第二部
第二部開始時，佐助的麵貌沒有太大的變化。他依然冷酷，而且自稱斬斷了鳴人佐助VS鳴人
之間的羈絆，全身心地去追求力量。在三人再次見麵的時候，佐助攻擊了鳴人和小櫻，不留情麵。但另一方麵，對於一些陌生人，他反而不大願意隨意殺戮。佐助和大蛇丸之間也僅僅是互相的利用關係。和其他音忍不同，佐助對大蛇丸既不恐懼也不尊重。隻有在訓練的時候，他才願意和大蛇丸在一起。佐助沒有佩戴音忍的護額，他身上唯一的標記就是宇智波一族的紋章。在第一部到第二部的兩年半時間裏，佐助的能力大大提高。他使用草雉劍作為武器，並開發了新術千鳥流，可以讓全身布滿千鳥，攻擊靠近的敵人。他還掌握了雷係查克拉的形態變化，可以不借助任何媒介使查克拉刀任意變化。可能由於大蛇丸的影響，佐助學會了類似潛隱蛇手的忍術。他對咒印的控製能力也大大提高，可以做到將身體的一部分提升到咒印狀態，實力變得深不可測，甚至可以通過寫輪眼與鳴人體內的九尾對話以及抑製鳴人九尾的力量。佐助登場篇在第二部中，佐助在和佐井見麵時初次登場。他對佐井的出現無動於衷，還對大蛇丸的遲到表示不滿。當佐井表示他會與比佐助更加好地和鳴人合作時，佐助用寫輪眼震懾了佐井。此後佐井試圖幫助鳴人和小櫻，將佐助帶回木葉村。佐助對眾人的勸說毫不理會，表示隻要能殺死鼬，就算大蛇丸奪走他的身體也在所不惜，然後就開始攻擊新成立的第七班。幾輪交手之後，佐助進入了鳴人的意識，發現了九尾的秘密。九尾妖狐對佐助的出現很吃驚，他說佐助的寫輪眼和查克拉比他自己的還要邪惡，並說以前見過類似的宇智波斑。佐助對九尾所說的事情並不感興趣，並開始壓製九尾的查克拉。九尾退卻時威脅佐助不要殺死鳴人，否則定會後悔。回到現實世界後，佐助準備使用絕招將眾人一舉殲滅，這時大蛇丸和兜出現了。兜勸說佐助留下第七班，這樣可以削弱曉的力量，便於他對鼬的複仇。於是佐助一行三人便消失了。大蛇丸之死篇佐助出現在1000個被他打倒的忍者中間，他身上幹幹淨淨，一點血也沒有被濺到，而且每一個忍者都沒有給予致命一擊。大蛇丸說即使是被稱為天才的他在當年也沒有如此實力。這時候的佐助覺得自己已經沒有什麼可以從大蛇丸那裏學到的了，就在大蛇丸躺在床上養病的時候突然對他發起攻擊，用千鳥銳槍攻擊大蛇丸。而早有準備的大蛇丸則現出真身“白鱗大蛇”，要奪取佐助的身體。兩人在精神空間裏進行戰鬥。在佐助的寫輪眼下，大蛇丸遭到了和當年對戰鼬時相同的慘敗。他的精神世界完全被佐助吞並了。在擺脫大蛇丸的控製以後，佐助釋放了被大蛇丸關押的水月。他同水月商量要組織一個新的小隊，並說早有了人選。兩人來到南秘所，說服了有特殊能力的管理員香磷入夥，然後釋放了所有的囚徒。接著佐助一行人來到北秘所，準備釋放重吾。此人是咒印的源頭，擁有雙重性格，平時很和善，但當咒印爆發時就抑製不住殺人的衝動。佐助、水月和香磷來到關押重吾的北秘所，並找到了他。正處於殺人衝動中的重吾與水月打了起來，但很快被佐助用大蛇纏住。重吾在佐助的殺氣下恢複了正常，重新躲進牢房，害怕自己再次出去殺人。佐助對此表示會當重吾的牢籠，阻止他的殺人衝動。之後佐助又說君麻呂已為他而死，此刻重吾終於知道眼前這人就是君麻呂不惜生命都要將他帶回大蛇丸身邊的宇智波佐助。為了要見識一下佐助到底有什麼能耐可以讓君麻呂不惜犧牲來換取他，重吾決定加入他們。佐助的四人小隊正式組成，取名為“蛇”，佐助的最大目的是要殺死鼬，而這世界都將因“蛇”的出現而發生變化。