推卸和否認。為此，經法庭同意，檢察官助手裘劭恒帶了兩名美國人專門回國調查取證，獲得了大量的證據，並帶來了大屠殺中的幸存者伍長德和許傳魯。現場目擊者金陵大學的美籍教授貝斯蒂、傳教士史密斯、英國人羅倫斯、牧師約·梅奇等人向法庭提供了確切無疑的證詞。同時，中國法官還找到一份由德國駐南京大使館發給德國外交部的秘密電報，內容正是關於日軍侵占南京後的暴行。這份電報描述了日軍在南京殺人放火、強奸搶劫的情況，結尾這樣說：犯罪的不是這個日本人或者那個日本人，而是整個日本皇軍——它是一部正在開動的野獸的機器。因納粹德國當時是日本的盟國，而這份材料作為證據，無疑是真實可信的。
受害者與目擊者真實的血淚控訴，觸目驚心的證據材料引起了法官們的極大重視，終於使當年不可一世的鬆井石根在法庭上驚慌失色，被法庭憲兵拖出法庭。
最後，遠東國際法庭對於在中國發生的南京大屠殺做出了如下判定：在侵華日軍占領南京的最初6個星期內，被屠殺的平民和俘虜總數達20萬以上。這已是遠東軍事法庭最慎重、最保守的估計。而據後來中國方麵公布的數據，在南京遭到侵華日軍屠殺的軍民就達30多萬。
隨著南京大屠殺案件審理的結束，整個審判也開始進入了被告戰犯的個人辯護階段。1948年11月4日，審判長韋伯對25名甲級戰犯宣讀了最終判決。長達1 231頁的判決書詳細列舉了各戰犯的罪狀，韋伯宣讀了8天。11月12日，韋伯宣判：所有日本被告，有罪！判處東條英機、廣田弘毅、土肥原賢二、板垣征四郎、鬆井石根、武藤章、木村兵太郎7名戰犯絞刑，其他戰犯被判為有期徒刑和無期徒刑不等。
被判無期徒刑的戰犯有16名：荒木貞夫（陸軍大將，日本前文部大臣），梅津美治郎（陸軍大將，日本前陸軍參謀總長、前關東軍司令），大島浩（日本前駐德國大使），岡敬純（海軍大將，日本前海軍省軍務局局長、海軍次官），賀屋興宣（日本前大藏大臣），木戶幸一（侯爵，日本前內大臣、前文部大臣），小磯國昭（陸軍大將，前朝鮮總督，日本前首相），佐藤賢了（陸軍大將，日本前陸軍省軍務局長），田繁太郎（海軍大將，日本前海軍大臣、前海軍軍令部總長），白鳥敏夫（日本前駐意大利大使、外務省顧問官），鈴木貞一（陸軍中將，日本前內閣企劃院總裁兼無任所國務大臣），南次郎（陸軍大將，日本前關東軍司令、前朝鮮總督），橋本欣五郎（陸軍大將，中日戰爭的煽動者、日本翼讚政治會總裁），俊六（陸軍大將，日本前華中派遣軍總司令），平沼騏一郎（男爵，日本前國務大臣），星野直樹（日本前書記官長兼國務大臣）。
被判為有期徒刑的戰犯有2名：重光葵（7年），日本前內閣外務大臣 ，假釋後於鳩山一郎內閣服務。東鄉茂德（20年），日本前內閣外務大臣，判決前病死。
其他戰犯的情況是：永野修身，海軍元帥，日本前海軍部總長（1947年1月15日病死），杭岡澤在，日本前內閣外務大臣（1946年6月27日病死），免予起訴。大川周明，日本法西斯理論的主要倡導者，受審後即患精神病而停止審訊。