比爾與美琳達也心知肚明——幾乎美國所有的軟件公司都會站在微軟的對立麵，即使政府的一些工作人員也對微軟不抱有好感。隻不過微軟的強大，讓他們感到束手無策。從微軟大大小小的案件中，比爾認識了不少司法部的官員，還有一些地方法院的人，他們無一例外地都主張微軟掏腰包解決問題。
這裏有很多例子，如上世紀90年代，“微軟壟斷案”便是人們聽到的關於微軟最多的案件，聯邦政府甚至有過拆分微軟的企圖，或是期望微軟拱手將大量的市場讓出來，這些無疑會讓微軟損失巨額財產。那時比爾對妻子說：
“美琳達，我們寧願將錢捐給需要它的人，或是一些醫療機構，也決不會用來消災，何況他們沒有理由指責我們。”
的確，微軟與司法部積怨很深。比爾雖然經常會被競爭對手和司法部抨擊與反對，但是微軟還是與瑞士的艾波比公司並列為世界上最受尊敬的企業第二名，通用公司則贏得第一名。麵對鐵的事實，比爾驕傲地把腰拔挺得更直了。
對於比爾與他的微軟來說，1997年到1998年的冬天，是被圍攻的寒冬。微軟的競爭對手聘請的遊說人士掀起了一場反微軟的狂潮，早在1993年針對微軟展開的反托拉斯調查也加快了腳步，微軟的一舉一動都倍受司法部的關注。也正是由於司法部的反對，1995年微軟曾放棄過以210萬美元的代價收購軟件製造商直覺公司。後來，司法部又調查了微軟在蘋果電腦公司那筆1.5億美元的投資。
除此之外，司法部於1996年再次把微軟拉上了法庭，他們聲稱微軟有意扭曲、曲解他們曾在1995年下達過的指令。那時，微軟提供電腦製造商獨立的Windows95操作係統，在這套操作係統中附帶微軟的網頁瀏覽軟件——因特網探險家。
司法部對此感到非常不滿，他們認為微軟在肆意扭曲他們的意圖，於是希望在法庭上向比爾討個說法。有來無往並不是比爾一貫的作風，這一年，比爾與美琳達又一次攜手走進了法庭。
司法部的一位律師喬爾·柯萊恩甚至稱：
“微軟有想推翻法院的指令，以及訴訟策略的赤裸企圖，這公然冒犯了法院的權威。”
還有一些法院人士認為：
“微軟已經從捆綁產品出售，演變成捆綁經銷商的雙手。微軟越是繼續這種行為，消費者權益越是受到損害。”
比爾氣憤地說，政府對微軟的嚴密調查，簡直是一場“政治迫害”。政府官僚、新聞媒體、評論家，紛紛表示對比爾的這種說法難以接受。評論家拉斯·麥爾茨說：
“共和黨員一直宣稱，珍妮特·裏諾（美國司法部長）不敢挑戰一位世界上最有權勢的人，現在很清楚，這一位好像指的是比爾·蓋茨，而不是比爾·克林頓。”
不論是媒體報導，還是人們街頭巷尾傳出來的故事，隻要提及一些公司如何在微軟手中吃虧，便會認定是微軟做了見不得人的事情。這是一個商業社會，比爾他們做的隻是讓自己在競爭中生存下來，所采取的方法、手段都是合乎法律的，根本不存在欺詐與豪奪的成分。可是許多人還是對微軟持不公正態度，不光是國內，甚至在海外微軟也會連遭炮轟。日本主管當局尾隨美國司法部之後，於1997年對微軟展開調查，歐盟的反托拉斯當局也及時跟進。
比爾的一些朋友有時勸比爾：
“即使遵從法院的旨意，微軟也不會失去什麼。”
《商業周刊》軟件編輯埃米·科爾特斯寫道：
“擁有微軟那種技術的公司，應該能製作出堪稱世界上最一流的Windows版本——一種附帶因特網探險家，一種不附帶。”
如果這樣的話，相信大多數廠家會選用附帶因特網探險家的那種。但這不應該是微軟的罪過，而應是微軟的功績。但考慮到利害關係，他建議比爾說：
“政府目前要求的，隻是讓個人電腦製造商與消費者都有所選擇，所以，還是讓市場來做決定，為你自己免去一大堆麻煩吧！”
比爾並不是人們想像中的那種不可一世的人，他非常理智地看待所有與政府間發生的事情：
“當自己的政府控告你的時候，那不是一種愉快的體驗，我不會坐在那兒說：‘哈，哈，我會為我的為所欲為而高興。’我心裏想的是，這是我碰到過的最糟糕的事情！當然，對這些事，我很失望，也很氣憤，但我忘不了謙虛、忘不了禮貌。”
後來，微軟遵從了法官的命令，在銷售Windows95操作係統時，不要求經銷商搭售微軟的網絡瀏覽軟件。曾參與過微軟與聯邦政府一件訴訟案的舊金山律師山姆·米勒認為：比爾終於明白，在微軟設法回複法院命令的方式上犯了一個很大的策略性與公共關係上的錯誤。在那不久，微軟公關部經理狄恩·卡茲也認為，並不是微軟“終於服從”法官的命令，隻不過，微軟與司法部在這一點上有不同的看法，但是雙方都希望統一觀點，於是與司法部達成了臨時協議。