傑斐遜相信，美國的未來寄托在農民身上，這片土地的真正力量是在邊疆。
——（美）亨德裏克·威廉·房龍
1800年的總統選舉是美國政壇上的一個重要的分水嶺，在野的民主共和黨與當政的聯邦黨展開了激烈的較量。1801年2月17日，托馬斯·傑斐遜（Thomas Jefferson，1743~1826）經聯邦眾議院投票36輪，方以微弱多數當選美國第3任總統。傑斐遜的當選使美國政權首次和平地由一個政黨移交給另一個政黨，表明美國政黨製度的初步形成，同時也開創了總統兼任執政黨領袖的先例。
傑斐遜是美國民主製度的主要理論奠基人，他的上台使美國的民主製度進入一個重要的發展階段。此後，民主共和黨連續執政24年，傑斐遜的繼任者詹姆斯·麥迪遜總統和詹姆斯·門羅（James Monroe）總統同樣來自於弗吉尼亞，因而這一段時期也被稱為“弗吉尼亞王朝”。
1801年3月4日，傑斐遜在新開辟的美國首都華盛頓哥倫比亞特區宣誓就職，隨後任命詹姆斯·麥迪遜為國務卿，艾伯特·加勒廷（Albert Gallatin）為財政部長，亨利·迪爾伯恩（Henry Dearborn）為陸軍部長，羅伯特·史密斯（Robert Smith）為海軍部長。為了團結下野的聯邦黨人，傑斐遜在其親自任命的316個政府職位中任用了130位聯邦黨人。
上台執政後，傑斐遜整頓了政府工作秩序，明晰總統與各職能部門的職責分工，取消繁文縟節，提高辦事效率；重大問題開會解決，每天早上開放總統官邸接待來訪。並且，及時廢除了亞當斯政府頒布的摧殘人權的法令。
為減輕人民的稅賦和逐步消減長期積累的國債，傑斐遜提倡節約政府開支，廢除了已征收近10年的國產貨物稅，並實施陸軍“純潔改編”，將美國陸軍由3500人減員至2500人，同時削減海軍艦隻、停止建造新軍艦。
在政治上，傑斐遜積極推進公民選舉權的擴大。馬裏蘭州和南卡羅來納州等地修改了州憲法，廢止了對選民的財產限製。傑斐遜還推動國會增補了《聯邦憲法》第12條修正案（The 12th Amendment），調整了總統選舉程序，規定分別投票選舉總統與副總統，避免了大選中出現正、副總統平票時必須由國會做出最後裁決的情況。另外，傑斐遜還頒布了《禁止奴隸貿易法令》，在美國曆史上第一次對奴隸製實行了法律限製。
為鼓勵西部開發，傑斐遜政府於1804年頒布了新的《土地法》，將每人一次最低購地額度由320英畝降低至160英畝，每英畝地價也由2美元降到了1.64美元。1808年，又發布法令將賒購土地的最後付款期由4年延長到5年。傑斐遜的西部土地政策使得更多的普通居民有能力購買土地，吸引移民大舉西進，有效地推動了西進運動。1800年時美國政府僅售出6.7萬英畝土地，而1818年時售出的土地已達350萬英畝。
1803年4月30日，傑斐遜政府趁法國窮於應付歐洲戰爭之際，以6000萬法郎（至多合1500萬美元）從拿破侖政府手中購買了整個路易斯安那地區。這一地區東起密西西比河西至落基山脈，北起加拿大南到墨西哥灣，總麵積達260萬平方公裏，後來成為美國的4個州和9個州的一部分。交易執行時，美國實際付給法國1125萬美元用於購地，餘款抵償法國拖欠美國公民的債務。
美國曆史上稱這一交易為“路易斯安那購買”（Louisiana Purchase），其影響十分深遠。美國版圖因此一下子擴大了一倍還多，實現了美國變密西西比河為內河的夢想，將法國勢力一舉清出北美大陸，進一步保障了美國的安全和獨步北美洲的優勢。隨後，僅用了40年的時間，美國的西部邊疆就橫越整個北美大陸、迅速推進到了太平洋沿岸。
1808年，傑斐遜效法華盛頓，謝絕參加第3次總統競選。民主共和黨提名詹姆斯·麥迪遜（James Madison，1751~1836）為總統候選人，結果麥迪遜高票當選。1809年3月4日，麥迪遜就任美國第4任總統。4年後，再次以高票連選連任。麥迪遜是美國建國元勳中的最後一位總統，其任內繼續推行傑斐遜時期的大政方針。