先是，日本有船在台灣遭風破壞，土人救出難民，官為護送，交回上海領事。是月初三日，忽有日本船一號來後山沿海地，備載糖、酒、嗶吱諸物，雲欲與生番聯和，立馬頭通市。續有劉穆齋等雇墨西哥國人啤嚕之船，亦來後山岐萊，至花蓮港觸礁船破。時有加禮宛及七交川等五社生番助之拖曳，船人因以濕物分給各番，且求寄住番莊。嗣有成富清風及啤嚕經頭圍，語縣丞鄒祖壽，雲：此次失去洋銀千餘圓，意藉向生番尋釁。至是，突以兵船三路進攻番社，一由風港、一由石門、一由四重溪，路各五、六百人。生番紛紛逃竄，牡丹、高士佛、加芝來、竹仔各社鹹被焚，又聲言進攻龜仔舟社。其時尚有兵輪泊廈門。於是台灣戒嚴。
命船政大臣沈葆楨渡台灣設防。
台灣報至，總理衙門王大臣請派大員查看情形；上以李鶴年事繁，命沈葆楨領輪船，聲言巡閱台灣，相機籌辦。葆楨遂密奏：『日本越境稱兵，此其意有所圖，尚何待問。即示以撻伐之威，並不得謂釁開自我。惟近來議洋務者，非一意畏葸苟安目前、不恤貽患將來，則專務高談，義憤快心，不妨孤注一擲，於國家深遠之計，均何當焉！臣夙夜思維，謹以管見所及，為皇上陳之。一曰：聯外交。倭人狡譎非常，其稱兵也，西人曾斥其非。我將情形照會各國領事，請其公評曲直；如其怵於公論，斂兵而退，上也。否亦展轉時日，我得集備設防；其鬼蜮端倪，亦可隨時探悉。一曰：儲利器。日本之敢於鴟張者，恃美國暗中資助。又有鐵甲船二號雖非完璧，而以推尋常輪船，則綽綽有餘；彼有而我無之，水師氣為之奪，則兩號鐵甲船不容不購。他如洋煤、洋火、合膛之開花彈以及火龍、火箭之類，尤須多辦。明知所費不貲，必有議其不量力者；然備則或可不用，不備則必啟戎心。乘軍務未興之時，尚可為牖戶綢繆之計；遲則無及矣。一曰：儲人才。此時欲消除萌蘗，須得折衝樽俎之才。黎兆棠膽識兼偉，洞悉洋情；臣請調之前來，以期集思廣益，毋失機宜。一曰：通消息。台洋之險，甲諸海疆；欲消息常通，斷不可無電線。由福州陸路至廈門、由廈門水路至台灣，水路之費較多、陸路之費較省，合之不及造一輪船之貲；瞬息可通，事至不虞倉卒矣』。
日本攻生番綱索、加芝來等社。
初，日本有數兵船寄碇琅〈王喬〉。是月二十日，以一船載生番俘馘及傷亡兵回國，餘船續赴廈門；又以一船赴後山載兵百餘，過噶瑪蘭入雞籠口買煤，琅〈王喬〉遂無倭船。其登岸之兵二千餘人，分駐大浦、琅〈王喬〉、龜山。時以輪船運糧械濟軍，又以財物誘降番社。其牡丹各社已破者，番眾逃匿絕巘。遂移兵脅龜仔角社，社番誓死不降。網索等十一社社給一旗，加芝來社番目複導之攻八磘社。二十八日，以二百人從石門入、八十人從風港入，破三社，殺生番數人；倭兵死者二十餘，傷者五十餘人。
命福建布政使潘霨赴台灣會商設防。
時上厪慮台疆，命福建布政使潘霨赴台灣幫同沈葆楨籌劃，並會商福州將軍文煜、巡撫李鶴年、提督羅大春等辦理。諭雲：『現在日本兵船登岸，各國船隻複駛往福建洋麵，較李鶴年所奏情形尤為吃緊。著沈葆楨懍遵前旨，與潘霨慎密籌劃，隨時會商。文煜、李鶴年等悉心布置，毋令日本侵越，並預杜各國覬覦，方為妥善。著文煜等將撥餉、撥兵事宜妥速籌辦，毋誤事機！日本是否回兵？台灣鎮、道如何與之理論？即著據實奏聞』。
五月，沈葆楨、潘霨至台灣。
沈葆楨、潘霨奉命後，均於是朔率洋將日意格、斯恭塞格由馬尾啟程，分乘「安瀾」、「伏波」、「飛雲」各輪船，霨船直放大洋，葆楨暨日意格等兩船沿各口查察。抵南日（山島名，在興化海中），海壇鎮總兵黃聯開巡洋亦至，葆楨詢悉洋麵情形。越三日，抵澎湖，登勘炮台形勢。翼日，抵安平，霨已先二日至。既接台灣鎮、道，具悉日本侵擾情事。遂奏稱：『辰下所宜行者三，曰理諭、曰設防、曰開禁。開禁非旦夕所能辦，必外侮稍定，乃可節次圖之。理諭一節，則臣霨過滬時，業與彼國公使柳原前光往複辯論。該酋始則推諉，繼忽自陳追悔為西人所賣，商允退兵；有手書可據。乃到台後，察其情狀，恐未足信；則設防，萬不容緩。台地亙千餘裏，固防不勝防，要以郡城為根本。城去海十裏，而近洋船炮力及之有餘。海口安平，沙水交錯，望之坦然。中一小阜突出，俗呼紅毛台，蓋明季荷蘭國揆一王踞台灣時築也；為地震所圯，而磚石堅厚，遺址尚存，炮亦鏽而不適用。近日西洋炮火猛烈，磚石炮台雖堅，不足恃。臣擬仿西洋新法，於是處築三合土大炮台一座，安放西洋巨炮，使海口不得停泊兵船，而後郡城可守。又北路淡水、噶瑪蘭、雞籠一帶物產殷厚，蘇澳民番關鍵，尤他族所垂涎；故日意格謂急須派兵船駐紮。且去郡千裏，有事鞭長莫及；臣等商派「靖遠」輪船，迎提督羅大春鎮之。並飭「長勝」輪船，同通曉算法之藝生轉入山後，周回量水淺深，探其形勢；鎮、道等添招勁勇，著力訓練，多籌子藥、煤炭，以備不虞』。又稱：『防務方始，費用殷繁。臣等既駐台地，時有動支；若俟省城展轉撥解，恐難應手，致誤事機。可否將台灣鹽課、關稅、厘金等款應行解省者，盡數截留，歸台灣道衙門支銷？俾遇事得迅速舉行。再有不足，則由省城撥解而來，以免支絀』。又稱：『台、澎之用內地班兵也，當時以新入版圖、民情浮動，若用在地之兵，恐其聯為一氣；計弭內變，非計禦外侮也。積久生弊，班兵視為畏途，往往雇倩而來；伍籍且不符，何有於技勇！臣昨到澎湖踏勘，陂陀周回數十裏，無一山、一田、一樹，為向來未見之瘠壤。然台颶作時，台南數百裏舍此更無泊船之處。地則極要，守則極難。守將吳奇勳謂此地班兵七百餘人，皆疲苶不可用。該處不生五穀，民以捕魚為業；自少至老，衽席風濤。誠招此輩以易班兵，民間既開生途，防務尤為得力。臣等商諸鎮、道，鹹謂全台均宜照此辦理；否則，弁兵缺額候內地募補而來，動淹累月，緩不應亟。且台地，閩、粵兩籍互相箝製，可無意外之虞；即使弊端踵生，事平不難改歸舊製。可否將台、澎班兵疲弱者先行撤之歸伍，其曠餉招在地精壯充補，以固邊防』？皆奉旨允行。