二月，懋第以不能躬叩諸陵，遣樊通、陳尚嘉馳詣諸山陵及崇禎帝陵哭叩之。三月十九日崇禎帝忌辰，懋第為哀表一通，率從行諸臣，以羊塚、香帛望祭，哭叩於太醫院署中；複為文，以隻雞、尊酒祭忠烈諸臣從先帝死社稷封疆者。
四月，草疏一通，用帛幅細書，藏之蠟中；遣金鑣及都司楊三泰馳金陵奏之。而江淮方阻兵，不得達。比至五月，金陵竟失守矣。曹遜以告，懋第曰：『此事皎然如日月，我誌已決，毋煩言』！
閏六月十五日，以江南既平，再下薙發之令。諭懋第降，且髡之；懋第不從。中軍副將艾大選首髡如法，且勸懋第降；懋第大怒，揮從官立杖斃之。事聞，十九日捕下刑部。刑部曰：『若不早薙頭降，而擅自杖殺人，何也』？懋第曰：『吾頭可斷、發不可薙！我奉命北來，已辦一死，豈肯自敗於今日，與若輩為伍？且艾大選薙頭倡叛，恨不以軍法梟示通衢；我自行我法殺我人，與若何與？可速殺我』！遂下獄。
二十日，加鐵鎖三，擁入內朝。懋第喪冠白袍，不北麵，南向坐於廷下。攝政王心雅重之，欲生懋第，且大用之；問在廷漢臣曰：『卿等雲何』？吏部侍郎曰：『為崇禎來，可恕；為福王來，不可饒』。懋第曰：『若言今上是先帝何人？且若中先朝會元，今日何麵目在此與我言乎』！侍郎語塞。兵部右侍郎曰：『先生何不知興廢』？懋第曰：『先生何不知廉恥』？於是在廷無複言者。攝政王曰：『爾既為明臣，何為食我朝粟半年而猶不死』？懋第曰：『爾入攘我朝之粟，反謂我食爾粟耶！且古之致力中原，亦有藉外國之食者。我國家不幸，罹此大變；聖子神孫，豈遂無人？我今日止有一死，又何多言』！攝政王色變，揮出斬之。左僉都禦史趙開心欲起救懋第，同列掣其裾止之，趙不得前；遂擁懋第之宣武門外菜市。懋第昂首高步，神氣自若。既至，南向再拜，端坐而後受刑。劊子楊（忘其名）揮淚稽首懋第前跪，泣不止。少頃，徐起舉锧，亦不憚滿人之在左右也。是日大風，晝晦；都人奔走流涕拜送者，不可勝紀。懋第既擁出朝，趙開心始得前；啟王曰：『死之適足以成其名，不如釋之』！王可其奏，而懋第已死矣。先是，髡令下，馬紹愉即率所從將士薙發降；而懋第參謀陳用極、傅宣、遊擊王一斌、都司劉統、王廷佐、千總張良左俱以不從令，同日被殺。遊擊樊通收殯懋第屍於彰義門之白馬坑，並取用極等諸人瘞之。而前所遣楊三泰所齎蠟書，以是年冬泛海入越，始達魯監國發之。
初，懋第之至也，內院大學士洪承疇麵之；懋第叱曰：『此鬼也！承疇統製三邊，鬆、杏之敗，身殉兵革；先帝賜祭，加醮九壇，優以蔭恤。承疇死久矣！何以至今日尚存？若來者，鬼也』！洪至，且前欲與言，卒不得發而罷。他日，內院大學士李建泰訪之，閽者通謁；懋第曰：『老奴何得尚存？昔督兵討賊，先帝特寵餞之；乃既不以身殉國難而又降仕他人，亦有何麵目見我哉』！李聞，不得見而去。嗣是朝士欲見者，率遭唾罵。於是鹹憚見之；或不得已，一投謁以示「不絕」之意。及江南平，聞懋第題詩雲：『峽坼巢封歸路迥，片雲南下意如何？寸丹冷魄銷難盡，蕩作寒煙總不磨』！訖如其言。
二十五日，滄州守知懋第已被害，以告前所留將士楊逢春、張友才等；於是三百餘人皆號泣散去。
明年丙戌六月十九日，陳洪範有疾，忽言左公至，驚悸而死。始，洪範之持節也，江南以通好重寄命之；事成，世加侯爵。而洪範舊通遼左人語：入燕，盡以江左情實告，而心賣懋第。及還，又率南征之兵平江南。懋第見殺，而洪範定爵為侯；甫期年，卒為懋第忠魂所殺。
皇明監國魯王壙誌
監國魯王，諱以海，字巨川，號恒山，別號常石子。始封先王諱檀，為高皇帝第九子，分藩山東兗州府；王，其十世孫也。世係，詳「玉牒」。王之祖恭王，諱坦頤。父肅王，諱壽鏞；傳位第三庶子安王，諱以派；王兄也。崇禎十五年冬，虜陷兗州，安王及第一子、第四弟以洐、第五弟以江俱同日殉難。山東撫臣奏聞，王以第六庶子，母王氏所生，囗授鎮國將軍；部覆應繼王位，於崇禎十七年四月初四日冊封為魯王。方三月初旬，使臣持節甫出都，而京師旋告陷矣。東省驛騷，王遂南遷。