熹宗時以魏忠賢為首閹黨專權後，東林黨更受到嚴重打擊。這就是熹宗時候的黨爭。熹宗即位早期大量啟用東林黨人，結果導致東林黨與其它黨鬥爭不斷，熹宗因此對朝政失去了耐心。魏忠賢便借此機會大肆幹預政治，將反對東林黨的勢力集結，號為閹黨。
天啟四年後，閹黨控製了內閣。自此之後魏忠賢更加張狂，其爪牙遍布中央與地方。在其權勢最盛時，其養子竟能代替皇帝祭太廟。全國遍布他的生祠，並號為九千歲。更有國子監生提出魏忠賢配孔子，魏忠賢父配啟聖公。魏忠賢一刻也沒有忘記打擊東林黨，大量東林黨人入獄，甚至處死。由於閹黨毫無學識，政理不修，以致朝綱敗壞。國家內部饑荒頻傳，民變不斷，外患持續，明朝已經陷入風雨飄搖之境地。
來不及了，轟然倒塌
及至崇禎即位，這個大明朝的大廈已經毫無根基，隨時就可能轟然倒塌了。但是他還抱著挽救這個王朝的幻想，銳意改革朝政。崇禎首先下令停建生祠，又逼客氏（熹宗乳母，與魏忠賢狼狽為奸）移居宮外。時機成熟後，思宗下令魏忠賢去鳳陽守陵。魏忠賢在前去過程中得知崇禎已經對他起了殺機，正派錦衣衛來逮捕他，便與黨羽李朝欽一起自縊而死。崇禎將他的首級懸於河間老家。同時將客氏押到浣衣局處死。閹黨其它分子也紛紛被貶黜或處死。閹黨專權雖然結束，但後來朝中又黨爭不斷，崇禎帝走了他祖先的老路，對朝政開始失去耐心。於是便又加強集權，控製百官，信用宦官。
這時，大明王朝經曆了300多年已經走到了末路。外有東北方的後金開始大肆的進攻這個風雨飄搖的國家，內有李自成帶領著農民軍想要打破這個讓他們無法安穩生活的國家。內憂外患同時敲打著大明早已腐朽不堪的城牆。
闖王一路攻城略地，於1644年在西安宣布建國，國號大順，年號永昌。崇禎十七年三月十八日，農民軍攻克北京外城。次日淩晨，崇禎帝在北京煤山自縊。因為南京是明朝的留都，在南京明朝設有形式上的基本的政府機關。所以這時候的明朝還不算完全滅亡。北京陷落後，朱家的後人們陸續在南方建立了幾個小政權，但這都無關痛癢，根本阻擋不了清軍的鐵騎，反而激起了清軍的憤怒，製造了諸如“揚州十日”這樣事件。盡管清朝統一了全國，但是直到明永曆三十七年（1683年），康熙以施琅為水師提督進攻台灣，迫使結果鄭克塽剃發投降為止，明朝才算是徹底滅亡。
總結明朝滅亡的原因不外乎以下幾點：首先是明朝統治階級內部矛盾，逐漸引發宦官專權，結黨營私，階級矛盾激化，最終引發李自成農民起義。就連到了後來建立南明小朝廷後仍不思進取而是還沉浸在內部的黨爭之中，東林-複社與閹黨的餘黨打得一團糟，當時與農民軍作戰的平賊將軍左良玉駐守武昌，有兵數十萬，與馬士英對立。朝廷竟然領兵聲討左良玉。在朝廷內部矛盾四起時統治階級與起義軍之間也是矛盾重重，國不安豈不亡？還有一個重要原因是明後期的皇帝各個昏庸，好不容易出了個崇禎，對朝政精力充沛，但由於時代不好，很難扭轉乾坤，延續明王朝的壽命。最關鍵的是在當時，滿族勢力已經雄厚，這種新生勢力銳不可當。而明朝的統治者還沒有正視到它蘊藏的力量，絲毫不把它放在眼裏，更妄想通過與滿族勢力結盟來打壓農民起義。最終將自己的王朝葬送在了外族的手中。曆史總是要向前發展的，誰強大，誰就有能力做統治者。