1966年，高雄加工工業出口區正式成立，但台灣當局又說財政困難，無錢可撥。好在山姆大叔出於對自身利益的考慮，對蔣氏父子的經濟革新還是相當關照的。從1965年7月至1968年6月間，“‘中美’經濟文化發展基金”以贈款形式支付了高雄加工工業出口區的一切日常開支，並援建了管理處辦公大樓、警衛宿舍。以後，這個機構又以年息6厘的低息貸款，幫助高雄加工出口區建起了各類公共設施及倉庫。
經過努力，建成後的高雄加工工業出口區占地66.3038公頃，其中部為行政區，北側為標準廠房區，南側為自建廠房區。行政局內有管理處、海關、銀行、郵局、稅捐稽征所、加油站、倉儲運輸、衛生保健、供應等管理服務單位，麵積約占全區1.1%。標準廠房區自1965年11月起，分五期興建，至1969年11月全部完工。全部廠房共計21幢，分甲、乙兩種，約占總麵積26%。自建廠房區，供投資者承租，自行興建廠房，約占總麵積的52%。台灣當局為加工區訂立經濟指標：建立120家以上工廠，吸引1800萬美元投資，達到每年7200萬美元的外銷總值，創造15000個就業機會。為嚴防走私，加工出口區周圍特設有2.5米高的圍牆，上加約1米的刺絲網，四周有瞭望台十座。全區僅在行政區範圍內設立一個車輛入口處，以便稽查管理。
有了高雄加工工業出口區這個樣板，台灣當局又選址另增新區。因為考慮到加工出口的都是輕工業產品，所需原料和成品噸位有限，一般都利用空運的方式出貨，所以選址也就不再拘泥於靠近港口的地區。基於以上認識，台灣當局決定在距高雄15公裏的楠梓興建第二個加工出口區。楠梓加工出口區從1969年1月開始動工，1971年4月建成，總麵積90公頃。經費來源也仍靠“‘中美’經濟文化發展基金”布施解決。
與此同時，台灣當局考慮到工業發展的地區平衡，又在台中建立了一處加工出口區。台中加工工業出口區位於潭子鄉，距台中市9公裏，離台中港30公裏，縱貫鐵路、公路旁區而過。全區占地23.5公頃，是三個加工出口區中最小的一個，當然，耗資也是最小的一個。
總而言之，設立加工出口區，是台灣當局發展經濟的大手筆，目的是為了依靠這些“工業飛地”擴大對外貿易，引進先進技術，增加就業機會，盡快確立起外向型的經濟結構。為了加強管理，台灣當局在楠梓、台中加工出口區建成之後就撤銷了“高雄加工出口區管理處”，成立了“經濟部加工出口區管理處”。
當然，除了建立加工出口區外，台灣當局也采取了其他一係列措施促進工業發展：（1）減少稅收、獎勵投資。1960年，台灣當局頒布了《獎勵投資條例規定》，將贏利企業所得稅的最高稅率從31.5%減到18%。1965年，台灣當局又對《獎勵投資條例規定》進行修訂，對合乎獎勵標準的生產企業，減征10%的所得稅。（2）增加對民營企業的貸款。自60年代以來，台灣當局一直采取措施扶持私人企業。提供給私人企業貸款的比重從1960年的47%增至1970年的77.6%，1975年更是高達78%。（3）實行外銷低利貸款。1957年，台灣銀行接受“貿易局”的委托，製定了外銷低利貸款辦法，以比一般銀行貸款利息低10.44%的低息貸款作為對出口商的獎勵。60年代中期以後，台灣當局繼續了這一做法，貸款額度有了很大的提高。（4）頒布《工業輔導法則》，以避免盲目重複投資建設。
應該說，這些措施對台灣經濟的發展起了良好的作用。
隨著工業的迅速發展，台灣農業就顯得有些力不從心了。它不僅不能為工業的發展提供可靠的原料和市場保障，甚至其自身的發展都麵臨著緩滯的危險。1969年，台灣當局出台《新農業政策綱領》，並成立“中央策劃小組”，以“經濟部長”為召集人，“財政部長”、“中央銀行總裁”、“行政院主計長”、“農複會主任委員”和“台灣省主席”為委員，監督農業新政策的實施。這個農業新政策包括擴大農場經營規模以推行農業機械化、充裕農業生產資料以穩定農產品價格、加強農民組織以優化服務職能、開發農產品加工以拓展國際貿易、革新農產運銷製度以降低生產成本、革新農業金融製度以充裕長期低利資金、采用先進技術以提高生產效率等數項內容。[43]