足見蔣極為重視這個三青團，親自督促、親自核定。成立之後，陳誠、朱家驊、張治中先後任書記長。康澤一直是支配人物，最後由蔣經國奪取領導地位。但是三青團並沒有使複興社（藍衣社）、青白社（CC係）等小組織消失，實際上成為這些小組織爭奪的另一小組織，國民黨內的派係鬥爭，反而更趨激烈，並未能如蔣介石所宣稱的，使三青團成為網羅全國優秀熱烈青年及革命分子之唯一組織。其活動仍甚具秘密性質，在學生和教師中從事特務活動，打小報告，檢舉左派之類。蔣介石號召三青團，“聚集全國青年，力行抗戰建國綱領”，固然也在敵後淪陷區從事諜報與恐怖活動、提供戰地服務等，然而抗日之餘，更積極防共，甚至深入共產黨根據地進行宣傳、破壞、搗亂、暗殺等工作。有趣的是，三青團的最大敵人乃來自國民黨內部。三青團原是蔣氏授意下的黨內產物，帶有來自母體的遺傳因子，成為爭權奪利的競技場，造成更為複雜的國民黨黨內糾紛。三青團團員人數持續增長，從1938年下半年的一千餘人增加到1945年的百萬人，儼然已成黨內之黨，難怪於抗戰勝利之後，鬧著要與國民黨分家。其實，蔣介石既是國民黨的總裁，又是三青團的團長，如何分法？還不是在蔣之訓斥下，黨團合並。合並雖合並，仍走回黨內派係紛爭的老路。
蔣介石欲以三青團為“唯一的組織”，並不確實。三青團成立不久後的1938年8月，又在國民黨中央黨部設立“中央調查統計局”，簡稱“中統”，將特務組織半公開化，由秘書長朱家驊出任局長，實際任務則由副局長徐恩曾負責。負責些什麼任務呢？主要是對付共產黨、監察國民黨黨員，以及執行其他特工。1939年元月以後，中日戰爭已呈膠著狀況，蔣介石又把心思放在應付共產黨上，中統更著重查防共黨以及其他政治異己分子，從外圍監視到內部滲透，特務細胞擴展到學校、工廠和其他社會團體，除了中共駐渝代表以及較為著名的知識分子或民主人士，不敢公然抓人外，其餘無論個人或團體，一經發覺，立予逮捕或破壞。中統的特務還打進延安，吸收共產黨叛徒；混進校園，組織特務學生，如沙坪壩中央大學的生路社、民鋒社、自強社，出版刊物宣傳，並做監視與製作黑名單的工作。中統再根據黑名單，用種種方式打擊不聽話的學生。根據1942年11月中統局在國民黨五屆十中全會中提出的對共黨方略的報告，抗戰期間自1940年至1942年期間，有八千一百九十四名共產黨被捕、一萬一千三百七十九名共產黨自首。再看中統徐恩曾所擬、陳布雷修訂、蔣介石核定的《防製異黨活動辦法》的秘密文件，更可見中統的主力幾乎全用在“反共”“防共”，而非抗日。甚至與跟日本人合作的漢奸合作，以打擊敵後的共產黨活動。
中統之外，還有軍統，即國民政府軍事委員會調查統計局，也是在1938年3月於武昌珞珈山舉行的國民黨全國臨時大會上決定設立的。蔣介石把中統交給徐恩曾，把軍統交給戴笠。戴雖是副局長，但操有實權。軍統的前身是複興社的特務處，特務處的前身則是軍事委員會的密查組，原由戴笠等十個人搞起來的。
複興社組成後，蔣介石兼任社長，特務處長即由戴笠擔任。1932年，蔣又派戴兼任陳立夫主持的軍委會調查統計局第二處處長，以便公開搞特務。軍統正式成立後，戴笠因蔣之授意，一手包辦工作、人事、經費等，直接對蔣負責。軍統從武漢撤退到重慶後，編製愈來愈大，顯然蔣介石靠特務鞏固權勢，特務組織當然愈大愈好。據曾任軍統總務處處長的沈醉估計，在抗戰期間，“各種名稱的特務訓練班有四十多個”，又說：
內勤工作的特務有一千四百多人，都集中在重慶羅家灣軍統局局本部和磁器口中鄉下辦事處。內勤和外勤最多時近五萬名，除在國內設區、站、組和爆破、破壞、行動等總隊、大隊等外，在國外許多地方都設立了站和組及通訊員。當時每一個外勤特務都有幾個到幾十個運用人員。全部算起來為數就太多了。（沈醉《軍統內幕》上冊，第5頁）