概言
第三卷曆敘小世界，所以顯著之由。小世界有有形之顯著，有無形之顯著。觀於有形之顯著，可以知造物自然之妙，觀於無形之顯著，可以知天人一致之精。小世界之形，後於天地，小於天地。小世界之理，先於兩間，廣於兩間。蓋因大世界有邊際，小世界無邊際；大世界之理有起滅，小世界之理有起無滅故也，然亦未嚐非無起無滅。
人生原始圖說
天地，大世界也。人身，小世界也。大世界未有之先，先有六品無形之理，後有六品有形之象。小世界之有也，先有六品有形之象，後有六品無形之理，大世界先無形而後有形者，由理而達於氣也。小世界先有形而後無形者，由氣而還於理也。其有形者，起於一點，乃先天性理所餘，而成其為溟渣者也。天下萬世人生之根種也。自阿丹秉四行之精萃結聚成身，而此一點即寓之於其身，及阿丹生子蔭孫，而此一點流派於千萬無算之身。夫千萬元算之身，必有千萬無算之一點，而此千萬元算之一點，又非自阿丹之一點，變化繁衍以出者也。緣夫先天性理之世，凡有一性，即稟有此一點。但自阿丹之身成，而此千萬無算之一點、莫不隨入於阿丹之身而藏寓之。其為物也，妙無可窺，超於色象聲臭之表。當其寄藏於阿丹之身，而渾為一本也。雖包藏萬世之身，而不覺其多，及其流派子孫而各為一本也，而亦不覺其少，其殆繼先天而為至妙之物者乎？人之有心也、身也，身之有表裏、體竅也，知覺、性情也，動作、雲為也，窮通、壽僥也，皆莫不裕乎其中而妙之也。及其流行昭著，亦分為六品：一元始品，即此種子也；二孽生品，始結胎也；三變化品，四本成也；四形成品，表裏分也；五定質品，體竅全也；六呈露品，靈活現也。小世界有形之六品，蓋不減於大世界有形之六品也。
清源黑氏曰：“種子，即實有也。小世界之種子，即大世界之元氣。先天之理；各抱一氣，即猶後天之氣，各抱一理，所謂由氣而還於理者，俾其理發明無不盡透也。此人所以為人也，遠取諸物，近取諸身，聽取伊何！觀理者當於此卷留意焉。”
胚胎初始化圖說
止即一點，人於母腹，而初化之象也，、是為孽生品。當其未人母腹之先。存於父脊，清妙無象。迨既離本位，而人於子宮，無象者有象矣。象，蓋得乎父母交感之氣而成。父之陽動而生水，水挾陽氣而授之於母，母之陰動而生火，火挾陰氣而納此一點於子宮。陰陽交而水火聚，故一也，而遂化為兩。清，內藏。濁，外護。清者屬陽，即本父之陽，為母之陰裹而化者也。濁者屬陰，即本父之水，一為母之火熾而化者也。說者日；“清既屬陽，理當外發，而茲乃內斂，濁既屬陰，理當內斂，而茲乃外發，何也？”曰：“小世界之化生，與大世界之化生，品數無增無減，但其內外分形，實相反也。大世界之分形，以發越於外者為大、為上，故其陽者發於外。陽者發於外，其陰自斂於內矣。小世界之分形，以藏寓於內者為大、為上，故其清者藏於內。清藏於內，其濁自圍於外矣。其所以分形相反之故，正足以見造化之奇。而小世界之為物，較大世界為愈精愈微也。蓋大世界，自無形而化至有形，其勢皆白內至外者也。自內至外，則其義盡於其外矣。小世界，自有形而化至無形，其勢皆自外至內者也。自外至內，則其內之所關合者微矣。如人之一身，心居至內，身之所不能通者，心能通之，心通無形之位，即猶“阿爾實”通理世之位也。故小世界，以藏寓於內者為大、為上也。又曰，人心如天、人身如地。如天者上。如地者下。由身而至於心為升；由心而至於身為降。此分形相反之妙，足以見造化之奇，而天人之際。其授受也做矣。”
清源黑氏曰：“人一念之動而有小世界，即猶真宰一念之動而有大世界也。然真宰之動，動於無所不知。人之動。動於所不及黨。不及黨者，仍真宰之自為動也、非真宰，無以為人也。分形相反之理，甚妙。
四本分著圖說
此胚胎一月之象也，其自父脊而移人於子宮者，清與濁。得子宮之溫養而兩半者，分為四層，是為變化品。夫自一點而分清濁，蓋亦猶元氣之判而為兩儀也。本清濁而化為四層，亦猶兩儀之分而為四象也。最外一層者色黑，屬土。其近於黑者色紅，屬鳳。近於紅者色黃，屬火。其居於最中者色白，屬水。白者、清之至也。黃則其清中之稍濁者也。黑者，濁之至也。紅則其濁中之稍請者也。四者，為人身血肉精氣之本。四本不外清濁二者，而其所以分者，分之以其色也。色之所以分而為四者，分於子宮陰火之所熾也。其居外麵最與火近者，故其色黑。其二層稍與火相格，故其色紅。其稍近於內而僅得火之氣者，故其色黃。其居於最中而與火相遠者，故其色白。四色分，而風火水土四行，因其色之所成而各有屬焉。一曰，請者之為色本白，濁者之為色本紅。蓋清本陽水之所化，陽水色白；濁本明火之所化，朋火色紅。紅白既判，複為子宮陰火所溫養，則紅之外變而為黑，白之外變而為黃。此又四本分，而為四色之說也。
清源黑氏日。“予閩西”洋書。亦有四液之說，但未見其言理。茲湖四液之所本，而備晰其所以然，足見天方之學，以理勝也。”
表裏分形圖說
此胚胎二月之象也。當此之際，其白黃紅黑四者，得子宮溫養之氣，較前為久。久則風火水土四行之本性飛揚發動。離四．色初成之層次，而各歸於四行之本位。風歸風位，則升而至於其裏。小世界以內為上，故其至內者，為至上。風升而歸於其最內者，乃歸於其最上也。一人歸火位，則升而至於風之次，其位亦內也。風火居內，則水不能內存，其勢不得不降而就下，以與土相附矣。就卞者，就於其表也。，風火內升，其形為心、水土外降，其形為身。心者，天也。身者，地也。表裏形分，則小世界之天地定位矣。火與風相合而為心，水與士相附而為身，其中空焉。亦猶天位於上，地位於下，而中空之義也。是為成形品。
清源黑氏曰：“氣火升而為心，水土降而為身。表裏既判、中留空際。四元交互，化育始蕃。是心天身地，理明事順，何人以首天足地為美談也。”
內外體竅圖說
此胚胎三月之象也。二月之胎，先是表裏分形，至此則表裏各有變化矣。其表之屬土者，化為周身之內。屬水者，流為脈絡之路，其裏之屬氣者，化為心之質。屬火者，發為靈明之孔，而對峙於心之左右。心身既成，而即於心身之間，結聚四髒，以為四行專住之位。四髒既成，而六腑亦次第皆具。耳、目、口、鼻、四肢、百體，悉皆分著，是為定質品也，夫一身之體竅。皆髒腑之所關合，而其最有關合於周身之體竅者，唯腦、蓋髒腑之所關合者，不過各有所司，而腦則總司其所關合者也，腦者，心之靈氣、一身之精氣，相為締結而化焉者也。其為用也，納有形於無形，通無形於有形，是為百脈之總原，而百體之知覺運動皆賴焉。何謂納有形於無形？凡目之所曾視，耳之所曾聽，心之所曾知，腦皆收納之而含藏於其內，是其所為能納也。何謂通無形於有形？蓋腦之中，寓有總覺之德也。其筋絡自腦而通至於目，則目得其總覺之力而能視。其筋絡通至於耳，則耳得其總覺之力而能聽。其筋絡通至於口鼻，則口鼻得其總覺之力而口知味、鼻知臭。故肝開竅於目，而其目之所以能視者，腦之力也。腎開竅於耳，而其耳之所以能聽者，腦之力也。脾開竅於口，肺開竅於鼻，而其口之所以知味、鼻之所以知臭者，腦之力也。其筋絡自腦而通至於周身，則通身得其總覺之力，而手能持，足能行，百體皆知痛癢。即心為靈明之腑，而亦不能不有資於腦。腦得其養，而心之靈明加倍，腦失其養，而心之誌氣亦昏，是之謂通無形於有形也。又曰，心為室，腦為堂，凡室之所等畫者，未有不於其堂而顯露者也。腦，蓋承心之所施，而施之於百竅也。體竅全，而人之形成矣。自此以後，其有滋養者有二根焉：外根日臍，內根曰膽。臍能引母之氣血人胃，以取其滋養。膽能於氣血之所引人者。分別美惡，而但用其美者，收其毒者。此二根者，又內外體竅之所由，以得其滋養者也。清源黑氏曰：“表裏體竅早己具於種子，此特以付發現也。通身表裏，皆關係乎腦。則治人者，一當先知治腦。故天方醫有腦科，諸家不知也。”