這一期間的苦練的成果很快顯示出來。他的高速移動讓我愛羅疲於應付，不得不用沙子將自己全身包圍起來。佐助趁此機會首次使用了千鳥，結果穿透了我愛羅的絕對防禦，並擊傷了對手。與此同時，砂忍和音忍的木葉崩潰計劃開始實施。我愛羅在砂忍的掩護下從木葉忍者村撤退。佐助追擊我愛羅，一路上過關斬將，最終追上了後者。佐助一再使出千鳥，並切斷了我愛羅用沙所凝成的一隻手臂。被激怒的我愛羅使用守鶴的力量反擊佐助。而佐助則由於咒印的緣故，體力不支倒下了。緊急關頭上鳴人正好趕到，一番苦戰後擊敗我愛羅。佐助對於鳴人在這一戰中表現出的實力，表現出驚訝和嫉妒。鼬的回歸篇在得知卡卡西被突然出現在木葉村的鼬擊敗後，佐助去探望卡卡西打聽消息。從卡卡西那裏，佐助得知鼬回到木葉村的目的是要尋找鳴人。於是他立刻動身去找鳴人，同時向鼬複仇。等找到鳴人的時候，佐助發現鼬已經先到一步。佐助使出絕招千鳥對付鼬，但被鼬隨手破解了。雖然佐助不屈不撓，但鼬似乎對他缺乏興趣，用月讀毫不留情地擊潰了佐助。鼬說佐助仍然太弱，因為恨得還不夠深。佐助被自來也救走，去木葉村的醫院養傷。終結之穀篇綱手回到木葉村後，治愈了佐助的傷勢。在醫院治療期間，佐助回憶起他在第七班的曆程。他發現自己仍然太弱小，無法打敗鼬，甚至被從前的吊車尾鳴人超過。心情抑鬱的他和前來探望他的鳴人在醫院進行了一次對決。雖然這次對決被趕來的卡卡西阻止，但佐助發現鳴人的新術（螺旋丸）威力與自己現在的千鳥差距之大，內心更加不安。卡卡西在事後現身說法勸說佐助不要過於執著對力量的追求，但佐助已經積重難返。這時，大蛇丸派來的音忍四人組吸引了佐助的注意。佐助認識到大蛇丸給予的咒印的力量後，決定跟隨音忍離開了木葉村，追隨大蛇丸以換取力量。在佐助離開村子之前，被小櫻追上。盡管小櫻極力勸說佐助留下，並表白了對佐助的愛意，希望能幫佐助變強，但佐助的內心卻一直充滿複仇的決心，身為複仇者的他是沒辦法留在她們身邊，隻是溫柔的說了聲“謝謝”，可是這句話卻是佐助的真心！然後擊昏了小櫻，離開了村子。在路上，佐助再次碰到了音忍四人組。這一次音忍給了佐助提升咒印狀態的藥丸，然後將吃下藥丸進入假死狀態的佐助封印到特製的棺桶中，帶著棺桶離開了。在音忍一行往大蛇丸方向去的時候，一支由鳴人、鹿丸、牙、寧次和丁次組成的小隊在身為中忍的鹿丸的帶領下開始了營救佐助的任務。途中，小隊的隊員分別先後和音忍四人組的成員進行單挑。這期間君麻呂出現，帶走了棺桶，但最終被鳴人追上。這時佐助完成了咒印的升級，破桶而出。恰巧小李趕到，拖住了君麻呂。鳴人最終在終結之穀追上了佐助。佐助見鳴人窮追不舍，便聲稱要殺死鳴人。鳴人雖然感覺到佐助的殺意，但決心無論用什麼手段都要把佐助帶回村子。於是兩人開始了大戰。起先佐助占據了上風，後來鳴人使用體內九尾的力量力壓佐助，但佐助在對陣中升級了他的寫輪眼，又再度和鳴人打成平手。這時鳴人體內的九尾讓查克拉環繞在鳴人周圍，並長出一條尾巴，而佐助則使用了咒印的狀態二，變成了鷹的形態。兩人各自使出絕招——鳴人的九尾力量的螺旋丸和佐助的咒印狀態的暗黑千鳥在終結之穀的大瀑布上碰撞。在僵持狀態下，佐助擊中了鳴人，而鳴人則在佐助的護額上劃出了一條裂紋。兩種強力忍術的碰撞產生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。之後，鳴人昏倒在地。勝利了的佐助並沒有殺死鳴人，因為他要用自己的方式獲得力量，而不是像鼬所希望的那樣做。佐助離開了鳴人，去尋找大蛇丸。