實際上，各省研究會考的能力十分有限。教育部二十幾年來，也沒有協調與組織各方集中力量研究，完善會考理論，研究從命題到分數，使用每一個環節的基本操作模式，保證國家對行政上、技術上的指導，逐步建立國家的會考政策法規，使會考工作規範化、科學化，以保證國家對會考政策執行的監督與宏觀控製，導致全國各省普通高中畢業會考放任形成各自為政的局麵。
普通高中畢業會考社會職能與設考目的的角度考查，實踐中就存在以下幾方麵的問題。
(1)標準的模糊。我國前期會考標準的確立，主要依據高中教學大綱中有關教學要求的宏觀性描述，很少有人進行學科教學和檢測目標體係的研究，也無科學、規範、具操作性的學科標準體係，加上會考標準與內容的設計是分省進行，難免多種標準並存，故不利於各省成績的比較與文憑的等值。
(2)功能的局限。目前會考的功能主要有兩點：①檢測評價高中教學質量；②評定高考資格。其他方麵的功能，比如，招幹、招兵、招工、人才培養模式調整、人力資源開發、教育投資決策、教育結構調整與師資結構優化等方麵提供信息資源或參考依據，還未能落到實處，就連評定高考資格，很多省也沒有執行，這在很大程度上影響了會考的社會價值。
(3)權責不明確。會考究竟由誰來管；組織機構如何設置；管理權責怎樣劃分；這些問題也無明確具體的規定。這對會考職能的行使與功能的有效發揮極為不利，直接影響了會考權威的樹立。
(4)公信力差。因為，會考還處於健全完善之中，設計和實施還缺乏科學理論的指導與嚴密的控製規程，會考宣傳還沒有廣泛深入，社會對會考的認同率較低，會考的信息資源還未得到社會相關部門的應有重視與充分利用。
上述問題出現首先是認識不到位。在普通高中畢業會考轉製學業水平考試實行的二十幾年中，它對教育的價值、社會職能和功能等，始終缺乏深入的研究。社會各界對高中畢業會考和逐步實施的學業水平考試在我國教育發展、社會發展中的地位與作用，均缺乏足夠認識。
因條件不到位。一方麵是理論研究嚴重滯後於會考實踐發展的需求，在我國現行的大規模考試中重視程度最低、理論研究基礎最弱的是高中畢業會考。另一方麵，沒有建立起作為會考設計依據的學科標準體係；會考機構不健全，隊伍數量與質量不能滿足實際工作的需要，會考規則體係不健全，有些地方技術裝備落後，達不到大規模教育考試質量控製要求；政府及社會相關部門的支持也因為認識上的不到位而沒有力度。
因管理不到位，因為會考涉及麵廣，實施分散，每次考試需要大量外部人員參與會考的組織實施管理，這就造成命題、考試、評卷的各類人員未能接受必要的業務培訓，加之規章製度的不健全或不按規章製度辦事，缺乏會考質量的科學評價手段與切實有效的監控措施。管不住、無法管、無人管的現象，還不同程度地存在於會考設計、實施過程中，造成了會考工作的負麵影響。
四、普通高中畢業會考認識存在的誤區
普通高中畢業會考實施二十幾年來，認識上的差異，理論上的理想主義與實踐中存在的一些不足，不足以否定這項製度存在的合理因素。任何一項改革都不是十全十美，都需要隨著形勢的不斷變革在實踐中逐漸完善。2000年教育部頒發《關於普通高中畢業會考製度改革的意見》後，人們對普通高中畢業會考製度是否繼續存在發生疑慮，一些省、自治區、直轄市先後下放或取消了高中畢業會考，在客觀上強化了已有的認識偏見。有關專家把認識上的誤區總結為六個方麵。
1．認為會考加重普通高中生的負擔，有悖於教育部關於“減負”的精神。此種認識的依據在於高中生不僅要備戰高考，而且還要花一定的時間用與精力準備會考。為此，要澄清兩點：(1)對於高中生因會考所帶來的負擔是否符合高中教育培養目標的要求；(2)相對高中生成才與主動適應社會發展的需求，高中生有無承受此種負擔的必要。專家們認為，這種負擔既是合理的，也是必需的，而且也是有益的。首先，會考作為達標性的學業水平考試，它以國家頒布的教學大綱的基本達標要求為依據而設計，考查標準與內容，是一個合格普通高中畢業生必須掌握的內容與理應達到的基本目標。如果對這些內容與目標進行檢測，都成了學生與學校的額外負擔，就必然出現大批不合格的普通高中畢業生湧向高校或社會，而導致教育投資與民族智力資源的浪費，形成人才匱乏之患。其次，會考這種負擔，對於高中生成才及我國教育水準的提升是必須與有益的。有壓力才有動力，無論是學生、學校還是社會，沒有必要的壓力與競爭，也就不可能有動力與發展，不知既定目標的實現程度，也很難產生改進對策及措施的意願與行動。如果把檢測高中畢業生學業水平是否達到合格標準的會考，也歸於額外負擔，很可能使生活在特殊環境中的高中生，因此減弱或失去好學上進與奮發成才的動力，消磨競爭拚搏的意誌。他們麵對的是激烈殘酷的國際化競爭，必須具備自我更新知識能力的寬厚基礎、勇於競爭與善於競爭的意誌品質。因此，也應給他們以健康發展所必需的負擔或壓力。
2．認為會考是高考改革副產品。有關專家認為，當初在論證建立普通高中畢業會考製度原因時，提出如下一些意見：實行這項製度是為促進高中教育雙重任務的落實與國民素質的整體提高；調控高中教育的合理分流；監控高中教育水準的升降；為高考科目減少，降低高考對高中教育的負麵影響創設條件。這說明，為改革高考科目創設條件僅是建立會考製度的因素之一，並非是創建製度的主因或宗旨，會考製度的創建是以區分高考與會考的不同性質、不同社會職能為根本出發點與目的的。
所以，在創建普通高中畢業會考製度的論證中已明確指出，會考是高中教育的終檢環節，是高中教育的有機組成部分，相對高校入學考試而言，有其獨立的社會職能、組織管理體係、評價標準與內容。是作為一種達標性考試，是國家檢測高中畢業生學業水平與高中教育質量的基礎評價製度。
3．認為隨著高考招生規模的擴大，會考會失去存在價值。隨著高校招生規模的不斷擴大，會考不僅有存在的價值，而且健全完善的任務更為緊迫。
(1)高考是高等教育的入口，而普通高中畢業會考是高中教育乃至整個基礎教育的出口，屬終結性把關環節，有無嚴密的質量檢測措施，既關係到高等教育發展的基礎是否堅實，也會影響到整個基礎教育的價值取向，因此必須發揮會考的把關導向職能。
(2)高校招生規模的擴大，必然導致高校錄取標準的下移，但這並不意味著把不合格的高中畢業生也招入高校。所以，更需要會考嚴把高中畢業生的質量關，使進入高校的新生必須是合格的高中畢業生。
(3)高校招生規模的不斷擴大，並非降低高中教育的水準，也不是給未達到普通高中畢業生合格標準的學生都頒發高中畢業文憑，而是在有計劃發展高中教育數量的同時，更強調高中教育質量的提高，這就必須要健全完善會考，由其充當高中教育實現既定發展目標的督導機製。
(4)普通高中畢業會考是調控高中教育水準的必要手段，也是促進國民素質提高的重要機製，它的這方麵的職能與功能，是不能由高校招生規模的擴大而消退。
4．認為會考考試是一種得不償失的考試。認為我國每年約有千萬人參加會考，消耗了大量的人力、財力，而最終僅僅是區分出5％不合格的學生，作用甚微、效率太低。如果一種考試的效率與效益僅以被淘汰人數的多少來衡量，自然“會考得不償失”的意見無可非議。實際上，無論是會考還是其他考試，其效率和效益如何，一般應以考試所負社會職能與設考目的的實現程度為標準來衡量。以此反觀我國推行普通高中畢業會考製度二十幾年來的實踐成效，雖然存在也有不盡如人意之處，但在保證國家教育方針、政策的貫徹執行，扼製過早文理分科、擅自調整教學計劃與消減課程或課時，指導辦學方向，促進教學質量的全麵提高，加強國家對高中教育質量的監控以及對普通高中畢業水平的認定，調控普通高中畢業生的合理分流，強化高等教育發展的基礎等方麵所起到的重大作用，實為其他教育手段不可替代。即普通高中畢業會考製度的全麵推行，已成為我國教育發展的重要機製，它對我國高中教育實現教育目標及後繼人才合理智能結構形成的巨大影響，對普通高中畢業文憑社會認同率的提高，均有曆史性的貢獻。
5．認為地方管理基礎教育後，會考的管理權限理應下放。地方管理基礎教育，旨在充分調動地方的興教積極性，拓寬基礎教育的投資渠道，這並不排除國家對文化水準、教育水準的統一維護和監控，進而更要發揮會考的調控的製導功能。因此，會考管理權力的下放，將會對今後高中教育水準的提升與國民素質的提高產生不利影響，延緩我國基礎教育質量評價體係建立的進程。
6．認為學校自主畢業考試可以代替會考。學校自行組織的畢業考試與由教育主管部門組織的統一畢業會考，雖都屬檢測普通高中畢業生學業水平的達標性考試，就其功能、信度、社會公信力等，是不可相提並論的。這說明，會考的職能與功能是不可能由學校自主的畢業考試取代的，現階段關於部分教育質量較高的中學可不參加會考的決策亦欠科學。首先，我國高中教育目標實行統一的教學大綱，使用的是統編教材，全國各地的普通高中畢業文憑具有同等社會價值，這就必須堅持普通高中畢業生合格檢測標準同一的原則，不應因校、因人而異。即使有些學校100％的學生都能達到規定的合格標準，也應毫無例外地參加統一會考，由教育行政主管部門核準的會考機關通過考試檢測予以認證，以維護國家教育標準貫徹落實與高中學曆文憑核發的嚴肅性。同時，也才有利於不同水平層次的學校準確定位。且從會考反饋信息中準確了解其差距，明確日後改進的方向和目標，也才有利於教育管理部門能全麵掌握高中教育的升降及其原因，從中獲取科學調控的依據。因此，由學校自行組織的普通高中畢業考試，因受到主、客觀條件的雙重製約，無論在設計、實施的科學性、規範性方麵，還是在考試成績的可比性、可靠性、公信力方麵都無法與會考相比。可以斷言，在我國現實環境下，任何一所中學以自行考試結果為據所頒發的高中學曆證書，不僅不能被境外教育部門或用人單位作為學曆的有效證明，且難為高校與社會所承認。