（3）戰爭賠款問題。還在田中訪華前，中方已向日方正式轉告，為了中日兩國人民的友誼，中國準備放棄對日本國的戰爭賠償要求，並建議將此寫入雙方聯合聲明。
不料，在26日上午舉行的兩國外長會談中，日方的高島益郎用了一個多小時的時間，敘述了日方對複交三原則所持的立場。他堅持認為：根據《日台條約》，日本與中國的戰爭已宣布結束。姬鵬飛外長對此強壓怒火，保持了沉默。
在這天下午的第二次首腦會談中，周恩來就此事向田中和大平表明態度：“我們非常欣賞田中首相和大平外相所說的這樣一句話，恢複日中邦交應從政治上解決，而不要從法律條文上去解決。從政治上解決，比較容易解決問題，而且可以照顧雙方；如果隻從條文上去解釋，有時很難說通，甚至發生對立。”接著，他批駁了高島的說法，指出：“當時蔣介石已逃到台灣，他是在締結舊金山和約後才簽訂《日台條約》，表示所謂放棄賠償要求的。那時他已不能代表全中國，是慷他人之慨。遭受戰爭損失的主要是在大陸上。我們是從兩國人民的友好關係出發，不想使日本人民因賠償負擔而受苦，所以放棄了賠償的要求。”他還說：“毛主席主張不要日本人民負擔賠款，我向日本朋友傳達，而你們的條約局長高島先生反過來不領情，說蔣介石已說過不要賠款，這個話是對我們的侮辱，我們絕對不能接受。我們經過50年革命，蔣介石早已被中國人民所推翻。高島先生的說法不符合你們兩位的精神。”[70]據日本方麵的記載，周恩來在氣憤之下當麵痛斥高島是“法匪”。
在隨後很晚才開始的午餐中，日本代表團成員食欲全無。大平和高島悶頭飲水，一言不發。田中給大平打氣說：“失敗了又會怎樣，至多還是原來的樣子。談不成就談不成好了。就這樣回去唄。責任由我來負。”
27日夜晚，大平向外長會議提交了日方準備的第三個方案。姬外長把大平慢慢解釋的方案全文逐條記錄下來，由傳達人員一張一張傳送到在鄰室的周恩來那裏。淩晨3點鍾，傳達人員從周恩來處取回記錄，姬外長看了一眼，然後平靜地說“這樣可以”，遂同意了日方的方案。天亮後，再次舉行首腦會談，周恩來當眾宣布說：“就這樣辦了。”至此，田中心中的一塊石頭總算落地。他自豪地說，雖然自己不擅長於外交，但外行的“決斷和實行”，也能在幸運的條件下獲得費勁也難以獲得的成果。
9月29日，《中華人民共和國政府和日本國政府聯合聲明》簽字儀式在人民大會堂隆重舉行。周恩來總理、姬鵬飛外長和田中首相、大平外相分別代表本國政府在聲明文本上簽字。《聯合聲明》說：“自本聲明公布之日起，中華人民共和國和日本國之間迄今為止的不正常狀態宣告結束。日本國政府承認中華人民共和國政府是中國的唯一合法政府。中華人民共和國政府和日本國政府決定自1972年9月29日起建立外交關係。日本方麵痛感日本國過去由於戰爭給中國人民造成的重大損失的責任，表示深刻的反省。中華人民共和國政府宣布：為了中日兩國人民的友好，放棄對日本國的戰爭賠償要求。”[71]簽字儀式後，大平外相舉行中外記者招待會，宣布：作為日中邦交正常化的結果，《日台條約》已失去了存在的意義，可以認為該條約已經完結，駐台灣的原日本“大使館”處理善後事宜後將予關閉。
蔣介石對於日本政府與中華人民共和國建交，憤怒之情無以言表。當日，他發布《告全國軍民同胞書》，說：
今日日本田中政府公然不顧道義法理，不顧國際與其國內有識之士的反對，和“共匪”這個戰爭販子搞不正常的外交關係，它不是不知道，“共匪”就是利用一切外來的迷幻，以緩和它內部嚴重的危機，但是由於短視近利的關係，卻硬把非法說成合法，把反常說成正常。像今天日本這種開門揖盜的外交，這樣飲鴆止渴的貿易，自然隻有愈來愈不正常，也隻有愈來愈帶給日本政府與人民以“更大更深”、“摻沙子”、“甩石頭”、“挖牆角”的危險。[72]
但，不管蔣介石是如何憤懣不平，如何巧言令色，他所創導的“亞洲反共體係”終究還是無可挽回地崩潰、瓦解，一去不複返了。