隨著全民PE熱的升溫，相關問題也次第顯現出來。最為業界詬病的即是公募化風險和利益輸送。
2009年5月，浙江紅鼎創投董事長劉曉人因非法集資數億元、無力償還而自首。同月，天津德厚資本執行合夥人、上海彙樂集團董事長黃浩則因涉嫌“非法集資詐騙”被逮捕（參見輔文《彙樂糊塗賬》）。
“PE說到底還是有錢人的遊戲。因此要有明確的監管法規，在募集階段確保PE的投資者都是有實力的個人或機構。”一位外資PE的負責人這樣說。
然而，當前的現實是，很多不合格的投資者已經被PE的狂潮裹挾進來。無論是上海彙樂的投資者，還是通過銀行購買信托類PE理財產品的高端客戶，事實上多數都無法承受PE至少5年的投資期限。
較之業界關心的“公募化”風險，外界的批評更多集中在所謂PE腐敗上。隨著2009年底創業板的啟動，PE在一級市場與二級市場間賺取的巨額差價顯性化，更使得民議沸騰。
根據深圳交易所的統計，從創業板首批22家股權投資基金進入的時間來看，截至2009年7月底申請上市時進入不滿3年的有16家，上市前一年進入的有4家。最誇張的是，截至2009年6月創業板報送材料之前，仍有兩家投資者成功擠上了首批創業板的末班車。
在2009年完成定價的42家企業的平均發行市盈率為64.46倍，至2009年12月31日收盤，上市的36隻個股平均市盈率高達105.38倍。按照被投企業的發行價計算，其中3家券商直投子公司平均獲得了4.78倍的投資回報。
有專職PE中介業務的機構稱，即便企業資金充足，有些仍要在上市之前留下幾千萬的額度，進行一輪私募，用來“打點關係”。
“所謂PE腐敗，本身和其他腐敗形式沒有任何不同，隻是把行賄手段從贈送實物換成了輸送投資機會，因此它根植於更深的社會問題，而不能簡單地視作PE自身的問題。”一位海外PE管理人表示，PE腐敗的一個源頭就在於上市審批製度，往往正是由於上市資源的稀缺性，驅動企業尋找能為其提供上市額度的PE，雙方達成利益交換。
伴隨著PE爭議的是監管方向的選擇，此前發改委和證監會曾就監管主導權產生過齟齬，但目前已漸漸偃旗息鼓。
事實上，監管各方多認同PE是一種高度市場化的組織形式，應盡量發揮LP與GP之間的相互製衡機製，為其提供適度寬鬆的監管空間。然而，對於“公募風險”和“利益輸送”的關注並未結束。
全國人大常委會委員、財經委副主任委員吳曉靈曾在深圳舉辦的第三屆中國股權投資基金研討會上表示，到目前為止，股權投資行業還沒有納入任何政府部門的監管範疇，原因之一是中國在私募領域尚缺乏相應的法律法規。現有的《證券投資基金法》不涉及股權投資基金，而且其他製度也沒有給股權投資基金的設立提供依據，所以應通過《基金法》修改來解決股權投資基金行業的發展問題。