他發明的變速閉合裝置在筆記本快要閉合時受到阻力較小，所以僅憑一隻手就能打開蓋子，無須將筆記本電腦底部從桌麵抬起來。即使沒有多少用戶知道喬納森當初為此投入了多少心血，這樣的用戶體驗也應歸功於設計者對消費者使用細節的重視。
喬納森對PowerBook非常自豪，還拆了一台PowerBook。那是設計博物館2003年“年度設計師展”的參展作品之一。喬納森說：“我們把每個零件都取下來，以便大家看到我們對這一產品的某一部分投入了多少精力，這是大家以後永遠不會見到的。我希望產品的內部架構和我們構建產品的方式有一種內在的美：比如將不同的鋁材器件用激光焊接在一起，等等。通常人們會以為，隻有小批量生產的產品才會真正關心所有的產品細節，但我們蘋果公司最典型的一種工作作風就是哪怕最小的細節都要關注。我覺得，有時這會讓產品看起來不那麼像批量生產，而更像是在做手藝活。我認為那很重要。”
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知名設計公司西摩鮑威爾的創始人兼董事理查德·鮑威爾（Richard Powell）對自己的觀察發現很驕傲：“跟喬納森·艾夫聊天，回憶起克服某個設計障礙、解決某個問題、或發現某種材料時，他的眼睛會閃閃放光。改良了某種產品外形或者探尋到某種新工藝時，他會變得特別有活力。對艾夫來說，萬事都不由命運決定，一切都是深思熟慮後的結果。”
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鮑威爾認為喬納森的專注起到了決定性作用，他寫道：“創新幾乎從來都不是一個宏大的概念，通常都是由一係列的小點子以更好的新方式彙集而成。我認為，喬納森對卓越的狂熱追求是最明顯的跡象，在表象之下是你可能都注意不到的一些細小之處，但它卻改變了你與產品的交流互動以及你對產品的感觀。”
iPod逐漸取得了非凡的成功，突然之間，它變得和蘋果公司的麥金塔電腦係列同樣重要。2004年，iPod被分拆成了一個單獨的部門，由之前負責所有硬件的魯賓斯坦來管理。在管理層的會議上，喬布斯和他的團隊開始疑惑公司還能涉足什麼領域。當時，與會者想出的點子裏就有蘋果牌汽車和蘋果牌數碼相機。
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2005年，喬布斯將喬納森提拔為工業設計部的高級副總裁，級別和魯賓斯坦一樣高。過去喬納森要向魯賓斯坦彙報，期間他們總有摩擦，升職後喬納森隻需要向喬布斯報告。
喬納森和魯賓斯坦之前已經變成三天一小吵五天一大吵。喬納森總是在挑戰極限，總是在質疑製造和設計物品的方法。魯賓斯坦的工作是讓工廠順利製造產品，但喬納森的種種要求使得他的工作頻頻受阻。一位和兩人合作過的前設計師說，魯賓斯坦會盡可能避開喬納森和設計工作室的成員。如果不得不與喬納森會麵，他就會變得明顯激動易怒。一個知情人說：“無論什麼時候，隻要魯賓斯坦不得不走進工作室和喬納森打交道，他的脾氣就會變得很容易爆發。”
兩人之間的關係對喬納森來說也是個問題。這種衝突醞釀了多年，最後終於爆發了。據傳聞，喬納森當時去找喬布斯，直接告訴他：“有他（魯賓斯坦）就沒我。”
雖然魯賓斯坦在開發iPod和其他產品期間起到了關鍵作用，但喬布斯還是選擇了喬納森。
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2005年10月，蘋果公司開了一場新聞發布會，假稱魯賓斯坦離開公司是因為他早就應該享受退休的待遇。取代他任iPod部門領導人的是托尼·法德爾。
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魯賓斯坦在墨西哥住過一段日子，在那裏建了一棟房，後來又出任奔邁公司的CEO，開發與iPhone競爭的智能手機產品。
多年後，當提到離開蘋果一事之時，魯賓斯坦用外交辭令評論自己和喬納森的關係：“喬納森和我合作多年，關係一直非常密切，我們也一起完成了不少工作。我的職責就是把握平衡，讓產品進入生產線。有時，和喬納森一起工作可能很有難度。”
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盡管在蘋果公司共事期間曾有過難相處的經曆，喬納森和當時職位更高的魯賓斯坦仍然主導著公司的設計理念，並使產品曆經多個演變階段：從多色塑料到單色塑料，再到多種金屬。重要的是，每個階段都標誌著讓設計融入生產的過程越來越複雜。
製造工藝在設計工序中所占比重越來越大。毫無疑問，這讓兩人的關係更加緊張。設計團隊不再隻關心產品的外觀和操作。他們的重點變成了產品的製作方法。喬納森的團隊過去總是花很多時間來設計產品，但後來在製造方法上花的時間卻越來越多。
以前的設計團隊負責人鮑勃·布倫納對這種轉變有自己的看法：“蘋果公司的設計師把10%的時間花在傳統工業設計上：出點子、繪圖、製作模型、頭腦風暴。剩下九成的時間都花在製作上，即找出實施這些創意的方法。”
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後來，喬納森成為公司裏冉冉升起的明星，這一點也不奇怪，因為在他身處的這家公司，設計和材料在業內就如同連體嬰兒。
喬納森把研發的成本和開發工作看得很簡單，他根本不想知道這些。他告訴曾在運營團隊工作的一位工程師：“我不想讓手下的設計師考慮成本。他們甚至都不該關心這件事，因為這不是他們的職責。”
在蘋果公司的某些人看來，喬納森似乎不用向任何人報告，包括喬布斯。據說他告訴供應商：“想象一下，我手頭有一大筆錢。我能讓你們渡過難關，隻要能滿足我的要求，你們想要多少錢便拿多少。”那位負責運營的工程師就這樣轉述喬納森的原話。喬納森的團隊和生產開發及運行的團隊商討著，都在朝著將設計轉化為生產的方向努力。
就像那位負責運營的工程師總結的：“工業設計工作室統治了蘋果公司。”