朝廷覺得曾國藩說得在理，於是，應允了他的要求。
可剛過了幾個月，僧格林沁大敗，全軍覆滅。
清廷不得不再次調任曾國藩。
慈禧覺得曾國藩的湘軍已基本撤散，才稍稍安心一點，但曾國藩的人望威信還在，必須借他來剿滅撚軍。
這時，清廷不僅調曾國藩出山，也數次調曾國荃出來效力。
曾國荃確實身體不好，對朝廷也是一肚子意見，所以，他屢屢以身體正在調養為由，偏不赴任。
當初攻下南京，我說身體不好，你朝廷虛情假意挽留了一次，第二回就準予奏請，這回有難了，就數次催促，我九爺不是你的叭兒狗，你丟塊骨頭我就來咬。
1866年，撚軍鋒鏑直指湖北，武昌危矣。慈禧顧不得你曾國荃托病了。嚴令曾國荃速赴武昌，任湖北巡撫。
曾國荃終於來上任了。他城府太淺，做事直來直去，與胞兄形成鮮明對比。剛上任，他就與總督官文鬧僵了。官文是滿人，沒什麼本事，是個混蛋、王八，你還再怎麼形容都不冤枉這位老兄，但人家出身好，皇二代，一直以來，就是朝廷派在南方監視湘軍集團的暗哨。連曾國藩都要遷就聯絡的對象，你曾國荃，他當然沒放在眼裏。
你不把我放在眼裏，我也不把你當人看。於是，曾國荃做事，官文處處掣肘，處處排擠，曾國荃也偏偏你官文說東，他就偏說西。
官文決定把曾國荃調到剿撚前線去，當然，也不忘惡心一下他。於是，他向朝廷保奏曾國荃去剿撚，要朝廷授予曾國荃“幫辦軍務”一職。
問題就出在這四個字上。所謂“幫辦軍務”是個虛職，就是個調研員的味道。一個攻打天京的主將，去當個軍隊調研員，不明擺著調戲曾國荃嗎？
朝廷竟然批了。
朝廷能夠戲弄一下漢人的時候就戲弄一下。
曾國荃弄不清這官銜是個什麼意思，於是，寫信給大哥曾國藩請教，應不應該向朝廷回個謝折。曾國藩告訴胞弟，不必專門回折感謝朝廷，因為，太平天國投降過來的將領，朝廷不放心，也是封這樣的官銜。
曾國荃弄清是這麼回事後，怒火中燒。
這讓一個人看到了機會，這人姓丁，早就對官文恨死了，於是，他提供了官文索賄的證據。鐵證在手，這時曾國藩的兒子曾紀澤正好來湖北叔父這兒玩耍，於是，由曾紀澤捉刀，曾國荃密折彈劾官文。
他列了七條官文罪狀：貪庸驕蹇、貽誤軍情、欺罔徇私、濫支軍餉、寵任家丁、冒保私人、結黨營私。
以上七條，隨便哪一條都可以治罪，削職棄軍一槍斃了，可輕可重，這就看朝廷的態度了。
曾國荃是老大粗，曾紀澤沒從政經驗，奏折事先又沒寄給曾國藩把關，這下就闖大禍了。
好在曾國藩耳目眾多，京城馬上就有人給他傳話，說曾國荃已向朝廷彈劾官文。
曾國藩急出一身大汗，立即派快馬急馳湖北，向曾國荃要來密折底稿。
看過底稿之後，曾國藩搖頭不已，連說：胡扯，胡扯！
慈禧收到密折，召軍機處各員商議如何處置。
折子雖然大部分事實證據齊全，確實值得紀委查一查，不過，這是一篇非常蹩腳的折子。
毫無政治鬥爭經驗的叔侄倆，把當政的軍機處部分人都扯進去了，這就是最後一條“結黨營私”，說官文不僅與肅順勾結，還與軍機處大員暗中拉幫結派。
捏了半個七寸，因為慈禧隻要別人與肅順有牽扯，一定除之而後快。另半個七寸捏錯了，說官文與軍機處大員暗中勾結，這就引起了軍機處集體反彈，說曾國荃血口噴人，造謠誣告，應嚴加處罰。
慈禧說：先不下結論，著軍機處派人調查清楚。
於是，派了一滿一漢兩名大員赴湖北辦案。
事實很快就查清，官文確有貪汙索賄實據。
慈禧說：開缺官文的湖廣總督缺，讓他回京。
按常理，官文這種人槍斃一萬次都夠格。但他是愛新覺羅氏自家人，明眼人都知道慈禧此舉不過是奶奶打孫子，揚起巴掌做做樣子。
曾國藩早就料到了這一點，一篇力保官文的奏折早就飛向了京城。為官文說盡好話。
慈禧有了台階，就驢下坡，讓官文回京之後，又以大學士身份掌管刑部。這根本不算什麼處分。
得此消息，曾國藩私下給家人寫信時感歎：“公道全泯，亦殊可懼！”
慈禧很精明，她知道湘軍雖已撤散，但曾氏兄弟統率著剿撚各部，李鴻章、左宗棠各部的骨幹仍然是湘軍舊部。曾氏像一條斬斷的螞蟥，仍然有著頑強的生命力。
必須再度打壓！
她在等待時機。如果時機不成熟，反令剿撚大局陷入被動。