六月初五日戊戌，大學士錢肅樂以憂卒。
十月，以工部尚書沈宸荃、右副都禦史劉沂春兼東閣大學士。
四年已醜正月辛酉（小腆紀年作庚申）朔，王次沙埕。監察禦史黃宗羲自剡中至，拜為左僉都禦史，尋進左副都禦史。
三月，寧德陷。黃斌卿遣其弟孝卿偕僉都禦史馮京第乞師日本，不得要領而還。
四月，福安陷，大學士劉中藻及其部將董世南（小腆紀年作世上）等並死之；兵科給事中（原作翰林院簡討，據第六卷本傳正）錢肅範被執不屈，見殺。
六月，定西侯張名振複健跳所。
七月壬戌，王次健跳所。遣使者拜山寨諸營官爵，授東山寨李長祥、四明寨王翊並都察院右僉都禦史（按小腆紀年，時授翊河南道禦史，十月來朝，擢是職）。
壬午，北兵圍健跳，蕩胡伯阮進追敗之。封平西將軍王朝先平西伯，以右僉都禦史馮京第為兵部右侍郎。
八月壬辰，世子生。
九月丁酉，張名振、阮進、王朝先共殺黃斌卿。
十月己巳（小腆紀年作乙巳。按曆法是月無己巳日），王移蹕舟山，以參將府為行在。大學士劉沂春還閩。以閩中原任戶工二部尚書張肯堂為東閣大學士、吏部右侍郎朱永佑為左侍郎（按小腆紀年，時進工部尚書仍兼吏部事，第十卷本傳同），進戶部侍郎孫延齡為戶部尚書，以右僉都禦史李長祥、張煌言並為兵部左侍郎（按紀年，煌言為右侍郎，第十三卷本傳同）。命兵部右侍郎馮京第、左副都禦史黃宗羲乞師日本，不得要領而還（按小腆紀年，是年十一月乞師日本，以澄波將軍阮美為使，不著京第、宗羲名）。
十二月，粵中遣使封鄭成功為延平王，閩海始用永曆年號。左副都禦史黃宗羲以母老乞歸，許之。
五年庚寅正月乙卯朔，王在舟山。
三月，右僉都禦史四明寨王翊來朝，拜兵部左侍郎（小腆紀年作右侍郎，第九卷本傳同）。
八月，兵部左侍郎王翊帥師破新昌，拔虎山，進本部尚書（小腆紀年止稱侍郎，未嚐進尚書）。
九月，鄭彩與鄭成功爭廈門，為成功所敗，泊沙埕，張名振擊破其餘兵（按小腆紀年，爭廈門在八月，沙埕之破在周瑞、周鶴芝分屯三盤後）。以兵科給事中徐孚遠為國子監祭酒（按小腆紀年，於己醜十月擢左僉都禦史，未嚐轉是職）。周瑞、周鶴芝以樓船三百分屯溫州之三盤，為舟山犄角。
十月辛已朔，日有食之。
十一月，北兵攻杜嶴，兵部右侍郎馮京第死之（小腆紀年作九月事）。
六年辛卯正月己卯朔，王在舟山。
二月（小腆紀年作閏二月）乙卯，張名振殺王朝先，並其軍。以太仆寺少卿曹從龍為兵部右侍郎。
七月，北兵攻四明寨，兵部尚書王翊死之（按小腆紀年，是月被執，八月至定海死之；第九卷本傳同）。北兵會攻行朝，定西侯張名振、英義伯阮駿扈王發舟山。
八月辛酉，北人試舟海口，為南師所敗；獲其樓船，馘十一人而縱之。
丙寅，大霧，北兵悉抵螺頭門，守陴者方覺；蕩胡伯阮進邀大洋，風反師熸，進死之。
九月丙子，城陷，元妃陳氏投井死，貴嬪（小腆紀年稱宮娥）張氏、義陽王妃杜氏從之。大學士張肯堂、禮部尚書吳鍾巒、兵部尚書李向中、工部尚書（原作吏部侍郎，茲據第十卷本傳正）朱永佑、通政司參議（紀年稱通政使）鄭遵儉、兵科給事中董誌寧、兵部侍郎中朱養時、戶部主事林瑛、江用楫（紀年瑛為吏部）、禮部主事董玄、兵部主事李（航海遺聞作楊）開國、朱萬年、顧珍、工部主事顧宗堯、工部所正戴仲明、禮部主事（原作中書舍人，勝朝殉節諸臣錄同；茲據第十卷本傳正）蘇兆人、安洋將軍劉世勳、左都督張名揚、錦衣衛指揮王朝相、內官監太監劉朝（南疆繹史作潮）、定西侯參謀顧明楫、貢生婁文煥、諸生林世英、朱錫齡等並死之。北兵相謂曰：「吾兵南下，所不易拔者，江陰、涇縣合舟山而三耳」！