阿裏不哥與忽必烈之間的鬥爭，是蒙古統治集團內部爭奪皇位的一場鬥爭，同時也是蒙古統治集團為爭奪皇位早已開展的你死我活的鬥爭的繼續。這場鬥爭還可以進一步概括為是草原遊牧貴族集團，與極力想擺脫草原遊牧貴族傳統，以適應農業文化的貴族集團之間的鬥爭，是一場力圖維護落後傳統與企圖改革創新者之間的鬥爭。
蒙哥汗時期，蒙哥汗對忽必烈是抱有很大期望的。他一即位，立即任命忽必烈管理漠南漢地之事，又令他征大理，並將關中劃為他的封地，最後又任他為攻鄂前線總指揮，使他逐漸掌握了大漠以南蒙古軍隊的指揮權及地方行政權，蒙哥的這一係列舉措，說明他認為忽必烈是統治和管理大漠以南廣大地區最合適的人選。漠北地區是蒙古統治集團的老營，是他們的根本之地，蒙哥在離開漠北親率大軍攻宋時，命阿裏不哥駐守哈剌和林，也是對阿裏不哥的信任，但，隻是信任而已。在蒙哥眼裏，阿裏不哥隻不過是一位愛弟，這裏表現不出蒙哥汗認為阿裏不哥是一位能繼承汗位的合適人選，而蒙哥也未曾給阿裏不哥以重要的軍事指揮權和政治處置權，隻是遵守讓幼子、幼弟據守老營的遊牧民族的成俗而已。因此蒙哥對忽必烈和阿裏不哥的態度和使用，已經為他們兩人鬥爭的勝負，創造了一定的條件和優劣的態勢。
這場鬥爭也反映出，蒙古貴族集團，已經有了很深刻的變化和分化。一部分在漠南地區長期活動的蒙古貴族，受漢地文化的影響，早從窩闊台時期起就認識到，可以馬上取天下，不可馬上治天下的道理，從生活習慣到思維方法，逐漸與中原漢族日益接近，特別是其中一部分有遠見的蒙古貴族，他們放眼於蒙古草原以外的世界，已經把漢地作為其統治的基地和立足點，他們認識到，要想鞏固對廣大中原地區的統治，必須改變蒙古貴族傳統的統治思想和辦法，依靠漢族知識分子和原遼金官員，吸納漢族統治經驗和製度，這是從窩闊台就開始的一種趨勢和潮流，堅持和推進這股潮流的蒙古貴族的代表和首領，就是忽必烈。另一部分長期生活於漠北的蒙古貴族，卻仍然堅持以蒙古草原為自己的立腳點和統治中心，依戀和保存著傳統的草原遊牧貴族的生活習氣、思維方式和統治方法，這部分貴族，可以叫做草原遊牧貴族集團，阿裏不哥就是他們的代表和首領。還有一部分蒙古貴族，他們在中亞、西亞、東歐各地已經建立了鞏固的統治地區，當然希望取得更大的自由和自主權，不希望有一個勢力強大的，控製和統治所有蒙古統治地區的中央集權的政權，因此分離的要求和趨勢日益明顯，他們也形成一個蒙古貴族集團，我們可稱他們為中亞貴族集團。
在蒙哥汗去世前，這三部分蒙古貴族集團，實際上已經形成，而且從蒙哥的所作所為看，他的思想、感情和措施，更傾向於以中原漢地作為他最主要的基地，因而也就傾向於那些有遠見的蒙古貴族，他把最器重的弟弟封於中原，他自己親臨中原，親自進行伐宋戰爭，都有力地說明了這一點。在蒙哥去世前，後兩部分貴族雖想搞垮以忽必烈為首的貴族集團，但在蒙哥調和與維持下，這種矛盾並未激化。在蒙哥汗去世後，這三部分蒙古貴族集團之間的鬥爭就明顯起來，阿裏不哥與忽必烈之間的鬥爭，正是這三個蒙古貴族集團之間的鬥爭，在當時的情況下，草原遊牧貴族集團和中亞貴族集團利益基本一致，中亞貴族集團在阿裏不哥與忽必烈的鬥爭中，站在阿裏不哥一邊，當然是合乎情理的。
這場鬥爭從形式上看，阿裏不哥集團聲勢浩大，控製地區廣闊，而且忽必烈腹背有南宋勢力的威脅，似乎比阿裏不哥貴族集團勢力要弱。但阿裏不哥集團內部派係紛雜，缺乏統一的思想和認識，再加蒙古兵大多南征西討，留在蒙古地區的兵力並不多，所以阿裏不哥本身並無多少兵力。在漠南地區他雖然控製一部分兵力，有幾個死黨，但實際上他們也都在忽必烈控製的範圍之內，很容易就為忽必烈所擊敗和消滅。
而忽必烈的情況則大不一樣，他在中原經營數年，已經有了很好的政治、經濟基礎，並得到蒙漢各階層人士的擁護。支持忽必烈的首先是投靠於蒙古國的漢族軍閥們，這是一支實力十分強大的力量；
第二是大部分在中原有重大利益，並隨同蒙哥和忽必烈鎮守中原、攻伐南宋的東部蒙古貴族和軍隊；
第三部分就是以漢族為主的高中級官吏和謀士集團。這些人的支持就保證了中原地區可以成為忽必烈反擊阿裏不哥的基地，即使在中原有些支持阿裏不哥的勢力，也很快遭到覆滅。忽必烈征大理、攻鄂州，直接控製數萬裝備優良、戰鬥經驗豐富的蒙漢各族軍隊，他有漢族謀士為之出謀獻計，他本人又能真心吸納豐富的統治經驗和方法，上下一心，統治集團團結一致等等。所有這些情況，都顯現出忽必烈的勢力實際比阿裏不哥強大許多。在這種勢力對比下，忽必烈的勝利就成為必然之勢。
雖然如此，這僅是從道理上說忽必烈可能勝、必然勝。但是要把這種可能、必然變成現實，還要忽必烈的主觀努力和客觀條件的允許。因此，忽必烈最終能戰勝阿裏不哥，也應該說是忽必烈主觀努力的結果，也是客觀環境為他提供了勝利的條件。對這一點，可以從三方麵加以分析。
一，忽必烈在戰爭前，在經濟上做了充分的準備。中原地區經過忽必烈的經營，生產已經初步得到恢複，比漠北的遊牧經濟本來就富有得多。但忽必烈為了戰勝阿裏不哥，還是做了充分的準備。中統元年（1260年）五月“命諸路市馬萬匹送開平府”。六月“詔燕京、西京、北京三路宣撫司運米十萬石，輸開平、撫州（今河北張北縣）、沙井、淨州（今內蒙古四子王旗西北）、魚兒濼（今內蒙古克什克騰旗西部達來諾爾），以備軍儲”，即在以開平為中心，及其東西兩翼儲備了大量軍糧。這為保證北伐，起了重要的作用。同時從中原各地急調軍隊到開平。六月“詔東平路萬戶嚴忠濟等發精兵一萬五千人赴開平”。這年冬天，“命給官錢，雇在京駝，運米萬石，輸行在所”。在這期間，又兩次命十路宣撫司以及燕京、北京、西京、真定、平陽、大名等地“造羊裘、皮帽、褲、靴以萬計，輸開平。”（以上均見《元史》卷4《世祖本紀》一。）在戰事進行期間，從中原向開平等地調撥軍需物資及派遣人力，始終未斷。而與此相反，阿裏不哥在漠北隻能依靠蒙哥時期運往和林和漠北其他地區的物資，自給力極弱，與忽必烈相比，“以眾則寡，以地則偏，兵食不足，素無人望”（郝經：《複與宋國丞相論本朝兵亂書》，載《郝文忠公陵川文集》卷38）……
二，忽必烈采取了一係列穩定內部、解除後顧之憂和分化瓦解敵人的政策。如在出征之前，他對擁有大量軍隊的漢族世侯史天澤、李多次提升重用，表彰賞賜，對諸王貴族如塔察兒、穆哥、白虎按隻帶、忽剌忽兒、合丹等，有的增加封邑，有的給以封賞，歲末仍然給諸王貴族以大量金銀、絲絹等物的賞賜，（《元史》卷4《世祖本紀》一。）團結了一大批諸王貴族，使忽必烈的地位更加穩定。對南宋也采取主動和好的政策，以翰林侍讀學士郝經為“國信使”，出使南宋，與南宋進行和平談判（《元史》卷4《世祖本紀》一。）解除了南顧之憂，騰出手來專門對付阿裏不哥。忽必烈軍隊攻下和林後，立即對城內居民進行了“慰撫”，並讓城內各貴族“按照舊例享有答剌罕權利”（《史集》第2卷，第303頁）……而阿裏不哥在軍事上抵不住忽必烈，敗後又妄殺被忽必烈派去繼承察合台汗國王位的諸王阿不失合哈薩兒。退守唐努山後，又派人向察合台汗國等地大征人畜糧械，盡失人心，包括他所任命的察合台汗王阿魯忽，後來也成為他的對手。1264年阿裏不哥逃到阿力麻裏後，仍然“肆無忌憚地無故殺害合適的軍民並淩辱他們，他的異密切便離開他”，“春天到來時，阿力麻裏發生了饑荒”（《史集》第2卷，第304頁）……阿裏不哥所執行的政策，使他眾叛親離，最終走向失敗。
第三，忽必烈在與阿裏不哥鬥爭中，充分發揮了他“素有人望”的優勢，《郝文忠公陵川文集·班師議》。廣泛采納和充分發揮了一批謀士、諸王的作用。廉希憲、趙良弼、商挺、汪良臣等一批各族大臣，為他剪除和打敗了川陝甘一帶的阿裏不哥的勢力，穩定了中原局勢。在向漠北和林等地進攻中，諸王合丹、拔綽、塔察兒以及博羅歡、史天澤等，率領各族軍隊奮勇作戰，很快擊破了阿裏不哥的軍隊。忽必烈親征阿裏不哥時，術赤台之後哈答與忽都忽向忽必烈要求：“今王師北征，臣等幸少壯，願如父祖，以力戰自效。”（《元史》卷120《術赤台傳》。）燕之大興人虎林赤主動出其家名馬以助忽必烈軍。《道園學古錄》卷17《宣政院使賈公神道碑》。淨州天山汪古部人月合乃，“出私財，市馬五百以助軍”（《元史》卷134《月合乃傳》）……耶律楚材之子耶律鑄，聽到阿裏不哥反，即“棄妻子，挺身自朔方來歸”（《元史》卷146《耶律楚材傳》）……這些都說明，忽必烈很得蒙漢貴族、士人的擁護。而“素無人望”的阿裏不哥，他所依賴的阿蘭答兒等均有勇無謀，不可依仗。阿裏不哥曾遣使召請真定人張楚，遭到拒絕，（《元史》卷67《張楚傳》。）反而效忠於忽必烈。阿裏不哥的“講讀”真定名士李盤也不願跟隨阿裏不哥反對忽必烈。（《元史》卷126《廉希憲傳》。）耶律鑄逃歸忽必烈時，其子耶律希亮被渾都海扣押，並裹脅至河西，渾都海等被殺，耶律希亮等流落於北庭、中亞四五年，始終不附從阿裏不哥，最終回到大都，得到忽必烈的召見和嘉獎。（《元史》卷180《耶律希亮傳》。）這都反映了兩者用人、待人等方麵的優劣，這也就決定了這場戰爭的勝負。
忽必烈與阿裏不哥的鬥爭，以忽必烈勝利和阿裏不哥的失敗而告終，就其直接的意義來說，使忽必烈鞏固了大汗的地位，使早已開始的蒙古貴族適應中原地區政治、經濟、文化的趨勢得以繼續，也阻止了守舊的蒙古貴族在中原繼續推行草原遊牧習俗和製度的災難。另一方麵，這場戰爭和內訌也大大推進了蒙古汗國的瓦解，促進了中亞、西亞、欽察草原蒙古貴族統治政治實體的形成，促進了以元朝為稱號的中國與其他蒙古貴族統治政治實體的分離。
從成吉思汗開始創建的大蒙古汗國，到窩闊台時達到它的鼎盛時期，也就是說，在這個時期，不僅大汗所控製的地區擴大了，而且政令統一，大汗在所有大蒙古國的領土上，有絕對的權力。到蒙哥汗時期，情況有了變化，由於旭烈兀的西征，大蒙古國的領土在西亞得到了擴大。但是，察合台、窩闊台兩係貴族所控製的一些地區，已經開始離心離德，出現了某種裂痕，但大汗仍擁有巨大的權力，各係貴族在各地雖有很大權力，仍要受到大汗的節製。忽必烈的繼位本身，已經不為西方大多數蒙古貴族所首肯，而阿裏不哥的武力反抗，更徹底撕破了蒙古貴族之間用宗法、血緣和成吉思汗劄撒所維係的聯係，形成了支持忽必烈與支持阿裏不哥的敵對的兩個政治集團，另外也形成了既不支持阿裏不哥，也不擁護忽必烈的第三種政治力量。這三股力量最終把大蒙古國撕開了一條難於彌合的大裂口。阿裏不哥雖然戰敗投降了，但忽必烈時期的大汗，實際上已經沒有窩闊台大汗的地位和權力，甚至沒有蒙哥大汗那樣的權力和地位。應該說忽必烈與阿裏不哥的內訌和戰爭，實際上是一件劃時代的事件，它結束了大蒙古國作為一個統一的政治實體的存在。它既是忽必烈實行適應中原和漢族文化、政治、經濟政策的結果，又為忽必烈適應中原和漢族文化、政治、經濟政策進一步的推行，創造了條件。
三、平定李之亂
在平定阿裏不哥的鬥爭中，中原地區掀起了一次威脅極大的叛亂活動，其為首者是李。
李是益都（今山東青州市）濰州人李全之養子。金宣宗貞（1214—1217年）、興定（1217—1221年）年間，乘山東大亂之際，李全等聚眾剽掠，拉起了一支隊伍，後又渡淮附於南宋，被授予京東副總管，稱所部為忠義軍，後累授遙領廣州觀察使、京東總管，以及招信軍節度使等官，駐紮於楚州山陽（今江蘇淮安一帶）。但李全此人匪性不改，打著南宋官員旗號，禍害百姓，欺淩同僚，又利用蒙古勢力，要挾南宋朝廷，擴大自己的勢力，實際上把持了山東、蘇北的廣大地區。李全的跋扈，早已引起南宋朝廷的不滿，隻是迫於當時形勢，隻能忍氣吞聲，容其所為。1226年（南宋理宗寶慶二年），蒙古大軍進攻益都，李全累戰不利，纓城自守，屢向南宋朝廷求救，南宋朝廷正欲利用蒙古力量翦弱李全勢力，故而不僅不派兵增援，反而派戰艦在淮河阻其南下歸路。至1227年四月，李全一怒之下，乃率軍舉山東州郡投降蒙古。當時蒙軍統帥孛魯，承製授其為山東、淮南、楚州行省事，開府益都，仍統帥其所部，可以專製山東，每年向蒙古貢奉金帛。至此，李全雖投降蒙古，實際獨霸山東，並依恃蒙古勢力，向南侵襲南宋江淮各地。1231年，李全在揚州戰敗，被南宋所殺，由其夫人楊妙真繼領行省事，但不久即死，李始承襲其父之職。李是一個更加有心計，更加有野心的軍閥，他一上台即開始以山東為後盾，擴充自己的勢力，坐觀蒙古與南宋的鬥爭。窩闊台、貴由汗時，曾多次征調其兵馬，他都巧言推托，保存自己的勢力。蒙哥汗伐蜀，曾令其派兵隨征，他親自去覲見蒙哥，以“益都當宋航海要津，分兵不便”為由，獲蒙哥允準，免其隨征之役，命其不斷騷擾南宋淮東，以配合征蜀之戰。李歸鎮所後，真的出兵南下，並奪取漣水（今江蘇漣水縣）四城，給南宋以很大威脅。忽必烈即位時，為了拉攏李，特任他為江淮大都督，發給他金符二十，銀符五，由他賞賜將士，並且幹脆命所有在山東的蒙古、漢軍皆聽其調遣和指揮。但忽必烈對李始終懷有戒心。