李叛變之後，忽必烈在對待漢人官員的態度上，雖有一定的變化，但總的方麵，仍堅持了蒙漢官員並重的政策。在伐宋的過程中，由於客觀條件的要求，在重用漢官方麵，特別是在重用南宋降官方麵，是十分成功的。從呂文煥開始，以後的宋淮西製置使夏貴、朱煥、範文虎等等，都被忽必烈重用，成為滅宋的重要力量。而且一改過去對頑強抵抗的城市，一旦攻下，即縱軍大肆殺掠的政策，這對滅宋戰事的順利完成，都起了十分重要的作用。那麼忽必烈即位以後，在十四年的漫長歲月中，他始終不急於發動對南宋的決戰，甚至不同意一些要求滅宋的建議，而是經過了漫長的等待和準備，這是為什麼呢？這也反映了忽必烈的深思熟慮。
中國曆史上改朝換代的戰爭，一般是在幾年，甚至兩三年之內就完成了的。北宋時期，遼、西夏雖然與北宋是對立的政權，但西夏割據於甘寧，遠離北宋腹地，遼朝雖然地域廣闊，也隻是北部邊疆的邊患，均不具備與宋朝在中原爭奪統治全國的資格。南宋時，金朝雖氣勢洶洶，將宋朝皇帝趕過了淮河流域，構成了對南宋的威脅，但金朝所麵對的南宋，其勢力從總體上，仍超過了金朝，而且西夏在其西側，也給他以威脅，金朝統治者雖有奪取全國政權的意願，卻是可望而不可即，且不久即受到蒙古的打擊，並最終為蒙古所滅。而忽必烈時期的蒙古與南宋的態勢，與遼、西夏、金朝與宋的態勢，卻大不相同。忽必烈即位時，蒙古不僅據有了西亞、中亞、新疆、蒙古、西藏，統一了除江淮以南四川中部以東地區之外的廣大中原地區，而且蒙古人在江淮之間，也有很大的勢力。但是忽必烈在即位之後，並不急於對南宋發動大規模決戰，不急於統一全國，而是在與南宋不戰不和、時戰時停的狀態中，拖延了十四年之久，然後發動了大規模的決戰，並僅僅在一年多的時間，以摧枯拉朽之勢，消滅了南宋政權，實現了全國的統一。忽必烈即位後不能即時向南宋展開進攻，首先是因為阿裏不哥、海都以及李等的相繼叛亂，迫使他不得不首先全力對付內部的威脅和心腹之患。同時他也認識到，鞏固他的政權，首先是要得到中原廣大人民的認可，而中原地區所需要的，是恢複生產、發展經濟、健全各種製度、建立各種機構，使中原各地政治、經濟走上正軌，社會得到安定，有了這個基礎，才能有力量與南宋抗衡。忽必烈屢屢不敢貿然向南宋發動決戰的另一個潛在的重要因素，是民族關係問題。南宋政權，在當時的情況下，並不僅僅是一個一般的政權，實際上，從金朝到忽必烈建立蒙古政權，南宋政權始終是中國的正統，是漢族的代表，是漢族保衛家園，抗拒北方遊牧民族南侵的指揮中心，所以江南廣大群眾，首先是把南宋政權當做一個民族的象征來保護的。從金朝到蒙古時期，南方的民族意識得到空前加強，漢族的反抗也是十分激烈的。而且南宋政權的存在，對北方的漢族，有形無形也有很大的影響，對這一點的認識和了解，也是使忽必烈不敢輕易與南宋進行決戰的重要因素，也是他長期以來一直力主與南宋簽訂合約，而不大規模訴諸武力的重要原因。隻是在他所控製地區的經濟有了一定發展，社會比較安定以後，特別是在以呂文煥等為首的抗蒙英雄投降後，才將滅宋任務提了出來。而且他的伐宋詔書中特別宣告：“襄陽既降之後，冀宋悔禍，或起令圖，而乃執迷，罔有悛心，所以問罪之師，有不能記者。”直搗臨安的決策首先是由漢族官員提出來的，他在接受這一建議時，又反複征求了漢族諸大臣的意見，並且在戰爭過程，特別重用漢族大臣，特別優待投降的漢族將領。這一點，反映出忽必烈是一個很能掌握當時的民心、民意，善於處理民族關係的少數民族政治家。
二、建立元朝
1206年鐵木真在斡難河源被推為成吉思汗，當時所建立的政權稱作“也客·蒙古·兀魯思Yeke Mongghol Ulus”即大蒙古國，我們也可以稱之為蒙古汗國。這種汗國，實際上是自匈奴以來蒙古高原的遊牧民族，所建立的以單於（或可汗）為首領的遊牧草原貴族分封製政權的繼續，這類政權的特點，就在於它的鬆散性、遊移性，並保存有一定的軍事民主主義，機構簡單而適用。經過窩闊台、貴由、蒙哥，特別是在窩闊台時期，由於蒙古消滅了金朝，而且占據了南宋大片領土，勢力擴張至廣大農業和漢族地區。為了適應這種狀況，蒙古繼承和吸收了金朝和中原的統治機構和法律，以治理和統治廣大農業區。但從這種政權的總體看，仍是一種以草原遊牧貴族為主導的、軍事民主主義的汗國政權，它的總的趨向，還是想使廣大農業和漢族地區適應草原遊牧貴族的需要。1260年忽必烈即汗位於開平，標誌著以草原遊牧貴族為主導的軍事民主主義的分封製汗國政權，已經發生了某些實質性的轉變，而且從忽必烈所實行的政策看，這個政權正朝著由草原遊牧貴族汗國型，向封建地主中央集權帝國型轉變。在忽必烈即皇帝位的詔書中就指出：“朕惟祖宗肇造區宇，奄有四方，武功迭興，文治多缺，五十餘年於此矣。”這表明忽必烈已經認識到，過去的政權、法製已不適宜於當前的需要，所以他主張“祖述變通，正在今日”，並建元“中統”，“法春秋之正始，體大易之乾元”。實際上在忽必烈建元後，即按劉秉忠、張文謙、王磐等諸儒生的建議，設立朝綱、法製、官製，應該說，蒙古政權發展到這個時期，其政權由草原遊牧貴族軍事民主主義汗國型，向封建地主中央專製帝國型的轉變，已經實現了，但是，這個政權仍然保持了“蒙古國”的民族色彩。1271年，也就是忽必烈接受劉整等圍攻襄樊，為消滅南宋做最後準備的時刻，為了以更加正統的、全中國政權的麵目出現於南宋百姓麵前，接受劉秉忠、王磐、徒單公園等的建議，避免了國號中的蒙古字樣，減少了民族色彩，改國號為“大元”，以強化漢文化和正統地位的色彩。他在建國號詔書中稱：“誕膺景命，奄四海以宅的；必有美名，紹百王而紀統。肇從隆古，匪獨我家。且唐之為言蕩也，堯以之而著稱；虞之為言樂也，舜因之而作號。馴至禹興而湯造，百名夏大以殷中。世降以還，事殊非古。雖乘時而有國，不以義而製稱。為秦為漢者，著從初起之地名；曰隋曰唐者，因即所封之爵邑。是皆徇百姓見聞之狃習，要一時經製之權宜，概以至公，不無少貶。我太祖聖武皇帝，握乾符而起朔土，以神武而膺帝圖，四震天聲，大恢土宇，輿圖之廣，曆古所無。頃者，耆宿詣庭，奏章申請，謂既成於大業，宜早定於鴻名。在古製以當然，於朕心乎何有。可建國號曰大元，蓋取《易經》‘乾元’之義。茲大冶流形於庶品，孰名資始之功；予一人底寧於萬邦，尤切體仁之要。事從因革，道協天人。於戲！稱義而名，固匪為之溢美；孚休惟永，尚不負於投艱。嘉與敷天，興隆大號。”
這篇詔告集中反映了忽必烈圖整個中國之統一，以自己為中國正統法製繼承人的思想。詔書中暗含著對原來使用“蒙古”一詞的解釋，他認為原稱“蒙古”，就如“為秦為漢者，著從初起之地名，曰隋曰唐者，因即所封之爵邑。是皆徇百姓見聞之狃習，要一時經製之權宜”，並不完善。而“元”則取《易經》“乾元”之義，表示蒙古所建新朝至大無比，“奄四海以尊”，“紹百王而紀統”，自認是中國曆代王朝的正統繼承者。
忽必烈正式改大蒙古國號為元，這當然是漢族大臣們的策劃和建議，但同時也反映出了一個事實，即由成吉思汗開始建立的蒙古國，經窩闊台、貴由、蒙哥的統治，到忽必烈時，正式瓦解，忽必烈正式承認自己僅僅是元朝即中國的皇帝。這個過程實際上從貴由汗時就開始了，到蒙哥汗時，加快了這個步伐，而忽必烈從即汗位開始，原來的大蒙古國就處於瓦解狀態，改國號為大元，實際上就是承認了這個事實。
三、完善和創建各種管理製度
自鐵木真被立為汗之後，向西向南進行了大規模的擴張活動，蒙古國的官製為適應其發展，特別是適應向漢族中原地區的發展，逐漸由簡到繁，由單一到複雜，並吸收中原製度，最後使用繼承和發展了中原曆朝官製。
在忽必烈之前，蒙古國的行政官製的發展可分三個階段。初期階段是1206年鐵木真被立為汗時，為了適應當時草原貴族統治的需要，隻設各級劄魯花赤，即各級斷事官，掌握民事訴訟、刑獄，此外是各種各類的“怯薛”，即親信內臣分管各項事務。而軍事組織，則主要是草原遊牧部落傳統的兵民合一的千百戶製。實際上在成吉思汗後期，特別是在窩闊台即位後，官製發生了大的變化。滅金以後，為了適應新的情況，蒙古國的行政和軍事製度，也做了適當的調整，並且在原金朝統治地區和其他漢族地區，保持了金朝和漢族的州縣行政設施。大斷事官在窩闊台時，仍是中央主持政務的主官，“凡軍國機務，悉決於斷事官”。1234年，窩闊台命失吉忽為中州斷事官，“主治漢民”（《聖武親征錄》）。設治於燕京，“鑾輿尚在和寧，中原數十百州命係焉”馬祖常：《薩法禮碑銘》，《石田集》卷14……以後窩闊台又曾任命漢人劉敏行尚書省，與牙剌瓦赤同治漢民。（《元史》卷153《劉敏傳》。）1231年窩闊台采用漢官製，“始立中書省”，以耶律楚材為中書令，鎮海為左丞相，粘合重山為右丞相，但中書令卻仍然位於大斷事官之下，同時設立十路課稅所，“凡州郡宜令長吏專理民事，萬戶府總軍政，課稅所掌錢穀，各不相統攝”。（《元史》卷146《耶律楚材傳》。）
至蒙哥汗時，蒙古國官製的建設進入第三個階段，除蒙古本土外，在蒙古大汗統治下，分為三個大行政區，即燕京等地行尚書省，治中原漢地；別失八裏等處行尚書省，治畏兀兒至河中地區；阿姆河等處行尚書省，治阿姆河以西波斯等地。在中原地區，也即燕京等地行尚書省所轄地區，地方行政管理機構有路、道，而且各路遍置達魯花赤，以行監察。