綜上，一審法院依據《擔保法》第49條第1款、《擔保法司法解釋》第67條第1款、《合同法》第58條之規定，判決如下：（1）《聯合開發協議》及《補充協議》無效；（2）自本判決生效之日起10日內索特公司向新萬基公司賠償損失79320.5元；（3）駁回索特公司的訴訟請求；（4）駁回新萬基公司的反訴請求。
新萬基公司不服一審判決，向最高人民法院提起上訴。
［法院判決］
最高人民法院查明：雙方2005年12月1日簽訂《聯合開發協議》及《補充協議》中約定的土地轉讓價格，雙方確認為48萬元/畝。2008年2月，索特公司將相關土地再次向銀行進行抵押貸款時，其評估價約為88萬/畝。最高人民法院查明的其他事實，與一審法院查明的基本事實一致。
根據當事人雙方上訴請求及答辯情況，本案爭議焦點為：（1）《聯合開發協議》及其《補充協議》的效力問題；（2）索特公司是否應向新萬基公司支付違約金。
（1）關於《聯合開發協議》及其《補充協議》的效力問題。根據《擔保法》第49條的規定，抵押期間抵押人轉讓抵押物應當通知抵押權人，否則轉讓行為無效；《物權法》第191條也規定抵押期間轉讓抵押物須經抵押權人同意。其立法目的是為了確保抵押權人的利益不受侵害。但《擔保法解釋》第67條和《物權法》第191條也規定，未經通知或者未經抵押權人同意轉讓抵押物的，如受讓方代為清償債務消滅抵押權的，轉讓有效。即受讓人通過行使滌除權滌除轉讓標的物上的抵押權負擔的，轉讓行為有效。上述法律和司法解釋的規定體現了相關立法和司法解釋的指導思想是要在抵押權人和抵押人、受讓抵押標的物的第三人之間實現利益平衡，既充分保障抵押權不受侵害，又不過分妨礙財產的自由流轉，充分發揮物的效益。本案雙方當事人在《聯合開發協議》中約定由索特公司在不影響開發進度的前提下辦理解除抵押的相關手續，即以約定的方式將先行解除本案所涉土地上的抵押權負擔的義務賦予了索特公司；該約定既保障了抵押權人的利益，也不妨害抵押人和受讓土地的第三人的利益，與《擔保法》、《物權法》以及《擔保法解釋》保障各方當事人利益平衡的立法精神並不相悖，不違反法律規定。從合同法的角度看，轉讓方對轉讓標的負有權利瑕疵擔保責任，其主動告知轉讓土地上的權利負擔，並承諾由其在不影響開發進度的前提下先行解除抵押，該承諾構成合同中的負擔行為，即承擔義務的行為，符合意思自治和合同自由原則，且確保了抵押權人的利益不受侵害，與《擔保法》、《物權法》和《擔保法解釋》的立法本意和製度設計不相抵觸。因此，應當確認該《聯合開發協議》及《補充協議》有效，雙方應按照合同誠信履行，索特公司有義務根據雙方商定的開發進度清償銀行債務，從而解除該轉讓土地上的抵押權負擔。
其次，根據《物權法》第15條的規定，當事人之間訂立有關設立、變更、轉讓和消滅不動產物權的合同，除法律另有規定或者合同另有約定外，自合同成立時生效；未辦理物權登記的，不影響合同效力。該規定確定了不動產物權變動的原因與結果相區分的原則。物權轉讓行為不能成就，並不必然導致物權轉讓的原因即債權合同無效。雙方簽訂的《聯合開發協議》及《補充協議》作為訟爭土地使用權轉讓的原因行為，是一種債權形成行為，並非該塊土地使用權轉讓的物權變動行為。相關法律關於未經通知抵押權人而導致物權轉讓行為無效的規定，其效力不應及於物權變動行為的原因行為。因為當事人可以在合同約定中完善物權轉讓的條件，使其轉讓行為符合法律規定。本案即屬此種情形。
綜上，雙方當事人簽訂的《聯合開發協議》未違反法律強製性規定，應為有效合同。一審判決對此問題的認定適用法律不當，應予糾正。
（2）索特公司是否應向新萬基公司支付違約金。一審判決根據雙方簽訂的《聯合開發協議》及《補充協議》約定的權利義務內容，確定雙方的協議為土地使用權轉讓協議，此認定事實清楚，適用法律正確，雙方當事人亦無異議，本院予以確認。土地使用權轉讓協議作為一項雙務合同，要求出讓方首先提供具有使用權無瑕疵的土地，受讓方依約支付轉讓款。雙方的《聯合開發協議》第1條即明確了該轉讓土地已被抵押，且約定索特公司履行解除抵押的義務。該條約定表明，索特公司作為土地使用權的轉讓方具有消除轉讓土地上所存權利瑕疵的義務。雙方在隨後簽訂的《補充協議》中對履行各自義務的時間作出了約定，即以雙方共同確定的《金三峽花園聯合開發項目開發進度表》作為雙方履行義務的時間表。新萬基公司依《補充協議》的約定，於2005年12月5日向索特公司提交了《金三峽花園聯合開發項目開發進度表》，要求索特公司解除轉讓土地上的抵押，索特公司未予回複。索特公司此舉違反了《聯合開發協議》第1條關於雙方共同確定項目開發進度表的義務性規定，未能按協議約定適時解除轉讓土地上設定的抵押，提供無權利瑕疵的土地，此種消極不履行合同的行為，已構成違約。索特公司的沉默行為，引起新萬基公司對合同繼續履行的正當信賴，導致新萬基公司與中冶賽迪工程技術股份有限公司等第三方簽訂了工程設計等一係列與項目開發實施行為有關的合同。在此種情況下，索特公司提起訴訟請求解除《聯合開發合同》及《補充協議》，根據《合同法》第108條規定，應認定其構成根本違約。綜上，結合涉案土地已經大幅升值的實際情況，以及雙方在土地使用權轉讓過程中的利益平衡，索特公司應按《聯合開發協議》第10條的約定承擔違約責任。索特公司根本違約，應按照新萬基公司總投資額的30％支付違約金。由於雙方簽訂的《聯合開發協議》實為土地使用權轉讓協議，故應將該條約定的“總投資額”變更為合同約定的轉讓款的數額，以之作為確定違約責任的計算依據。根據《補充協議》的約定，雙方確定的索特公司轉讓土地使用權的應得收益為10360萬元（280畝×37萬/畝），新萬基公司應負擔的索特公司辦公樓裝修款3100萬元；作為土地使用權轉讓的對價，兩項共計13460萬元。以此計算，索特公司應向新萬基公司承擔4038萬元的違約金。索特公司在一審訴訟中請求解除雙方所簽訂的合同，故雙方簽訂的《聯合開發協議》及其《補充協議》應予解除。
最高人民法院認為，雙方當事人簽訂的《聯合開發協議》及其《補充協議》合法有效。索特公司未履行合同義務，構成違約，應承擔合同約定的違約責任。新萬基公司的上訴理由部分成立。根據《民事訴訟法》第153條第1款第2項、第3項之規定，判決如下：
（1）撤銷重慶市高級人民法院（2008）渝高法民初字第2號民事判決；
（2）《金三峽花園聯合開發協議》及《金三峽花園聯合開發協議之補充協議（一）》有效；
（3）解除雙方簽訂的《金三峽花園聯合開發協議》及《金三峽花園聯合開發協議之補充協議（一）》；
（4）重慶索特鹽化股份有限公司自本判決生效之日起十日內向重慶新萬基房地產開發有限公司支付違約金4038萬元；
（5）駁回重慶新萬基房地產開發有限公司其他上訴請求。
［案例評析］
通過上述案情能夠看出本案解決的關鍵集中於：抵押人首先將標的物抵押，之後將抵押物轉讓出去，則其轉讓的效力如何。
一、標的物先抵押後轉讓的法律關係分析
對於標的物先被抵押，之後又被買賣，買賣的效力如何，即買賣是有效的，抑或是無效的，無論是在立法的規定上還是理論的探討上，皆存在爭議。
《擔保法》第49條第1款規定，抵押期間，抵押人轉讓已辦理登記的抵押物的，應當通知抵押權人並告知受讓人轉讓物已經抵押的情況；抵押人未通知抵押權人或者未告知受讓人的，轉讓行為無效。《擔保法解釋》第67條規定，抵押權存續期間，抵押人轉讓抵押物未通知抵押權人或者未告知受讓人的，如果抵押物已經登記的，抵押權人仍可以行使抵押權；取得抵押物所有權的受讓人，可以代替債務人清償其全部債務，使抵押權消滅。受讓人清償債務後可以向抵押人追償。如果抵押物未經登記的，抵押權不得對抗受讓人，因此給抵押權人造成損失的，由抵押人承擔賠償責任。《物權法》第191條規定，抵押期間，抵押人經抵押權人同意轉讓抵押財產的，應當將轉讓所得的價款向抵押權人提前清償債務或者提存。轉讓的價款超過債權數額的部分歸抵押人所有，不足部分由債務人清償。抵押期間，抵押人未經抵押權人同意，不得轉讓抵押財產，但受讓人代為清償債務消滅抵押權的除外。由上述規定可知，我國的《擔保法》、《擔保法解釋》以及《物權法》皆對標的物先抵押後轉讓的行為效力作出了規定，並且規定的內容存在相互抵觸的現象。因此，在處理現實生活中的具體問題的時候，難免會出現適用法律不當的情形。