漢朝滅亡後，內地陷入了361年的戰亂和割據狀態，寧夏境內的長城和其他地方的一樣，一次次被北方少數民族的戰馬踐踏而過。直到581年，隋朝以一個統一的王朝出現。此時的寧夏依然分為南北兩部，北部以靈州為中心，南部以原州為中心，而寧夏又常常是北方突厥南下的通道，寧夏就成了隋朝防禦突厥的邊地前沿。長城的修築成了隋朝時寧夏的一個大命題。為了防禦突厥、契丹、吐穀渾等遊牧民族對長城南側的農耕文化區的侵擾和擄掠，隋朝曾經7次對舊有長城進行修複和完善。
585年，隋朝剛剛建立的第四年，朝廷就命令司農少卿、安固縣公崔仲方發動兵丁3萬人，在今天的陝西橫山到寧夏靈州一線修築長達700多裏的長城——多數是在漢長城基礎上修繕。第二年，隋朝又下令征丁15萬人，在前一年的長城基礎上向東延伸，並在險要處修築數十座城池。
唐朝時，靈州成了西北地區最重要的邊塞重鎮之一，大批軍隊駐紮在這裏，軍隊的防禦色彩更加明顯，對長城的依賴也更加明顯，大批駐守軍隊多是依靠長城為守衛基礎的。長城在唐朝更加凸顯了邊地的守疆作用，這種作用幾乎貫穿了整個唐朝前期。
西夏王朝的建立，寧夏境內的長城徹底改寫了自身的意義。由於宋朝與西夏在寧夏南部地區交界，形成了新的邊界，長城出現了新的位置：2010年2月2日，寧夏考古研究所向外宣布，在寧夏首次發現並確定寧夏境內留存有宋代長城遺跡，這段20公裏長的宋長城遺跡在原州區戰國秦長城南北兩側附近，專家根據構築特點及相關遺物確定為宋代長城。元代疆域的拓展，更是將寧夏納進了帝國的腹心位置，長城同樣沒有了任何實質性的作用，直到明朝建立，寧夏重新成了中國的邊地，長城在一種輪回中開始恢複它的原始功能。
明朝建立之後，朱元璋采納了朱升“高築牆”的建議，不僅各州府縣的城池構築得十分鞏固，而且對長城的修築和防務也十分重視。將12600餘裏的陸疆劃分為9個防區，並在北部邊境大修長城，沿長城設置9鎮，寧夏身列其中且在9個邊地重鎮中占了2個，寧夏境內的長城有了新的防禦對象：瓦剌和韃靼兩大蒙古殘餘的勢力。寧夏鎮管轄的長城從寧夏東大門的鹽池一直延伸到甘肅蘭州的皋蘭一帶，全長1000多公裏，固原鎮管轄的長城長度1000多裏。寧夏境內的這兩個重鎮管轄的長城長度加起來1500多公裏，在明代萬裏長城的總長度中，占據近三分之一。
寧夏的長城到明代達到了最輝煌的時期，這種輝煌體現在了長城的防禦設施上，它在明代北方邊境的安全守護上，也體現在它自身在寧夏境內的物理意義上的長度與人文高度上。
寧夏東大門鹽池縣的舊名叫花馬池，隨著明代長城的修護開始凸顯出它的軍事地位。由於這裏從東西連接著陝西和寧夏，從南北地理位置來看，花馬池北邊毗鄰河套地區——這一帶駐紮著大批蒙古兵力。如果蒙古兵力突破這裏，就可直接南下威脅西安甚至關中平原，因此，明朝對這裏的重視程度是曆代所沒有的。1474年，巡撫都禦史徐廷章、都督範瑾向朝廷奏請，修築了以花馬池為起點向西延伸到黃河邊387裏長的長城。因為這些長城位於黃河之東，所以被稱為“河東牆”，這是寧夏境內明代最早的長城。這時長城的一個明顯特點是依托長城防禦，每隔30裏就修築一個軍堡，每隔60裏築一個城。那些邊防軍人就駐守在這些城和堡中。明朝正統年間開始，在花馬池開始增設守禦千戶所，1506年後改為寧夏後衛。
1507年，楊一清總督陝西三邊時，調集寧夏、西安的軍屯兵力4萬及民工5萬多，開始修繕“河東牆”，重點是修築了花馬池城。這個旨在穩固邊防的舉措卻為楊一清帶來了殺身之禍。宦官劉瑾為此告他浪費邊防費用，楊一清被逮捕入獄，“河東牆”的繼續維修成了一句空言。
1531年，陝西三邊總製尚書王瓊向朝廷再次奏請，在“河東牆”的南邊，挖深溝壘牆地修築了一道非嚴格意義上的長城。由於它的軍事功能，以及挖深溝後壘起的高牆（溝深、寬均為2丈，牆高3丈，溝底到牆頂高為5丈）同樣具有長城的功能，所以，這道360裏長的邊牆也被算成寧夏的明長城。這種“深溝高壘”的做法，後來被朝廷作為樣板，向寧夏長城的東邊地區推廣。至今，從銀川到鹽池的路上，仍然可以看見被當地人稱為頭道邊和二道邊的兩道長城。
到了明代，寧夏境內修築的長城數量激增，除了黃河東邊的“河東牆”外，北長城也是寧夏北部賀蘭山和黃河之間的一道軍事屏障，也有兩道。明代弘治年間，從賀蘭山的紅果子溝開始向東，一直到黃河岸邊的60裏地，成了明朝軍隊在黃河西岸抵禦蒙古殘餘勢力的前沿防線，這也是寧夏前沿長城修築史中最北段、最後的一個象征點。1531年，王瓊在修築鹽池縣境內長城內牆的同時，出於軍事安全考慮，下令在賀蘭山南端這道邊牆的內側也修築一條防線，並下令守邊將士回撤到內牆上駐紮。到了清代，隨著冷兵器時代的結束，寧夏境內的長城和其他地區的長城一樣，逐漸失去了軍事保障功能，成為一塊寧夏長城的化石。分布在長城上的居庸關、山海關等名關的巨大光環照耀，使得寧夏境內的那些沿長城布防的軍事關口：勝金關、赤木關、鎮遠關等，也悄然躲避在長城的大屏幕後麵，被曆史逐漸淡忘。
從隋朝修築長城開始到明代，從邊地到邊地，寧夏境內的長城發生了近1000年邊地角色輪回。隨著清朝版圖擴張，明長城很快就畫上了從戰國開始經曆1700多年長城史的句號，其背後是豐富曆史文化積澱出的長城文化，一道土牆抵擋的隻是內外軍事力量的暫時互相跨越，文明的腳步卻時時互相跨越。長城外的力量進入，帶來中原政權後來逐漸掌握的畜牧業技術和資源，民族文化和貿易越過這段土牆，為長城內外的雙方帶去了溝通和交流，這種溝通和交流，也是中華文化和文明得以豐富及完善的一個主要力量。硝煙過後，是民族間的融合。於是，匈奴、契丹、女真、黨項、粟特、回鶻等部族建立的草原帝國消失了，龐大的族群也消失在長城之外，他們何嚐不是在跨越長城的過程中丟失了自己，將自己的影群融入後來那個叫漢族的龐大族類中呢？長城也何嚐不是見證從戰國時期開始，寧夏大地上的各類族群高頻率的戰爭、高頻率的混居、高頻率的互為影響？民族關係緊張時，它是雙方交鋒的戰場，民族關係緩和時，它是雙方各民族文化交流、經濟貿易的驛站和平台。這塊土地上的遊牧者接受了跨過長城的漢族人帶來的農耕、水利、軍事等技術，寧夏甚至寧夏以南地區的漢族人，也接受了跨過長城的那些少數民族的畜牧業人員和強健的技術、馬上的戰術以及通過寧夏從西域傳來的各種香料、工藝、技術。
從開始修築時起，寧夏的長城就一直伴隨著整個中國長城的曆史。作為軍事防禦工程，在中國迎來海戰之前，寧夏的長城一直扮演著“夷夏之界”的角色。同時，早在春秋戰國時期，隨著車的運用，物資調運、將士調遣都開始用車來進行，以致當時要以戰車多寡來衡量軍事實力，薑子牙派南宮適到寧夏境內求助300戰車的實例，就反映了寧夏境內生活著的戎的先進和強大。隨著長城的出現，戰車被擋住了去路，夏和夷之間互相牽製的時期也到了；騎兵時代的來臨，使長城開始接受新的挑戰和考驗，這帶來了長城的附屬物——城障；當別的地方以山林、絕崖為險，使長城“上山”時，無大山大林做長城倚仗的寧夏，出現了墩、墉等山穀間和河流間修築長城的技藝。在長城的結構上，寧夏長城也有著中國長城中獨特的地方。楊一清鎮守寧夏修築長城時，在長城上就首創“暖房”（也叫“暖鋪”），使守邊將士的哨所有了遮風擋雨的功能。從漢朝時出現的長城外牆的“馬麵”到明代的墩、墉，從黃土夯築到石砌以及沙築長城，從蒸土法到膠泥牆體，寧夏長城的發展史，也是一部體現中國長城修築技術提高的曆史。從這個角度而言，寧夏的長城，何嚐不是一座露天的長城博物館？