繼任“總統”嚴家淦馬上就組成了21名人員的“治喪委員會”，他們是：倪文亞、田炯錦、楊亮功、餘俊賢、張群、何應欽、陳立夫、王雲五、於斌、徐慶鍾、鄭彥茱、黃少穀、穀正綱、薛嶽、張寶樹、陳啟天、孫亞夫、林全生、沈昌煥、高魁元、賴名湯。與此同時，“行政院”宣布三件事：（1）自4月6日起，曆時一個月為“國喪”期，“國喪”期間停止娛樂、宴會及各項慶祝集會（後改為4月6日至17日）；（2）軍、公、教人員一律著素色服飾，並佩帶2.5寸寬黑紗；（3）蔣介石遺體停放國父紀念館五天，供民眾瞻仰憑吊。移靈前，蔣經國親自為其父親穿衣服，按照鄉例，給蔣介石穿上七條褲子、七件內衣，包括長袍馬褂。胸前佩大紅采玉勳章，左右佩國光勳章、青天白日勳章。蔣介石最喜歡讀的《三民主義》、《聖經》、《荒漠甘泉》和《唐詩》四部書也被宋美齡放在靈柩之中。移靈時，由蔣經國在蔣介石的遺體前一次又一次地“長跪致哀”。當時的“台灣省政府主席”謝東閩率各縣市長跪在蔣介石靈前泣悼。靈車用20萬朵深黃色的菊花裝飾，2000多人執紼，為蔣介石送行。在靈車前往慈湖的途中，國民黨當局組織數以萬計的民眾“迎靈”。靈車緩緩行進，到達慈湖“總統行館”，從此靈柩安厝於此。蔣介石在台灣病危之際，曾經吩咐日後希望“奉安於南京紫金山”，亦即安葬在南京孫中山墓附近。正因為這樣，他在台灣隻能“安厝”而已。安靈禮完成後，蔣經國對參加大殮的人員表示答謝說：“先君崩逝，野祭蒼哭，敬禮致哀，悲慟之深刻與虔誠之厚意，令人萬分感動。經國遽遭大故，哀慟逾恒，無法踵謝。惟有奉行遺命，鞠躬盡瘁，以報答我國同胞至誠之厚望。”
事先，3月29日，蔣介石寫了一份《遺囑》。他說：
自餘束發以來，即追隨總理革命，無時不以耶穌基督與總理信徒自居，無日不為掃除三民主義之障礙，建設民主憲政之國家，艱苦奮鬥。近二十餘年來，自由基地，日益精實壯大，並不斷對大陸共產邪惡，展開政治作戰，反共複國大業，方期日新月盛，全國軍民，全黨同誌，絕不可困餘之不起，而憂思喪誌！務望一致精誠團結，服膺本黨與政府領導，奉主義為無形之總理，以複國為共同之目標。而正中之精神，自必與我同誌同胞，長相左右。實踐三民主義，光複大陸國土，複興民族文化，堅守民主陣容，為餘畢生之誌事，實亦即海外軍民同胞一致的革命職誌與戰鬥決心。惟願愈益堅此百忍，奮勵自強，非達成國民革命之責任，決不中止！
矢勵矢勇，毋怠勿忽。
關於“遺囑”一事，據另外史料，從蔣介石醫療報告中得知，1975年4月5日當晚，蔣介石是在睡夢中心髒停止跳動的，因而最後臨終之際，並未留下任何口頭遺言，逝前也沒有命令文書侍從（如秦孝儀）記下任何書麵遺囑。秦孝儀奉宋美齡急召趕到士林官邸時，是在4月6日淩晨，蔣介石已逝世近三個小時了。秦孝儀當時奉宋美齡之命，連夜趕寫了一份遺囑，純係台麵上官方版“政治遺囑”，不是真正的遺囑，更不是蔣介石留給親人的“家事遺囑”。秦孝儀4月6日淩晨起即不眠不休，連夜撰寫這份“政治遺囑”。初稿寫就後，送交宋美齡過目，宋美齡特意交代秦孝儀，應再加上一句話，強調先生是信基督教的。
所以，蔣介石的“政治遺囑”開頭即言：“自餘束發以來，即追隨總理革命，無時不以耶穌基督與總理信徒自居……”
這份蔣介石死後才“補寫”的遺囑，備受時人爭議的有幾個問題：遺囑明明是4月6日清晨撰寫的，末尾卻寫成“中華民國六十四年三月二十九日秦孝儀承命受記”，尤其最後那句“秦孝儀承命受記”，被視為畫蛇添足之作，因為秦孝儀抵達士林官邸已是蔣死去近三個小時以後的事了。1975年10月31日，在蔣經國下令編輯的一部紀念文集中，蔣介石這份“政治遺囑”的“秦孝儀承命受記”及首長簽名字樣，全部不見了，但“耶穌基督”四字仍然留存在內，遺囑日期依舊是“中華民國六十四年三月二十九日”。至於蔣介石的“家事遺囑”，應該早在其晚年時期，在蔣氏父子及蔣宋夫妻之間，日常生活點點滴滴的過程裏，已進行了完整的交代。有人認為，真正算得上蔣介石親自授權的遺囑，還是1972年7月他的右手肌肉萎縮之前，在“中興賓館”昏迷蘇醒以後掙紮著寫下的一幅毛筆字——“以國家興亡為己任，置個人死生於度外”。