回到圖林根之後，閔釆爾似乎再也沒有到別的什麼地方長住過，1525年2月28日，他接受了當瑪麗亞教堂牧師的職務。
海因利希·普法伊費爾在農民的幫助下，於1525年12月12日．返回繆爾豪森。在12月16日、17日城內十分尖銳的衝突中，城裏的統治權非常順利地落到了8人團的手中。市參議會被圍在參議會大廳內並被迫作出讓步，允許普法伊費爾在尼科勞斯教堂裏進行布道；在同盟不知道的情況下，不許作出任何決定。必須承諾《福音書》的布道者參予審核法律的工作，凡是任何與《福音書》不一致的地方都將被刪除。這一來，阿爾施塔德市市長蔡斯不得不起來說明情況了：“奧姆納斯先生”。——“這個凡夫俗子”——奪了市參議會的權，他不允許有違背自己意誌的“譴責、管理、通信甚至行動”出現。12月底跟著便發生了搗毀偶像和廢止教士事件。
這時候的城市，主要受到的是外來的危脅。薩克森的喬治公爵召回了1524年9月逃跑的市長們，並要求他們複位，由於還俗而受到傷害的牧師們請求那些諸侯們給予幫助。1525年1月31日，集合在格羅斯克爾納爾的官員、騎士以及主教們向喬治提出建議，把繆爾豪森置於自己的管轄之下，否則的話，在我們的管轄下的或是在基督管轄下的臣民們，要想獲得幸福的生活是不可能的事。喬治首先請求埃爾內斯蒂納爾，同時也請求黑森的諸侯菲力蒲宣布解除對繆爾豪森的防衛，但沒有取得結果。漢斯·蔡斯在2月22日再次建議封鎖住通往繆爾豪森的所有道路，“否則的話，一大群身強力壯的惡棍會搗毀那兒，並將占領整個農村。”在埃爾富爾特的參議會3月3日寫給繆爾豪森參議會的一封信中，批評性地提請注意，麵對1524年9月在福爾肯洛達修道院內集會的盛況，應該把叛逆的布道者再次抓起來，並且要求不要讓叛逆者掌管政權。
2月份，閔采爾回到這個不平靜的、受到外來威脅的城市。由於撤消了修道院，隨之也結束了德國的宗派之爭，為閔采爾創造了獲得瑪麗亞教堂布道者職位的先決條件。1525年4月1日由“永久議會”為他支付了生活費用。可是，並不是參議會要召喚他回來的，而是市裏的聖尼科勞、聖彼得和聖喬治支持他，為了這些，還動用了自由牧師選舉的權力。
1525年4月17日以前，閔釆爾就讓人們製作一麵白色的旗幟，為此，繆爾豪森的參議會支付了費用。朗根薩爾查市長希提赫·馮·貝爾萊伯斯報告說：“阿爾施塔德人做了一麵白色的旗幟，上麵繡著一行字：永久捍衛上帝的話。這是永久的上帝的同盟的標記，所有站在同盟一邊的人都集合在這個標誌的下麵。”
虹是同盟的標誌，是洪水之後上帝用諾亞的肉體建造起來的：“我將虹置於雲彩之中，它將是我與地球之間聯結的標誌……，為此，我必須將它置於雲彩之中，這樣，可以讓我看見它，能想到所有地球上存在的肉體這些活生生的生靈與上帝之間的永久的同盟。上帝向諾亞說：這是同盟的標誌，是我建立在我與地球上所有生靈之間的同盟。”（《摩西書》第一章第9、13~17節）。對於閔采爾來說，這個聯盟是作為繆爾豪森的“永久的上帝的同盟”的樣本，並授予了它以名字。虹旗是上帝的選民們集合的標誌，它像征著上帝的保護，這麵旗幟被保存在繆爾豪森的瑪麗亞教堂內。如果戰鬥開始的話，閔采爾將舉著它衝向前線。
在阿爾施塔德之後，現在的繆爾豪森便成了閔采爾思想影響的中心。在艾森納赫、朗根薩爾查、弗朗肯豪森、諾爾豪森、桑格爾豪森以及其他許多地方都有閔采爾的追隨者。
圖林根的起義是4月18、19日爆發的，開始的地點是在上維拉穀的瓦哈附近艾森納赫的南部。由倫山蜂湧衝出一支隊伍，這是赫納貝爾格伯·爵的管轄區，再有就是來自布亨和圖林根南部地區的隊伍。4月22日，希提赫·馮·貝爾萊伯斯談了他自己的想法：“繆爾豪森和其他地方的追隨者都會跟他們站千萬別讓無知的人們受領主的欺騙而向他們妥協。”當然他也清楚，在短時間內，統治者們不可能馬上就采取嚴厲的鎮壓手段，因此他要求阿爾施塔德人：“現在應該前進，前進，前進!現在正是時候，因為那些敵人完全像條狗那麼聽話。”城市和農村都應該動員起來，尤其是那些礦工們：“要把鄉村和城市鼓動起來，尤其是要把礦工和其他善良的小夥子們鼓動起來，我們不應該再沉睡了!”
閔釆爾的號召書是這樣寫的：“前進吧!前進!打鐵要趁熱，讓你們的寶劍染上鮮血，毫不留情!將暴君統治者們從塔頂上扔到地麵上，隻要他們活一天，你們就不能從人類的恐懼中解放出來。人們可以與上帝對話，因為它會幫助你們。前進，前進!因為你們總有這一天，上帝走在你們的前麵，緊跟著它，跟著它前進!”
對於閔采爾來說，全麵出擊的時間已經來到了，不僅因為在德國的其他地方，農民們已經拿起了武器，而且現在正是鏟除人們的恐懼、與“統治者”決戰的時刻，閔采爾現在完全成了一個“革命的先知者”。
閔釆爾的號召不僅僅停留在嘴頭上，這是因為有許多阿爾施塔德人都來到了繆爾豪森。4月27日，普法伊費爾在集市上號召繆爾豪森的市民階層參加到起義的行列。並宣稱，如果誰不這樣做的話，“就將像對付貴族那樣去對付他”。當繆爾豪森人由朗根薩爾查返回並在半路上與來自艾克斯菲爾德的農民彙合一起時，這個行動便被瓦解掉了。顯然，要想在逐步壯大起來的起義隊伍內部搞分裂是比較困難的。但是盡可能地將起義隊伍移出城市，這也許是市參議會感興趣的地方。
1525年4月28日，起義者豎起了旗幟，將大炮對準戈爾瑪爾方向，並紮下了營帳，在那兒他們建立起軍事組織。在繆爾豪森市參議會和8人團的支持下，政府的仆役約伯斯特與福爾克馬爾·霍姆利希被選作領導人。由閔采爾、普法伊費爾和主要領導人組成了起義軍委員會，受城市參議會的委托，8人團中的漢斯·施密特和克勞斯·福爾施蒂赫以及戰爭時的市長萊因哈爾德·拉姆哈爾特也參加了該委員會。
5月15日早晨，菲力蒲的部下將城市團團圍住，然後將自己的隊伍與從黑爾德隆根方向來的喬治伯爵的隊伍會合一起。起義軍的車壘陣阻攔了這支力量強大的部隊的行動，但是並沒有因此而阻止敵軍力量的集中。菲力蒲將自己的進攻力量投放在摧毀車壘陣的位置上，並且由此而能切斷起義軍的退路。就這樣，諸侯們獲得了起決定意義的戰略優勢。
在起義者們集合起來對諸侯的企圖作出判斷時，閔采爾就抓住了這樣一個機會向他們布道，他們應該在車壘陣中確定一個位置，可是，在這個時候真要找出一個恰當的位置還的確比較困難。當諸侯的隊伍迅猛衝入他們的軍營時，起義者們甚至還沒有來得及再次進人防衛的場所。
黑森的菲力蒲下令燒毀其防護區，由於軍營中雜亂無章，使得進攻的部隊可以長驅直入其車壘陣裏。麵對這種突然事件，再想組織起反攻是不可能了，起義者們現在隻能守衛住幾個地盤，一部分人隻好躲在附近城市的城牆後邊進行防衛，但大多數人都無法找到躲藏的地方，雇傭軍們將他們射殺在通往卡爾克穀的不毛之地上，因此，這次戰役獲得了叫做“血槽”的名字。另一邊，在城市裏已經開始了屠殺，這些都是所謂的勝利者們幹的，有大約6000名起義者遭到殺害，他們中的大多數人都是來自弗朗肯豪森，僅僅有600人被抓了起來，也許這個數遠不夠真實，能夠僥幸跑出來的人的數字不清楚，相信肯定不會太多。而諸侯們那邊才損失了6名仆役。
閔采爾卻成功地躲進了城洞口附近的一座房子裏，但仍然讓一名黑森貴族的仆人、騎士奧托·馮·艾彭發現了他並從他手中的信上認出了他，這些信是裝在閔采爾隨身帶著的一個口袋裏的。這個仆人將閔釆爾交給了諸侯，作為回報，他將從其主人手中取得100古爾盾“作為在弗朗肯豪森捉拿到閔采爾的賞金”。
獲得勝利的諸侯有喬治公爵。1525年5月·23日，曼斯菲爾德的恩斯特伯爵請求喬治公爵，對閔釆爾這個俘虜，他應當有特殊的權力處置，請讓他把閔釆爾帶到自己的住地去算算舊帳。在繆爾豪森的起義者被殺戮後的5月27日，托馬斯，閔采爾和海因利希·普法伊費爾也在位於繆爾豪森與戈爾瑪之間的住地被劊子手砍下了腦袋，被砍下的首級懸掛在竿上示眾，以便警告所有的人不要再妄想起義暴動。