陣陣蓬勃向上的氣息洋溢在黃埔軍校的每個角落裏，看著牆上“臥薪嚐膽”、“碧血千秋”的標語，血氣方剛的黃埔學子個個鬥誌昂揚，心中時時刻刻牢記一個堅定的信念，那就是實現孫中山先生救亡中國的偉大事業。
蔣介石在管理黃埔軍校時，一方麵吸收中國傳統治軍思想，兼容當時蘇聯紅軍的治軍原則，另一方麵積極推崇曾國藩等人的“修身治國平天下”之情懷和思想。客觀地說，這些做法提升了學員的個人品質，對軍事作風也有著較大的促進作用。
此外，蔣介石憑借其出色的組織能力和個人魅力，聚攏了一批青年才俊，並常邀請他們到家中談話，通過交談發現其長處並加以點撥。後來的很多國民黨將領稱蔣介石為校長，這些人幾乎都有被蔣介石叫到家裏交談的經曆，戴笠就是在這一期間被蔣介石發現的一個“人才”。而另一位特殊的學員徐向前，雖然也被叫去談過話，但沒有被蔣的長篇大論打動而成為他的心腹，幾年後反而與國民黨軍隊對抗，成為中國紅軍三大主力之一的第四方麵軍總指揮。
黃埔軍校的正式名稱是中國國民黨陸軍軍官學校，卻為共產黨培養出大量軍官，很多人覺得無法理解。其實從軍校建校伊始，共產黨一直都是學校不可缺少的一部分。孫中山改組國民黨後，一些共產黨員以個人名義直接加入國民黨，共同擔負起反帝反封建的革命重任。以周恩來為例，他就是以共產黨員的名義，擔任了黃埔軍校的政治部主任。
但好景不長，國民黨內部左右兩派鬥爭激烈，隨著排斥共產黨、提高國民黨地位的觀點逐漸蔓延開來，國共合作出現陰影。當時黃埔軍校裏有兩個較大的學生組織，分別是“青年軍人聯合會”（下稱“青軍會”）和“孫文主義學會”，國民黨左右兩派的內部鬥爭就是通過這兩個組織的爭鬥表現出來。
黃埔軍校的“青軍會”是由黃埔一期“狀元”、共產黨員蔣先雲號召發起的，在不到兩年的時間裏，發展會員兩萬餘名，吸收了軍校裏的國民黨左派和共產黨員。蔣介石聽聞這一團體發展迅速，便成立了以國民黨右派為主的“孫文主義學會”，謀求製衡。
令蔣介石意想不到的是，兩個組織不僅未能消除彼此的爭吵，摩擦還有不斷加大的趨勢，惡語相向甚至大動拳腳者亦有之。1925年5月的一天，發生了轟動一時的黃埔軍校槍擊事件。因青軍會成員要求申領彩紙，由於印刷傳單時的一件小事，軍校管理處處長“孫文主義學會”執行委員林振雄與軍校政治部秘書、共產黨員李漢藩發生口角，隨後拳腳相向。其間林振雄向李漢藩開槍，雖然幸未擊中，但“青軍會”與“孫文主義學會”各自糾集一批成員發生火拚，經多方調停後，局勢才沒有進一步惡化。
雖然這次鬥毆很快結束，但“孫文主義學會”成員四處散布共產黨“陰謀暴動”的謠言，使得國共兩黨的矛盾愈演愈烈。
1926年3月20日，發生“中山艦事件”。麵對國民黨內各派的重重壓力，本就生性多疑的蔣介石聽信了中國共產黨有意發動暴動的傳言，立即采取行動扣押了海軍局代局長、共產黨員李之龍的中山艦，收繳衛隊武裝，包圍蘇聯顧問團住處，趕走了黃埔軍校裏以周恩來為首的共產黨員。後來國共合作的協議被國民黨單方麵撕毀，兩黨走向了完全對立的道路。
1927年4月，隨著北伐的順利推進，蔣介石開始著手清黨，發動了四一二反革命政變。他先是派出青紅幫流氓打手冒充工人，襲擊了上海的14處工人糾察隊，然後派第26軍以“調解糾紛”的名義，收繳了工人糾察隊武裝，打死糾察隊員達300多名。
4月15日晨，黃埔軍校國民黨特別黨部宣傳委員會政治顧問、著名共產黨人蕭楚女在醫院接受肺癌治療的時候，被軍警強行送入監獄，於22日在獄中被害。
至此，黃埔軍校建立的革命隊伍，就這樣分化為無法融合的兩極。一手創辦該軍校的孫中山先生不會想到，有一天這些曾同窗共讀、並肩作戰的黃埔軍人，最終卻因政治歧見而同室操戈，展開了為期兩次的國共內戰。