我們第一要改革的，是學生的觀念。我在譯學館的時候，就知道北京學生的習慣。他們平日對於學問上並沒有什麼興會，隻要年限滿後，可以得到一張畢業文憑。教員是自己不用功的，把第一次的講義，照樣印出來，按期分散給學生，在講壇上讀一遍。學生覺得沒有趣味，或瞌睡，或看看雜書；下課時，把講義帶回去，堆在書架上。等到學期、學年或畢業的考試，教員認真的，學生就拚命地連夜閱讀講義，隻要把考試對付過去，就永遠不再去翻一翻了。要是教員通融一點，學生就先期要求教員告知他要出的題目，至少要求表示一個出題目的範圍；教員為避免學生的懷恨與顧全自身的體麵起見，往往把題目或範圍告知他們了。於是他們不用功的習慣，得了一種保障了。尤其北京大學的學生，是從京師大學堂“老爺”式學生嬗繼下來（初辦時所收學生，都是京官，所以學生都被稱為老爺，而監督及教員都被稱為“中堂”或“大人”）。他們的目的，不但在畢業，而尤注重在畢業以後的出路。所以專門研究學術的教員，他們不見得歡迎；要是點名時認真一點，考試時嚴格一點，他們就借個話頭反對他，雖罷課也在所不惜。若是一位在政府有地位的人來兼課，雖時時請假，他們還是歡迎得很；因為畢業後可以有闊老師做靠山。這種科舉時代遺留下來的劣根性，是於求學上很有妨礙的。所以我到校後第一次演說，就說明“大學學生，當以研究學術為天職，不當以大學為升官發財之階梯”。然而要打破這些習慣，隻有從聘請積學而熱心的教員著手。
那時候因《新青年》上文學革命的鼓吹，而我得認識留美的胡適之君。他回國後，即請到北大任教授。胡君真是“舊學邃密”而且“新知深沈”的一個人，所以，一方麵與沈尹默兼士兄弟、錢玄同、馬幼漁、劉半農諸君以新方法整理國故，一方麵整理英文係。因胡君之介紹而請到的好教員，頗不少。
我素信學術上的派別，是相對的，不是絕對。所以每一種學科的教員，即使主張不同，若都是“言之成理、持之有故”的，就讓他們並存，令學生有自由選擇的餘地。最明白的，是胡適之君與錢玄同君等絕對的提倡白話文學，而劉申叔、黃季剛諸君仍極端維護文言的文學；那時候就讓他們並存。我信為應用起見，白話文必要盛行，我也常常作白話文，也替白話文鼓吹。然而我也聲明：作美術文，用白話也好，用文言也好。例如我們寫字，為應用起見，自然要寫行楷，若如江艮庭君的用篆隸寫藥方，當然不可；若是為人寫鬥方或屏聯，作裝飾品，即寫篆隸章草，有何不可？
那時候各科都有幾個外國教員，都是托中國駐外使館或外國駐華使館介紹的，學問未必都好，而來校既久，看了中國教員的闌珊，也跟了闌珊起來。我們斟酌了一番，辭退幾人，都按著合同上的條件辦的。有一法國教員要控告我，有一英國教習竟要求英國駐華公使朱爾典來同我談判，我不答應。朱爾典出去後，說：“蔡元培是不要再做校長的了。”我也一笑置之。
我從前在教育部時，為了各省高等學堂程度不齊，故改為各大學直接的預科。不意北大的預科，因曆年校長的放任與預科學長的誤會，竟演成獨立的狀態。那時候預科中受了教會學校的影響，完全偏重英語及體育兩方麵；其他科學比較的落後，畢業後若直升本科，發生困難。預科中竟自設了一個預科大學的名義，信箋上亦寫此等字樣。於是不能不加以改革，使預科直接受本科學長的管理，不再設預科學長。預科中主要的教課，均由本科教員兼任。
我沒有本校與他校的界線，常常為通盤打算，求其合理化。是時北大設文、理、工、法、商五科，而北洋大學亦有工、法兩科；北京又有一工業專門學校，都是國立的。我以為無此重複的必要，主張以北大的工科並入北洋，而北洋之法科，刻期停辦。得北洋大學校長同意，及教育部核準，把土木工與礦冶工並到北洋去了。把工科省下來的經費，用在理科上。我本來想把法科與法專並成一科，專授法律，但是沒有成功。我覺得那時候的商科，毫無設備，僅有一種普通商業學教課，於是並入法科，使已有的學生畢業後停止。
我那時候有一個理想，以為文、理兩科，是農、工、醫、藥、法、商等應用科學的基礎，而這些應用科學的研究時期，仍然要歸到文理兩科來。所以文理兩科，必須設各種的研究所；而此兩科的教員與畢業生必有若幹人是終身在研究所工作，兼任教員，而不願往別種機關去的。所以完全的大學，當然各科並設，有互相關聯的便利。若無此能力，則不妨有一大學專辦文理兩科，名為本科，而其他應用各科，可辦專科的高等學校，如德、法等國的成例，以表示學與術的區別。因為北大的校舍與經費，決沒有兼辦各種應用科學的可能，所以想把法律分出去，而編為本科大學，然沒有達到目的。