1932年5月，章太炎到蘇州講學，特別表揚“儒行”，標出“行己有恥”之旨，顯然是有現實的政治目的的。他要告訴國人、提醒政府，不抵抗外國的侵略，是極為可恥的。之後，他決心長住蘇州講學。這不是退隱，而是要繼承顧炎武講學以救時的傳統。同年年底，日軍炮擊山海關，並聲稱熱河為滿洲之一部，以便侵占。章太炎憤怒之餘，於1933年2月與馬良發表“二老宣言”，指出所謂滿洲在漢代已為中國之郡，稱為遼東或玄菟，明代更立建州，自為中國的領土，而熱河從來不是滿洲之一部，更是中國的領土。此一宣言曾寄達日內瓦的國聯，在國內亦傳誦一時，代表當時愛國知識分子的心聲。
承德之失，益增章太炎的怒火，他更嚴厲指責蔣介石之無能，以致繼續喪失國土。他也更了解南京政府繼續“安內”、不願“攘外”的用心，於此力主停止內戰、國共合作、一致抗日。他不依賴外援，而把抗日的擔子由全國的老百姓負起。他在與馬良、沈恩孚共同發表的“三老宣言”中，對這一點說得非常清楚。中國老百姓已別無選擇，隻有勇敢地站起來抗日。馮玉祥是南京政府官方人士中，第一個表態抗日者。他於1933年的5月，成立了“民眾抗日同盟軍”，誓死保衛察哈爾，並收複失地，馮氏此舉，使章太炎盡釋前嫌，兩人成為好友。從最近發現的章太炎給馮玉祥的五封信看來，章對馮的抗日決心，推譽有加，把領導抗日的責任冀望於馮將軍。但是蔣介石不想抗日，馮玉祥抗得起來嗎？他的單獨行動使蔣介石大為光火，乃於8月間將“同盟軍”給解決了，章太炎立即痛責蔣氏的阻礙抗日。那時蔣介石仍在江西“剿共”，章太炎認為國難當頭，仍然勇於內戰，已危及民族的生存，這樣的政府早已有負國民所托。但從蔣介石的眼光看來，章太炎這一批主張抗日者，不僅破壞對日和談，而且為“匪”宣傳，幫共產黨的忙。但章太炎毫不減弱抨擊政府不抗日的聲音。於是蔣介石托張繼警告太炎不要再談時事，要他“安心講學，勿議時事”。張繼曾與章太炎有金蘭之誼，奉命傳言，結果被老哥訓斥了一頓，指這位老弟要他不說話，“得無效厲王之監謗乎？”他告訴張繼，他的持論已算是厚道的了，“雖明知當局之有陰私，猶不欲訟言斥之。”他又反問張繼：“誰使吾輩為小朝廷之民者？誰使同盟會之清名而被人揶揄嘲弄者？”張繼討了沒趣之後，蔣介石又派丁惟汾到蘇州送上現款一萬元作為“療疾費”。太炎宣布此款作為公用後，繼續逼蔣抗日，蔣介石送錢給他，當然是有塞他嘴巴的意思，但他的嘴巴是塞不住的，他繼續不斷地批評蔣氏的不抵抗政策，同時呼籲全國團結一致，準備抗日。一二·九學運發生後，章太炎全力支持學生，親自打電報給北平的宋哲元，要求立即釋放學生，宋回電給他，保證“和平解決”。終於在章太炎逝世前一月，蔣介石寫了一封信給章太炎，保證相互信賴，庶幾團結一致共渡難關。章太炎於逝世前十日，回了蔣介石一信，提醒他相互信賴必須基於愛國主義，並指出為了抗日必須容共。章氏雖未及親見國共因抗日而再度合作，他畢竟預見此一不可避免的發展趨勢。這封信的全文如下：
前被手書，屬以其信濟艱之義，勸誘國人，抑言之非難，欲其心悅誠服則難，邇來所以語河北者，獨雲保愛令名，勿入陷阱而已。苟其人自惜羽毛，又知東人非始終可保，必不輕於依附。至於小小委蛇，如晉張軌之在涼州，非不與劉、石酬酢也，而領土必不肯棄，名號必不肯更，則所以自守者固在。一聞勸勵，當必有努力增倍者矣。若欲其殺敵致果，為國犧牲，此在樞府應之以實，固非可以口舌致也。頃者，東方於津、沽等處，又增兵矣。觀其用意，亦隻以武力脅迫，欲為城下之盟而已，用兵則猶未也。然勢之所激，往往有出慮外者，樞府雖以剿匪諸師進駐晉南，陰為犄角，一旦有急，則未知河北之意，果願其入境否也？鄙意應之以實，本無他慮，彼在危急之中，而部下之不肯屈辱者，尚居大半，果以精械厚糈相助，唯有感激向前耳，安有據之以興背證者耶？此事即行，又厚遇山東，以堅其意，彼知政府之不我遺棄也，能以一部應戰固善，不能獨戰，則必有濟師之請，而晉南諸師，可與並力矣。為今日保全華北計，唯有如此。若以河北難守，而但南抗黃河，河流既長，處處可以竊渡，幸遇水潦漲盛，容可暫安，水涸則必無以阻敵矣。抑鄙意以為今之國計，固不宜恣言遠略，唯領土未亡者，則不可不加意顧全。北平既急，縱令勉力支持，察省必難兼顧。蓋非常之時，必以非常之事應之。今共產黨之在晉北者，其意不過欲北據河套，與蘇俄通聲氣耳。此輩雖多狡詐，然其對於日軍，必不肯俯首馴服，明甚！若能順其所欲，驅使出塞，即以綏遠一區處之，其能受我委任則上也；不能，亦姑以民軍視之。如此，察省介在日、共之間，漸可成為緩衛之勢，較今之左支右絀者，其得失必相懸矣。蓋聞兩害相權，則取其輕，與其使察、綏二省同為日有，不如以一省付之共黨之為害輕也。以上就形勢立說，或不致有大差池。若夫開誠布公，以懸群眾，使將相之視樞府，猶手足之扞頭目，轉移之妙，自在廟堂，此非草野所能與，而固不能不殷殷期望者也。匆遽陳辭，當不以臨渴掘井為誚。6月4日。（《章太炎政論選集》下冊，第873—874頁）
自北伐以後，章太炎反對一黨專政，不承認南京政府，自稱中華民國遺民，遭到國民黨黨部的通緝，隻好銷聲匿跡。九一八事變後不久，他在給孫思昉的信中說：“東事之起，仆無一言，以為有此總司令、此副司令，欲奉、吉之不失，不能也。”總司令就是當時的全國陸海空軍總司令蔣介石，副司令就是張學良。後來，他親自北上麵見張學良，始知乃是奉命不抵抗，益鄙視蔣氏的南京政府，攻擊不遺餘力。1932年3月，南京當局有鑒於抗日的呼聲，宣布召開“國難會議”，但議程限於禦侮、“剿匪”、救災三項，基本上並無意改變“攘外必先安內”的既定政策。章太炎亦在邀請出席之列，但他斷然拒絕，聲稱：“軍事貴速，能斷則一言而可，不斷則眾議而無成，紛紛召集，將以奚用？”要抵抗，馬上決定抵抗，用不著召開什麼國難會議。他懷疑“當事者誌在屈服，而以聯盟會議為分謗之機關”，所以雅不願參加，以“為黨國諸賢任過”。章太炎繼續譴責日本侵略，更直指蔣介石“勇於私鬥，怯於公戰”，置國土淪喪而不顧。乃要求以國民名義，“將此次軍事負責者，不論在南在北，一切以軍法判處，庶幾乎平億兆之憤心，為後來之懲戒。”章太炎在這最後的一封信裏，重申九一八以後一貫的主張，要求結束內戰，一致抗日。他直言共黨與日本應“兩害取其輕”，應該聯共禦日，不能再喪失領土於外人。當時蔣介石仍然堅決貫徹內戰，執行“攘外必先安內”的政策，對章太炎這種“國共合作”的建議，當然是完全聽不進去的。無論國學大師章太炎或無數年輕學生，都手無寸鐵，奈何不了蔣介石。但是，1936年的12月，西安事變爆發，張、楊終以武力逼迫蔣介石走上國共合作的抗日之路。（有關章太炎參閱Wong，SearchforModernNationalismch.8）