於是杭、嘉俱戒嚴，原任大學士伊裏布至乍浦夷船議款，蓋巡撫劉韻珂奏請也。伊裏布前以在浙半載，老師養寇，革職成軍台，至是奉命複赴浙，夷邀挾甚侈，不能成議。詔將軍參讚分一人，前赴嘉興防堵，於是奕經自紹興渡江而北，欽差大臣耆英，方馳至嘉興，忽奉命前赴廣東，其杭州將軍關防命特依順署理。蓋據禦史蘇廷魁之言，風聞孟阿臘國已攻殲英夷駐防印度之兵，夷船將回兵救援，因有退出寧波之事，故命耆英前赴廣東體察虛實，乘機攻香港，及江左告急，複命中道回浙防堵。
時香港夷船十四，杉板小船數十，夷兵千餘，漢奸海盜，藪聚其間，奕山等既招回漢奸三千餘，其香港漢奸頭目內向者十之五六，各願請立功贖罪，請包修虎門炮台，並請冬令晦朔，出其不意，與香港漢奸表裏應和，火攻夷船，一舉殲之，而奕山方聽祁言，惟恐觸夷怒不敢。六月詔責奕山視師廣東半載，毫無方略，屢命收複虎門，攻香港，以牽製閩、浙賊勢，皆以造船未就為詞，惟以填塞河道為事，革去禦前大臣都察院左都禦史，而顏伯燾亦以久未剿除廈門停泊之夷船革職，以怡良代之。
十八日，夷船複棄乍浦而北。五月初三日，夷船至吳淞口。初五日總督牛鑒接奕經檄令，權宜設法羈縻。牛鑒遲至初七日，始遣弁齎劄赴夷船，則已無及。寶山城在吳淞口外，洋麵寥闊，不如口內東溝、江灣二隘之易於設伏。然是時寶山東西炮台，有炮三百，勁旅七千，提督陳化成亦勇敢，海塘高厚數丈，塘上土堆形如雉堞，我炮可以中夷，夷炮不能透塘，即懸炮桅上飛擊，亦冒空而過，不能命中。其小船登陸之賊，涉沙灘，爬峭岸，我兵據高臨下，一可卻百，但能膽定心齊，縱不能製賊死命，亦可自守無虞，故夷船初至，觀望數日，未敢進攻，止遣火輪船四，由外洋一路探水而入。牛鑒方自滬來，見其連檣內進，槍炮相接，其檣帆高出塘上丈餘，輪煙蔽天，牛鑒驚疑束手。提督陳化成亟慰借曰：“無恐。外洋所恃不過槍炮，既有河南徐州江寧兵三千，藤牌八百，且某經曆海洋五十年，此身在炮彈中，入死出生者數數矣。今日火攻頗有把握，願以身當之，苟得挫其鋒，援兵一鼓而進，賊不足平也。”牛鑒聞之，意稍定。
初八日黎明，英舟排陣而入，提督陳化成麾令開炮迎擊，首擊沉其火藥巨艦一，又中其頭鼻頭桅之兵船三，共斃夷兵三百餘人，英兵勢卻，繞出小沙背後，適牛鑒統兵出南門，來教場觀戰，提營將士皆歡呼踴躍，戰益奮。須臾英舟自檣頭了見製府乘輿在教場後，乃以飛炮注攻，逐其左右隊而擊之，徐州兵先潰，河南參將陳平川遂以藤牌八百擁牛鑒回城。牛鑒亟棄冠靴，雜軍校而走，一卒坐乘輿易之，英夷遂由東炮台登岸繞而西，時守備韋印福等，守西炮台，力戰不克，死之。提督陳化成見軍無後援，撫膺頓足，潸然而歎曰：“英夷頻年猖獗，今日得少挫其威，內江全局，關係匪輕，不料垂成之功，敗於一旦，製使殺我矣。”腹背受敵，遂中鉛子傷，噴血死，而塘上之兵亦潰。夷兵乘勝入寶山，牛鑒自西門逸出，走嘉定，有頃火起，西炮台存儲火藥悉被焚燒，其東炮台之兵，江灣之兵，皆同時潰，寶山遂陷。英夷入城，查點各船轟斃之兵憤甚，乃驅本地壯丁為之搬運軍仗財物，下船之後，悉虜之以充斃夷之數。
上海距寶山僅八十裏，聞變大震，參將繼倫率先棄城走，兵備道巫宜禊、知縣劉光鬥，先後走鬆江，惟典史楊慶恩投水死，所募福建水勇變為土匪，縱火焚掠。十一日，夷船七艘，駛入上海，城中已空無人。
十三日，夷乘火輪船二，杉板船四五，駛入鬆江，壽春鎮總兵尤渤，率兵二千，整陣以待，夷開炮數十，尤渤令我兵皆伏避之，炮過而起，我炮齊發，相持半日始退，次日複至亦如之，故鬆江得無恙。賊又將窺蘇州，使火輪船測水，至泖湖，輪膠於水草，乃返。於是二十日，夷艘退出吳淞口，圖入長江矣。
賊未測江水深淺，沙線曲折，又未審內地守備虛實，逡巡未敢入，乃劫沙船導火輪船，兩次駛探，初報諸險要皆無備，次報諸汊港荻洲皆無伏，始連檣深入。六月八日薄瓜洲，城已空，遂窺鎮江。
鎮江依北固山為城，以運河為濠，形勢險固，非寶山比。駐防副都統海齡，到任未久，牛鑒既失吳淞口，本應馳守鎮江，會參讚齊慎，提督劉允孝之兵，且節製副都統，嬰城固守，夷船或不能越鎮江而徑犯江寧，上之可以徐籌火攻，次之即與夷講款，亦不致無求不遂。乃牛鑒從丹陽、句容直走江寧。鎮江繁富十萬戶，海齡禁民間遷徒，先以城險兵單，上章求助，又請圌山以下，攔紮木排，惜皆未遂其誌，迨番舶至，海齡親冒矢石，率兵堵禦，城中僅駐防兵千餘，與綠營兵六百，寥落如晨星，始則城外軍擊其西北岸之賊，相持二三日，賊遂佯攻北門，而潛師由西南梯城入，城上兵僅斫其數賊，賊已蟻附上，先焚滿營，海齡死戰良久，力竭回署，躍入烈火而死。鎮江陷，擄掠焚殺慘甚。寧波、招寶山夷酋璞鼎查，即欲出江，前赴天津，而馬禮遜尼之，遂不果。是時夷舶八十餘艘，炮聲震江岸，自瓜洲至儀征之鹽艘估舶，焚燒一空，火光百餘裏。揚州鹽商，許銀五十萬免禍。六月二十八日，遂逼江寧，東南大震。