轉基因禽畜主要品種有：牛、羊、兔、家禽等，轉基因水生物有：鯉、鯽、羅非魚、泥鰍、金魚、虹鱒等。
轉基因動物具有生產性能提高，對病害的抵抗力增強，在飼養過程中減少甚至杜絕抗生素、違禁藥物使用，使食用肉質量得到改善等優點。
（3）轉基因微生物食品轉基因微生物食品是指由轉基因微生物產生的食物，或利用轉基因微生物為原（輔）料生產加工的食品或食品添加劑，或以轉基因微生物為肥料、飼料、農藥生產的植物、動物所產生的食品。
目前主要轉基因微生物品種有：基因改造的食用菌和食品工程菌、固氮微生物、防病殺蟲微生物等。
（二）轉基因食品的安全性
1.轉基因食品安全性問題的由來
轉基因食品自誕生之日起，其安全性問題就成為了人們關注和爭論的焦點。直至今日，相關問題的討論還在延續。
1998年英國的普茲泰教授發表文章，稱用轉基因馬鈴薯喂養幼鼠可引起其內髒和免疫係統受損。盡管隨後英國皇家學會宣布該研究“充滿漏洞”，所得的結論不科學，但是這一研究結果在英國乃至全世界引發了關於轉基因食品安全性大討論，並在人們的心頭蒙上了一層陰影。1999年美國的約翰·羅西教授在英國權威科學雜誌Nature上刊登了一篇論文，指出斑蝶幼蟲在食用了撒有轉Bt基因玉米花粉的馬利筋草後，死亡率高達44%。雖然這一結論被一些科學家質疑，但同樣帶來了“轉基因植物對生態環境是否安全”的爭論。並且英國的研究人員後來在實驗室中證實：小白鼠在食用轉基因土豆後10d，其腎、脾等器官出現了損傷，這就更加深了人們的恐懼心理。轉基因食品究竟會帶來什麼樣的後果、是否安全成為擺在科學家麵前一個嚴峻的問題。
2.轉基因食品安全性評價的主要問題
轉基因食品裏加入的新基因對人體健康是否安全，即食品和食品成分本身的安全性成為人們最為關注的問題之一。在對轉基因食品進行安全性評價時主要有以下幾方麵的問題。
（1）過敏性在自然條件下存在著許多過敏源，食物過敏是一個由來已久的衛生問題。食物過敏是指對食物中存在的抗原分子的不良免疫介導反應。據報道，1996年有人食用過轉巴西豆基因的大豆後出現過敏反應。一般在下列情況下轉基因食品可能產生過敏性：如所轉基因編碼已知的過敏蛋白；基因源含過敏蛋白；轉入蛋白與已知過敏蛋白的氨基酸序列在免疫學上有明顯的同源性；轉入蛋白屬某類蛋白的成員，而該類蛋白家族中的有些成員是過敏蛋白。
目前，已有一係列方法分析食品的潛在過敏性，同時可通過建立可靠的動物模型來分析轉基因生物的過敏性。
（2）毒性物質轉基因食品所導入的外源基因本身或外源基因所表達的蛋白是否有致毒性是轉基因食品安全性評價的問題之一。從理論上講，任何外源基因的轉入都可能導致遺傳工程體產生不可預知的或意外的變化，包括多向效應。因此，必須確保轉入的外源基因或基因產物對人畜無害。
對於轉基因食品，首先應判斷其與現有食品有無實質等同性，對關鍵營養素、毒素和其他成分進行比較。若發現受體生物有潛在的毒性，就應檢測其毒素成分有無變化，插入基因是否導致了毒素含量的變化或產生了新毒素。目前常使用的檢測方法有mRNA分析、基因毒性及細胞毒性分析。當生理生化分析方法不能解決基因修飾帶來的安全問題時，可使用動物飼喂實驗等方法進行進一步的安全性評估。
（3）抗生素抗性標記基因安全性抗生素抗性標記基因在遺傳轉化技術中是必不可少的。標記基因通常是一類抗生素基因，它用於基因工程操作中對轉基因外植體的最初選擇。因為抗生素常用於某些疾病的治療，因此標記基因安全性評價也是轉基因食品安全性的一個重要問題。
對於這一問題的考慮主要基於轉基因植物中的標記基因是否會在腸道中水平轉移至微生物，從而影響抗生素的治療效果，即人體對抗生素產生抗藥性。雖然這種基因水平轉移可能性很小，但在評估任何潛在健康問題時，都應考慮人體或動物抗生素的使用及胃腸道微生物對抗生素產生的抗性。
除上述轉基因食品帶來的食品安全性問題以外，轉基因作物中的新基因是否會給食物鏈其他環節造成不良後果，以及轉基因生物的生存競爭性是否會對自然界生物多樣性產生影響，即環境安全性也是人們擔憂的重點。例如，轉基因植物的種植，以及基因動物的構建成功和引入能否幹擾自然生態係統原有的種群結構動態平衡和演替過程；是否會破壞自然生態環境的生物多樣性和遺傳穩定性等。
3.轉基因食品評價的原則——實質等同性原則
實質等同性原則是聯合國經濟合作發展組織（OECD）於1993年提出的轉基因食品分析原則。現已成為國際上進行轉基因食品安全性評價的一個通用模式，也是評價食品安全性最有效的途徑。
實質等同性的定義是：通過轉基因食品與目前市場上銷售的相應原食品進行比較，發現兩者在性狀、成分及含量等方麵的異同，以確定轉基因食品及成分是否與相應的原食品具有實質等同性，為轉基因食品的管理和使用提供相應的模式和方案。簡單地說，轉基因食品如果與目前市場上銷售的某一食品或成分在實質上相同，那麼就食品安全性而言，二者可以等同處理。
實質等同性比較的主要內容包括：農藝性狀、營養成分及抗營養因子、天然毒性成分、致敏原、致病性等。
實質等同性原則可將轉基因食品分為完全等同或基本等同、部分等同或主要等同以及不等同三大類。
（三）轉基因食品的檢測
1.轉基因食品的樣品檢測目的與類型
轉基因食品樣品檢測的目的在於，通過樣品的檢驗，鑒定樣品的轉基因食品特性，判定檢驗樣品是否為轉基因食品及是何種類型的轉基因食品；檢測樣品中任何可能引起危害的內源成分及含量，確定其危害性，並為轉基因食品的食用安全性評價提供依據；分析樣品的衛生質量、營養質量和保健功能，為轉基因食品的衛生學評價和營養評價提供依據。
轉基因食品的樣品檢驗類型按樣品檢驗作用分為：轉基因食品特性檢驗、毒害成分檢驗、營養質量檢驗、功效成分及保健功能檢驗以及衛生質量檢驗等。
2.轉基因食品的檢驗方法
轉基因食品的檢驗方法應優先選用現行的國際組織推薦的或國家標準規定的方法。如FAO、WHO、國際法典委員會（CAC）等國際組織推薦的方法，以及我國強製標準（GB）及推薦標準（GBn）規定的相關方法。
例如，在轉基因食品特性檢驗方麵，目前現有的檢驗技術和方法有：蛋白檢測方法，包括免疫測定法、蛋白印跡法；DNA檢測方法包括PCR檢測技術、基因芯片技術；此外，還有表達產物生物活性檢測方法和細胞特性檢驗方法。