無論是殘酷的戰爭年代，或者是愉快的和平時光，華盛頓都以神似的力量、高超的技巧來治理我們的國家。瞧，這就是統帥我們的領袖。
——（美）約瑟夫·霍普金森
1788年7月2日，邦聯國會宣布《聯邦憲法》生效，並下令舉行國會議員和總統選舉人（Presidential Electors）選舉，同時指定紐約為臨時首都。1789年2月4日，69名總統選舉人全票選舉喬治·華盛頓為美國第一屆總統，約翰·亞當斯為副總統。3月1日，第1屆聯邦國會（First Congress）召開，91名代表出席。4月30日，57歲的喬治·華盛頓在紐約宣誓就任美國總統。
7月27日，新政府設立了第1個內閣部——外交部（Department of Foreign Affairs），9月15日易名為國務院（Department of State），9月26日任命托馬斯·傑斐遜為第一任國務卿（Secretary of State）。次年3月22日，傑斐遜走馬上任，手下隻有5名職員、2名信使和1名兼職翻譯，以後30年裏僅增編10人。
1789年8月7日，新政府設立了第2個內閣部——戰爭部（Department of War）。華盛頓的老朋友亨利·諾克斯（Henry Knox）於9月12日被任命為戰爭部長。9月2日，第3個內閣部——財政部（Department of Treasury）設立。9月11日，華盛頓的親密助手亞曆山大·漢密爾頓被任命為財政部長。9月22日，新政府設立郵政總局（The Office of Postmaster General）。9月26日，大陸軍的老戰士塞繆爾·奧斯古德（Samuel Osgood） 被任命為郵政總局局長。
1789年9月24日，第1屆聯邦國會通過了《聯邦司法條例》（Federal Judiciary Act），設立聯邦最高法院（The Supreme Court）、13個地區法院（District Courts） 和3 個巡回法院（Circuit Courts），並設立聯邦司法部（The Office of Attorney General）。聯邦最高法院由首席大法官（Chief Justice） 和5名大法官（Associate Justices） 組成。華盛頓總統任命約翰·傑伊為首席大法官，埃德蒙·倫道夫（Edmund Randolph） 為司法部長。
華盛頓總統任期內，美國政府形成了獨特的內閣製，確立了憲法的權威，經濟上恢複了國家信用，通過與英國簽訂的《傑伊條約》（JayTreaty）、與西班牙簽訂的《平克尼條約》（PinckneyTreaty）保全了美國領土的完整。在外交思想上，華盛頓總統開啟了美國“孤立主義”（Isolationism）的先河。1796年第2屆任滿之後，華盛頓總統拒絕再參加總統競選，為美國政治生活樹立了良好的權力交接傳統。
1792年前後，圍繞著漢密爾頓的財政措施所引起的爭論、漢密爾頓與傑斐遜在治國思想上的公開衝突，美國政壇上形成了以漢密爾頓為首的聯邦黨（Federalists）和以傑斐遜為首的民主共和黨（Democratic Republicans）兩大政治派係，開創了美國黨派政治的先河。
1797年3月4日，約翰·亞當斯（John Adams，1735~1826）就任美國第3屆總統。作為聯邦黨人的中堅力量，亞當斯繼續加強聯邦黨人的統治。但是在改組陸軍問題上，亞當斯與漢密爾頓發生嚴重分歧，最終導致了聯邦黨人的分裂。在應對緊張的法美關係期間，美國國會於1798年頒布了《歸化法》（Naturalization Act）、《外僑法》（Alien Act）、《敵對外僑法》（Alien Enemies Act）和《懲治煽動叛亂法》（Sedition Act）等四項摧殘人權的法令，招致舉國抗議，聯邦黨人的聲譽從此一落千丈。
史海徜徉
人們請求華盛頓連任第3屆總統，但是他拒絕了。因為他太疲倦了。在20年無休止的戰爭、論辯、會議、各種誤解和謾罵中，他從未休息過。
——（美）亨德裏克·威廉·房龍