所謂超覺靜思，實質上就是中國氣功的“觀想”，即對自己頭腦裏進行“自我觀察”，捕捉雜念，清除雜念，使頭腦處於一片空白的狀態，並用一種“超意識”守住這一狀態，在這種特殊的狀態下，運用自我暗示，將“我的記憶力在增強”、“我的大腦愈來愈靈活”、“我的腦細胞生機勃勃”等指令輸入大腦內部。大腦就會按照這些指令，發揮其自我修善的功能，逐步調解神經網絡的結構，並使大腦內的潛意識得到開發。
各種各樣的測試和實驗證明，氣功所產生的氣是一種物質，而且人體在氣功狀態下能產生一種特殊的能量。
人腦有著巨大的潛能，那些人類至今都無法調用的潛能，有可能通過氣功的這把鑰匙得到有效地開發，這正如著名科學家錢學森所斷言：氣功在發揮人類自身潛能、開發智能資源等領域將發揮巨大作用。
上丹田的位置在兩眉中間（印堂）後行三寸處，或者說在頭頂泥丸宮（腦門）下行三寸處。說法不同，卻殊路同歸，它們的立體相交處恰在腦內的同一地方，相當於現代醫學稱之為“腦垂體”的位置。因此，意守上丹田似可以理解為是用意念的作用去刺激內分泌腺的調節中樞——腦垂體。
腦垂體是人體內最重要的分泌腺，可分泌生長激素、促腎上腺皮質素、促甲狀腺素、卵泡刺激素、加壓素、催產素等多種激素，並影響其他內分泌腺的活動。在練功中因意守上丹田直接刺激腦垂體，促使激素分泌旺盛，大量激素進入血液循環之中，一方麵維持了機體內環境各種成分的相對穩定（祖國醫學稱之為陰陽平衡），同時對人體的生長，發育、代謝以及生殖等都有重大的調節作用。
現代醫學實踐業已證實，刺激腦垂體可以促使加壓素的分泌。加壓素具有很強的血管收縮作用，它使小動脈和毛細血管（包括冠狀循環和肺循環）收縮，因而使動脈血壓升高。隨著血壓的升高，可反射性地使心跳變慢，並使腦血管和腎血管舒張。這與氣功中意守上丹田具有升壓作用相吻合，難怪氣功療法中一再強調。心火上炎、肝陽上亢以及高血壓等患者不宜意守上丹田練功。即使是正常血壓練功者，初學意守上丹田時，也會產生血壓升高的效應，如輕度的頭暈腦脹等。但隨著練功的深入，這些現象便會消失，血壓也不會因意守上丹田時間的延長而無止境地升高。因為“激素分泌調節中有一個普遍的規律，即負反饋調節的存在。負反饋的形式是多種多樣的，其結果都是使腺體的分泌保持適當的範嗣，不致過強或過弱”。但是，人體的神經體液調節功能確實得到了相應的增強，使機體更能適應複雜的外界環境，進而達到防病健身的目的。