軍統尚與美國海軍情報署合作組成“中美合作所”（Sino-AmericanCooperationOffice）。美方的目的是要刺探日軍在華、在太平洋以及在東南亞的情報。據沈醉說，美國人也顯然想要刺探中國的情報。中方刺探不到美國的情報，然而獲得了大量的器材，包括整人與逼供的器材，以及無數的槍械彈藥。這些器材與彈藥不用之日本侵略者，而用之於包括中共在內的政治異己，美國人也隻好眼開眼閉或視若無睹了。抗戰勝利後，“中美合作所”成為政治犯的集中營，於大陸易手前，全被槍決，美國人應有“雖不殺伯仁，伯仁因我而死”的遺憾。凡重視人權與民主的人，都會譴責中美特務合作的暴行。我們沒有想到的是，自家人唐縱對戴笠大搞“中美合作”居然也有微詞，如於1944年12月25日聖誕節宴請中美合作所全體美國人，有記曰：“他（戴笠）約有幾十位女人，陪伴美國軍官土兵，有的女人被糟蹋了！開一次宴會百餘萬元，場麵可謂大矣！”（唐縱《在蔣介石身邊八年》，第480頁）
然而此一勞民傷財、侮辱婦女、對付自己同胞的中美合作所，頗得蔣介石的嘉許，尤其欣賞所內美國刑具。軍統處長沈醉回憶，1945年秋天蔣至中美所檢閱培訓學生，有記道：
學生們剛剛開始進行一些分列式表演和美國式的操法時，蔣的興趣還不很大。等到進行刑警課目表演時，蔣介石看到美國教官指揮這些特務學生如何去追捕人犯、騎警握著美國橡皮棍如何衝入人群毆打群眾，以及警犬搜查等表演時，直樂得手舞足蹈連聲叫好起來。戴笠和貝樂利看到這種情況，便交頭接耳，後悔沒有多安排點這類使蔣最感興趣的精彩節目。（沈醉《軍統內幕》，第371頁）
在蔣介石的“嘉許”下，在抗戰期間，特務組織與勢力可謂一枝獨秀。戴笠的權勢更不可一世，在沈醉的筆下，他常常怒罵責打，甚至隨性槍斃人。但在蔣介石麵前，仍然是領袖的一條忠狗。我們又在唐縱的日記中看到，戴笠如何因一時失去蔣對他的信心而感到苦悶，以及在被蔣叱責後如何奉命唯謹。最具戲劇化的，見之於1938年7月16日所記：
為了張超的事，雨農（戴笠）跪在委員長麵前懇求懲辦葉成，委員長責備他不要人格、要挾領袖，因此雨農寫這樣一個長的報告請求辭職。跪懇的事，誰能做？非有人所不能的精神，誰肯如此做？我想委員長不會讓他辭。（唐縱《在蔣介石身邊八年》，第75頁）
張超是戴笠派在福建的軍統站長。葉成是黃埔三期生，曾任蔣之侍從副官，時為福建保安處長，判處張超死刑。戴咽不下這口氣，不惜向蔣介石跪懇哭訴，但仍然扳不倒蔣之副官。
唐縱還透露，戴笠為胡宗南培養一個叫葉霞翟的女人，以便掌握胡之一生。他又在“香港預購了個有名容太太的女兒，剛才十六歲，獻給宋（子文）”，以“迷魂的女人”來對付國舅。（見唐縱《在蔣介石身邊八年》，第453頁）類此可以略見，戴笠搞的是些什麼勾當，他不僅僅是要對付敵人與異己，而且還要在自家人身上下工夫呢。據估計，至抗戰結束時，蔣介石的軍統人馬已有十萬之眾，高居當時全世界特務與秘密警察組織之首。（參閱Wakeman，ModelsofHistoricalChange，p.60）
特務勢力固然有其作用，尤其在宣傳、分化、威逼、利誘、破壞上，有立竿見影之效，蔣介石亦以此為其權力基礎最穩固的奠基石，但是代價極大。特務的橫行霸道、無法無天，諸如強行撤遷民房、奸淫婦女、濫捕知識分子，造成難以化解的民怨與民憤。在特務的淫威下，一般老百姓敢怒而不敢言，然而防民之口甚於防川，一旦決堤，莫之能禦。蔣介石靠特務起家，但特務也為他散布了毀滅的種子。