起訴和審判工作中運用比對推理，主要包括閱卷比對、訊問比對，以及依據刑事訴訟法第七十七條、一百零九條的規定進行勘驗比對，以查明證據的真偽和可靠程度，證據之間的辯證聯係。具體應用時應掌握以下四個環節：
（1）將認定的犯罪事實與證據材料相比對，看罪、證是否相符。如果罪、證相符，就起到了“識同”作用；如果罪、證不符，則起到“別異”作用。
（2）將被告人的供述、辯解和被害人的陳述、證人證言及卷內書證和隨卷物證相比對，看證據的可靠程度。在比對後，如果發現多方麵證據一致，就起到了“識同”的作用；如果發現有矛盾，有差異，則起到“別異”作用。
（3）將犯罪事實與結論相比對，看認定的犯罪性質、罪名是否正確。在比對之後，如果發現犯罪事實與定罪結論具有邏輯聯係，互相對應，這就起到“識同”作用；如果發現犯罪事實和定罪結論沒有邏輯關係（即推不出），或者不相對應（此罪錯定彼罪），那就起到“別異”作用。
（4）將犯罪事實與刑法的有關條款相比對，看是否應當受處罰以及有無免除處罰的條件。如果應受處罰，就起到了“識同”作用；如果確認不應受刑罰處罰，或者存在免除處罰的條件，那就起到了“別異”作用。
司法工作者正確運用比對推理，應該注意以下幾個問題：
（1）必須把認定對象的多項特征作為一個整體進行比對。
比對時既要將個別特征逐一比對，更應該將所有特征綜合成一個整體進行比對。不能隻見樹木，不見森林。這種整體比對，在犯罪對策學中稱為“特征總合”。比如人的身高、年齡、體形、膚色、衣著、步法等特征，從單獨一項或數項來看，具備同樣特點的對象範圍都比較廣。但綜合成整體後，其對象就特定化了。如前麵所述女孩高某失蹤一案就是一例。
（2）必須注意掌握認定對象的獨有特征。
這裏所說獨有特征，也就是特殊標記。它可以是對象所固有的，也可以是因某種外力因素形成的。如以人的特征來說，左撇子、豁嘴、拐腳等固有特征，或新近因某種原因形成的表皮裂口、斷指等。以這些特殊標記作為比對依據往往會更加有效。鎮江市郊曾發生一起強奸（未遂）案。現場勘查發現一截被咬斷的舌尖。受害人反映係咬傷罪犯後所留。於是偵查人員即以“新近被咬斷舌尖”這一特殊標記作為罪犯獨有特征，很快在一家醫院門診部將罪犯抓獲。
（3）必須注意區別“固定特征”和“可變特征”。
固定特征與可變特征的區別是相對而言的。一項特征在此場合下是固定的，在彼場合下卻是可變的。因而當存在個別特征不符的情況，有時仍然可以作出肯定的結論。在本章開始時所述某甲、某乙持殺豬刀殺人一案，某乙所持殺豬刀刀葉最寬處為3.5厘米，而死者腹部傷口隻有3.2厘米，經比對為什麼能夠認定同一？就是根據法醫學理論，受害人死亡後肌肉會有一定程度收縮的原因。這裏受害人的傷口就是一種可變特征。在本書第七章汰略思維法中提及的發生在南京市的殺人分屍一案，在查找被害人過程中曾走過一段彎路。被害人陳玉蘭失蹤前留兩條長辮，而死者是短發。由於發型特征不符而被否定。後來回頭再分析比對不合的這個特征，將死者頭發放在投影儀下觀察，才發現其截麵與新剪頭發截麵形狀完全相同，說明是被害後新剪的，從而確認死者是陳玉蘭。可見在該案中，陳的發型是可變特征。
所以，我們運用比對推理法所確定的同一，是一種有差別的同一，不是絕對的同一。