大戰迪達拉篇佐助與“曉”的阿飛、迪達拉相遇，迪達拉與佐助開戰。戰鬥過程中佐助利用自己的雷屬性有效地克製了迪達拉的土遁炸彈，甚至破解了迪達拉原本用來殺鼬的必殺技——C4迦樓羅。最終迪達拉敗下陣來，在窮途末路之際迪達拉選擇同歸於盡，為了證明自己的藝術
以及不惜一切也要殺死佐助的決心讓他發動了終極藝術自行爆炸，可是佐助熟練地運用了寫輪眼，進入萬蛇體內用空間忍術躍入其他空間，成功離開爆炸之地，得以保命，而迪達拉則在爆炸中身亡。兄弟之戰篇在另一邊，木葉村收到情報，得知大蛇丸被佐助所殺，便開始進行尋找佐助的任務。“蛇”趕到“曉”的根據地，而佐助更遇到鼬，鼬指示佐助前往宇智波一族的故地，來個了斷。兩兄弟決戰，初時佐助似乎占了上風，從鼬背後向其插了一刀，但是這卻又是鼬的分身，佐助立刻向身後的另一個鼬使用千鳥銳槍進行攻擊。後從絕口中才得知，雙方似乎是在戰鬥，但其實隻不過是幻術上的攻防戰，實體一直未有動身。佐助從鼬口中得知宇智波一族創始人——宇智波斑仍存在的事實，就是斑跟鼬一起消滅了宇智波全族，同時亦得知宇智波斑也同樣擁有萬花筒寫輪眼，而且是第一個以眼睛控製九尾及揭露此眼另一秘密的人。鼬繼續向佐助訴說萬花筒寫輪眼的另一個秘密，佐助之前已閱讀過關於宇智波一族的秘密，了解到了萬花筒寫輪眼終有一天會失明的事實。鼬告訴佐助，本已是萬花筒寫輪眼擁有者的人，能從自己兄弟那兒取來同樣的眼後而創造出帶有獨特力量的新眼睛——‘永恒萬花筒寫輪眼’，這雙眼睛永不會墮入黑暗的失明世界中，而且還會有新的力量產生，這就是萬花筒寫輪眼的另一個秘密。因此鼬一直以來要佐助練成萬花筒寫輪眼，正是要這個弟弟作為他的‘備用品’，以脫離萬花筒寫輪眼擁有者失明的命運。佐助知道一切“真相”後，亦有所行動。兩兄弟不斷使出絕招攻擊對手，佐助的實力比起兩年多前早已今非昔比，交戰過程中，鼬最強的精神攻擊——‘月讀’與最強的物理攻擊——‘天照’相繼遭到破解，令躲在一旁觀戰的絕驚歎不已。在破解了鼬絕招之後的佐助亦查克拉耗盡，可這時佐助仍然放話自己準備了一手終極絕招……原來佐助先前的火遁術射向天空目的並不是攻擊鼬，而是用來製造出積雨雲，進而產生雷電，並將自然界巨大的雷電之力通過手中雷電引導向鼬。這個術被佐助命名為“麒麟”。“麒麟”的一擊將整個據點都擊得粉碎，佐助亦滿心以為鼬已被殺死…但意想不到的是鼬也使出須佐能乎，防禦住了佐助的攻擊。鼬使出了他的終極之術——“須佐能乎”，一個靈體巨人慢慢形成。就在此際，本來被佐助奪去力量、壓製在其體內的大蛇丸，竟趁佐助力量虛耗之際企圖侵占其身體，他使出自己最大最強的術——‘八歧之術’變化出八歧大蛇。但一如日本神話情況，八歧達蛇八個頭顱先後被‘須佐之男’斬下，而本來潛藏在八歧大蛇內的大蛇丸，也被‘須佐能乎’的十拳劍（別名酒刈大刀，草雉劍的其中一把，能將所有刺中的東西封印在醉夢的遊離世界內）刺中，宇智波鼬最終查克拉耗盡死亡。佐助同樣地也克製了大蛇丸的控製而平複過來，咒印亦從此消失。但佐助此時已用盡所有力量，連寫輪眼都使不出來了。麵對鼬強大的‘須佐能乎’術，佐助又沒有寫輪眼的力量，唯有不斷以引爆符進行攻擊，但這卻一一被‘須佐能乎’所持的‘八咫鏡’抵禦過來，鼬更步步迫近。然後在佐助的額頭前輕輕點了一下（這裏有個典故，佐助小時候每一次纏著鼬，請求鼬陪著自己練習忍術，鼬每一次都在佐助的額頭輕輕點一下，並說：“原諒我吧，佐助，下次再教你吧”）天降大雨，而天照之火仍在不熄滅地燃燒…當佐助看見旁邊的鼬再也不動後，他明白哥哥已死，隨即留下了血淚，也接著倒下了。（因此網友猜測，鼬最後跟佐助說的是“對不起，佐助，不會再有下一次了”）斑在之後找到並救起已經的佐助，並告訴了他宇智波家族與木葉曾經的恩怨，而鼬則竟然是木葉的雙重間諜，他是為了防止戰爭的爆發才選擇親手滅掉宇智波一族的，並且鼬其實一直都在暗中保護佐助，當年鼬沒有殺佐助，並且一直在培植佐助的力量，通過讓他憎恨來不斷將寫輪眼變強，直至後來開啟了萬花筒寫輪眼。因為在鼬認為，佐助比木葉村更加重要。佐助得知真相之後十分震驚與悲憤，他決定刺殺逼死鼬的幕後黑手——團藏等三位木葉高層，以及摧毀對宇智波一族實行滅族政策的木葉忍者村。捕捉八尾篇萬花筒寫輪眼開眼
[1]佐助的小隊更名為“鷹”並臨時與曉合作，前往雷之國收服八尾人柱力，擁有新的寫輪眼的佐助輕易地獲得了八尾人柱力的情報，前往雲雷峽。在雲雷峽，“鷹”遇上了前所未有的強敵八尾人柱力——奇拉比，千鳥流、千鳥、咒印、斬首大刀相繼失效，佐助身中七刀，幸得香磷救治，繼續戰鬥。此時，八尾人柱力望速戰速決，使出了絕招“第八把刀”，並進一步完全八尾化，佐助想起“鷹”小隊對自己的幫助，最後浮現在內心的是鳴人、小櫻、卡卡西，當年的第七班。內心的情感催動了他使出天照，擊敗八尾，將其捕獲。不過被擊敗的八尾卻隻是八尾的分身，原因是八尾在被天照焚燒之際故意用尾巴攻擊香磷，而佐助為了救香磷用千鳥銳槍將八尾一隻尾巴切了下來，導致八尾逃脫，八尾用自己的膽量和智慧得以自救。五影大會篇火影單行本五十一