然而，忽必烈並沒有因為強調蒙古人在行政及軍事方麵的特權，而忽視對其他民族人才的任用。他根據色目人擅長貿易的特長，任用他們管理財政，如色目人賽典赤，被忽必烈提升為中書省平章政事，總管全國財政，以清廉而聞名，四川行樞密院改為行省後，他僉行四川行省之事，至元十年，又以平章政事的身份行省雲南，直到他去世為止。阿合馬也是色目人，他繼賽典赤後總管全國財政，直到至元二十年他被刺殺為止。以前在忽必烈藩府及中統年間得到重用的廉希憲，也繼續留用。契丹人耶律鑄也因有才而被忽必烈任用，他在至元元年八月任中書左丞相，至元十年，改任平章軍國重事。可見忽必烈對有才能的人，不論什麼民族，都一律量才使用。
由於這個時期對漢族知識分子的某種不信任，他把以前在藩府跟隨他南征北戰、出謀劃策的大多數漢族人士，安置於翰林院管理文化事業，或做太子老師，名義、地位很尊貴，而實際上將他們排除於軍事領導，甚至中央政府領導之外。如劉秉忠，雖在至元元年八月任命他同議樞密院事、兼中書省事，但據史料記載，他並沒有起大的作用，於是做了太保。許衡被任命為翰林院的國子祭酒。竇默被任為翰林侍講學士。王鶚被任為翰林學士承旨兼修國史。至元十五年，“置太史院，命太子讚善王恂掌院事，乙部郎中郭守敬副之，集賢大學士兼國子祭酒許衡領焉”。當然這也不是絕對的。對一些信得過而又有真才實學的漢人，忽必烈也仍然加以重任，如史天澤，從他父親史秉直歸降成吉思汗起，就為蒙古統治者出生入死，南征北戰，中統元年即任河南等路宣撫使，兼江淮諸翼軍馬經略使，至元八年為平章軍國重事。又如趙璧，至元二年任命為平章行省於南京等處，至元四年升為副樞密院使，至元八年為中書左丞。另外張易也從同平章政事升為平章政事，後又任樞密副使。劉整從一名降將升為參知政事，呂文煥、崔斌、張惠、範文虎等也先後得到重用。
有人認為，忽必烈在李叛亂後，便放棄了對漢人的重用，因為這些人使忽必烈腹背受敵。當然，我們不能否認李叛亂給忽必烈與阿裏不哥爭位的戰爭蒙上陰影，但即使不出現李之亂，忽必烈也必將改變其用人政策。如果僅以漢人、漢法統治整個元朝，那與以蒙古人、蒙古法統治整個元朝又有何異。忽必烈是一位思想敏銳的蒙古貴族，他不可能不意識到蒙古大汗與漢地君主的不同，改變主要用漢人的用人政策，對他來說是必然的，李事件隻是這種必然性中的偶發事件，它起了加快忽必烈用人政策轉變的作用。其實在此事件出現之前的中統二年，忽必烈已著手改革其用人政策。平定阿裏不哥之後，他在維護蒙古人在蒙古政權中的特權的大前提下，任用擅長作戰的蒙古人管理軍事，以貿易見長的色目人掌財政，以通古今、多學識的漢人管理文化，使其政治、軍事、經濟、文化日益走上恢複與發展道路，在此基礎上，於至元十六年（1279）徹底消滅了立國達三百多年的宋王朝。
第三，忽必烈第三階段的用人政策。
這一階段，忽必烈除了繼續保持蒙古人在軍事和中央重要機構中的特權外，又任用蒙古人滲透至中央到地方的各個機構。滅亡南宋之後，忽必烈打通了從漠北到南海的道路，其疆域“北逾陰山，西極流沙，東盡遼左，南越海表”，再也沒有強大的敵人與蒙古人匹敵。同時從中統元年至至元十五年這19年的統治實踐中，忽必烈已基本上確立了用各個民族人才統治元朝境內各個民族的思想。但是由於忽必烈的政權是一個民族政權，他所實行的民族等級製度（蒙古人為第一等，色目人為第二等，漢人為第三等，南人為第四等）以及為了進一步對外擴張而不斷搜刮各族人民的做法，使民族矛盾和階級矛盾日益尖銳，各族人民紛紛起義。為了控製、鎮壓各族人民，保證蒙古政權長治久安，忽必烈用人思想轉向依靠蒙古人和色目人，最明顯的標誌就是忽必烈在剛剛平定南宋之後，於至元十五年六月甲戌詔諭中書省、樞密院、禦史台：“翰林院及諸南儒今為宰相、宣慰及各路達魯花赤佩虎符者，俱多繆濫”，下令減汰。第二年冬十月，忽必烈又下詔：“皇太子燕王參決朝政，凡中書省、樞密院、禦史台及百司之事，皆先啟後聞。”對於剛剛征服的江南，則下令“江南州郡兼用蒙古、回回人”。在一些權威機構，如中書省，漢人明顯減少，而蒙古人明顯增加，如至元十八年三月任命的中書左丞相阿速罕、參知政事也的迷失，八月任命的右丞忙兀帶等，都為蒙古人。至元十九年又先後任命美術丁為中書左丞、耶律鑄為中書左丞相，至元二十一年，任命安童為右丞相，至元二十三年，以甕吉剌為中書左丞相、薜闍幹為中書省平章政事。以後完澤、美術丁、不忽木、鐵哥、剌真等都曆任中書要職。就在忽必烈去世前兩個月，即至元三十年十一月，他再次任伯顏為平章政事，位居所有中書官之上。在禦史台，忽必烈下令“用漢人十六員，用蒙古人十六員”，甚至以前由漢人把持的國子監，其中的生員一百二十人，也是“蒙古、漢人各半”。經過此番調整，蒙古人逐漸滲透至從中央到地方的各個機構，並掌握了各方麵的大權。
對於漢人，忽必烈不再像以前那樣量才使用，除了在阿合馬死後任用盧世榮管理財政之外，其餘的漢人多位居於蒙古人之下。如在中書省，漢人隻能任左、右丞。劉國傑、陳嚴就曾任左丞，洪茶丘曾為右丞。同時，從忽必烈的談話中，也可以看出忽必烈對漢人態度的轉變，如至元二十二年六月，忽必烈對一向仇視漢人的安童說：“朕左右複無漢人，可否皆自朕決，汝當盡心善治百姓，無使重困致亂，以為朕羞。”又如，當集賢直學士程文海建議在禦史台按察司用南人時，忽必烈說：“汝漢人用事者，豈皆賢邪？”一語道出了他對漢人的不信任態度。對於其他民族的人才，忽必烈也不如前兩個階段時期那樣信賴，有史記載的其他少數民族人才，除了桑哥之外，複無他人。可見忽必烈在其統治後期，在官員任用方麵，已走上了蒙古化的道路。