不過，不是所有的大儒都是迂腐和貪婪的，這些洋玩意兒同時也深深吸引了當時一些具有新思想的有識之士，他們從中看到了中國和西方的差別，於是他們開始潛心研究這些奇技淫巧。
其次，是這些傳教士帶來的科學思想，其中最先產生作用的是地圖。當時中國人還沒有近代地理學的常識，也從未見過以圓形的地球繪製的世界地圖。那時大多數中國人知道的東邊除了東瀛日本以外，不知道太平洋的對岸還有個美洲；中國人知道最西邊就是安息，不知道安息的西邊還有一塊歐洲大陸；非洲東岸中國人已經從鄭和那裏知道一些，但不知道那也是一塊大陸—非洲。中國人也不知道我們腳下是個圓形的星球，中國傳統的觀念是天圓地方，天下的中央就是我們中國（所以皇帝也叫天子）。大家第一次在利瑪竇他們建的教堂裏看到了世界地圖，但是上麵沒有中文，沒人能看懂。於是利瑪竇就畫了一張用中文標注，並尊重中國習慣把中國放在中央的世界地圖，這張地圖就是被稱為“坤輿萬國全圖”的那張著名的世界地圖。所以一直到現在，西方人的地圖是把大西洋放在地圖中間，而我們常見的中國在中間的地圖就是利瑪竇發明的。
《坤輿萬國全圖》的出現讓許多中國人眼界大開，他們發現原來我們腳下的世界並非像古書上說的那樣，是天圓地方，天下也不僅僅隻有一個我們稱為天子之國的中國，中國雖然很大，但也不過是這個世界的一部分。地理知識的增長，讓哥白尼和伽利略開創的近代科學思想漸漸進入了中國人的心中。
此外利瑪竇用中文撰寫的許多書籍，也為中國人了解西方的科學技術撒下了非常重要的種子，這其中最重要的就是與明朝大學者徐光啟共同翻譯的，歐幾裏德的《幾何原本》前六卷。